290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2110 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2110  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  608  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3695  cytochrome c, class I  72.39 
 
 		 298 aa  455  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3156  cytochrome c, class I  61.18 
 
 		 305 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2664  hypothetical protein  49.32 
 
 		 294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0593  hypothetical protein  52.69 
 
 		 292 aa  279  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2430  cytochrome c, class I  40.27 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1198  hypothetical protein  27.95 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000391848  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5275  cytochrome c-related protein  30.72 
 
 		 320 aa  105  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0306  class I diheme cytochrome c  30.74 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239873  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1951  class I diheme cytochrome c  30.37 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.57 
 
 		 531 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.94 
 
 		 531 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.19 
 
 		 531 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2272  cytochrome c, class I  26.55 
 
 		 458 aa  82.8  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.242682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2867  cytochrome c-related protein  24.62 
 
 		 340 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218217 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2356  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.1 
 
 		 498 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1938  cytochrome c class I  30.2 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0937188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1781  cytochrome c, class I  31.01 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.89 
 
 		 466 aa  77  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2148  hypothetical protein  28.19 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.61368  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.82 
 
 		 444 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1130  putative cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  24.68 
 
 		 484 aa  73.6  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.92 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1857  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.43 
 
 		 538 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.413717 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0080  cytochrome c-related protein  25.82 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.670842  normal  0.271044 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1151  cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  29.55 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  28.67 
 
 		 425 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  26.69 
 
 		 501 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  26.02 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  28.25 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  27.76 
 
 		 438 aa  70.5  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.25 
 
 		 424 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  28.32 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.76 
 
 		 530 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.28 
 
 		 425 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  29.03 
 
 		 421 aa  68.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4954  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.04 
 
 		 420 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.0290114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.84 
 
 		 434 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.18 
 
 		 467 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  27.43 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.1 
 
 		 426 aa  67.8  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.43 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2958  cytochrome c family protein  23.8 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.184692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  27.43 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  30.07 
 
 		 466 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.15 
 
 		 436 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  27.93 
 
 		 425 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.11 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0986  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.87 
 
 		 430 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.71 
 
 		 474 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  27.34 
 
 		 450 aa  65.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  30.18 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  25.48 
 
 		 430 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  27.27 
 
 		 554 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  28.83 
 
 		 476 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  28.83 
 
 		 482 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1295  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.57 
 
 		 278 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.250133  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.71 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  25.48 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.24 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.71 
 
 		 427 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  36.61 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  28.83 
 
 		 650 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.31 
 
 		 455 aa  64.3  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  25.38 
 
 		 426 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4272  hypothetical protein  26.64 
 
 		 545 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.35 
 
 		 447 aa  62.8  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.3 
 
 		 426 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  25.91 
 
 		 429 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28 
 
 		 442 aa  62  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.9 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.62 
 
 		 527 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1104  cytochrome c, class I  24.51 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.45 
 
 		 418 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0728  cytochrome c-related protein  25.54 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.264132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  37.5 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  28.41 
 
 		 432 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  37.5 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  26.62 
 
 		 527 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  37 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  37.5 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  26.62 
 
 		 527 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.75 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0557  cytochrome c, class I  36.54 
 
 		 683 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.95 
 
 		 451 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  26.32 
 
 		 430 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  27.59 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  27.59 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1162  cytochrome c  26.82 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.460761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1143  hypothetical protein  26.69 
 
 		 532 aa  59.7  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0240878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  25.68 
 
 		 421 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  25.8 
 
 		 477 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  27.8 
 
 		 492 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4495  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.37 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71248  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  24.56 
 
 		 434 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  34 
 
 		 466 aa  58.9  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  27.76 
 
 		 1253 aa  59.3  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  28.29 
 
 		 419 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  26.83 
 
 		 473 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33640  dehydrogenase cytochrome c subunit  26.06 
 
 		 434 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>