47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1448 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1448  phasin 2  100 
 
 		 127 aa  257  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1470  phasin 2  92.13 
 
 		 127 aa  241  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4617  phasin  84.25 
 
 		 127 aa  221  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3941  phasin 2  77.95 
 
 		 127 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.96884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1250  phasin 2  60.63 
 
 		 127 aa  169  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0474327  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1013  hypothetical protein  50.79 
 
 		 126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.172073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5203  phasin  41.38 
 
 		 147 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.410344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2947  phasin  42.24 
 
 		 147 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66474  normal  0.0420425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2345  phasin  42.61 
 
 		 118 aa  90.1  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.861194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5600  phasin  37.93 
 
 		 162 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.606302  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2492  phasin  41.38 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0332487  normal  0.350636 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2783  phasin  39.66 
 
 		 158 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.480344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2560  phasin  39.66 
 
 		 158 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.803417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4277  phasin  36.67 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4356  phasin  38.74 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3768  hypothetical protein  37.5 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.172274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4616  phasin  32.48 
 
 		 143 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1910  phasin  35.34 
 
 		 162 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.152182  hitchhiker  0.0055421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2181  phasin  36.61 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5817  hypothetical protein  32.5 
 
 		 117 aa  70.9  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.41591  normal  0.243698 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2223  phasin  35.14 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2499  phasin  35.14 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5238  phasin  32.77 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0095  hypothetical protein  38.46 
 
 		 120 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5937  phasin  33.62 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0420528  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5741  phasin  34.51 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00128464 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1251  phasin 2  33.61 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0500209  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1014  phasin 2  34.45 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.177395 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3940  phasin 2  30.77 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.931407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6819  hypothetical protein  31.62 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2326  phasin  32.11 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0120  hypothetical protein  31.96 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1471  phasin 2 protein  28.21 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1449  phasin 2  29.06 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0683  hypothetical protein  29.9 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.551573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1257  hypothetical protein  30 
 
 		 116 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0093  hypothetical protein  44.68 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0784  hypothetical protein  28.97 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3769  phasin  26.72 
 
 		 173 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0399298  normal  0.640636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0493  hypothetical protein  35 
 
 		 107 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.637535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0172  phasin  29.46 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6390  phasin  28.44 
 
 		 116 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8196  hypothetical protein  28.32 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0828  hypothetical protein  23.53 
 
 		 149 aa  45.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330943  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0319  phasin  22.73 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.977242  normal  0.386124 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1669  hypothetical protein  25.97 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.483467  normal  0.22423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0414  phasin  23.64 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.34291  hitchhiker  0.0000940874 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>