More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3540 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3540  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
295 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1765  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  94.92 
 
 
295 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294804  normal  0.0134903 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4223  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  89.49 
 
 
295 aa  530  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3734  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  81.88 
 
 
298 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.130481  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7060  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  79.44 
 
 
305 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377124  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0284  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  78.4 
 
 
343 aa  472  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.819527  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0364  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  77.59 
 
 
304 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1122  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  70.28 
 
 
309 aa  428  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.476308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2831  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  71.53 
 
 
317 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3544  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  68.04 
 
 
306 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.373461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4919  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.29 
 
 
306 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4365  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  72.32 
 
 
306 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0898114  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1450  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.72 
 
 
303 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1881  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  68.77 
 
 
310 aa  375  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.3587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1600  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  68.42 
 
 
310 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.143664 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1639  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  69.18 
 
 
310 aa  371  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2124  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  70.04 
 
 
305 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.737852  normal  0.432021 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1723  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.72 
 
 
303 aa  371  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.37 
 
 
303 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.28 
 
 
300 aa  364  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.0231956 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2028  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  63.93 
 
 
305 aa  357  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.5 
 
 
314 aa  350  1e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.424699 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0219  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.29 
 
 
310 aa  346  3e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.34 
 
 
319 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3409  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.22 
 
 
320 aa  334  7.999999999999999e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.110257  normal  0.0203193 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2438  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.99 
 
 
302 aa  333  2e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24213  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0035  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  55.83 
 
 
312 aa  318  9e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3208  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.94 
 
 
313 aa  317  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2115  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.9 
 
 
313 aa  306  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.907506  normal  0.121247 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2925  methylenetetrahydrofolate reductase  55.96 
 
 
305 aa  306  3e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0809  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  55.64 
 
 
288 aa  305  6e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88075  normal  0.0742908 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4784  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.45 
 
 
297 aa  302  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000375918 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0191  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.25 
 
 
298 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.96 
 
 
296 aa  299  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0125  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.46 
 
 
298 aa  299  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00047  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.17 
 
 
300 aa  299  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0185  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.72 
 
 
298 aa  298  5e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.71 
 
 
300 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.444292  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2258  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.21 
 
 
304 aa  298  8e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561235  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3789  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.78 
 
 
299 aa  298  8e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002308  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.17 
 
 
300 aa  297  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4323  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.52 
 
 
296 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4093  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.8 
 
 
294 aa  295  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0123  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.8 
 
 
294 aa  295  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3805  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.8 
 
 
294 aa  295  5e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0522  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.6 
 
 
296 aa  295  6e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4440  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.5 
 
 
296 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4511  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.5 
 
 
296 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.916562  normal  0.23325 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03827  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4044  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4428  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
296 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.426322 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4481  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.337619  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03776  hypothetical protein  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4074  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3547  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.69 
 
 
294 aa  294  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5402  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.60963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4175  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  294  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3169  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.05 
 
 
296 aa  293  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0624  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.52 
 
 
296 aa  293  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.6 
 
 
298 aa  292  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2878  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.23 
 
 
313 aa  292  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.856826  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4033  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
296 aa  292  5e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.231217 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.5 
 
 
297 aa  291  6e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0514  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.5 
 
 
297 aa  291  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3612  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.5 
 
 
297 aa  291  6e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.69 
 
 
295 aa  291  7e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4054  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.5 
 
 
297 aa  291  8e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0538  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.33 
 
 
295 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2762  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
298 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3774  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.33 
 
 
295 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.33 
 
 
295 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0566  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.33 
 
 
295 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.8 
 
 
296 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03524  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  49.82 
 
 
295 aa  279  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1130  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.36 
 
 
294 aa  276  3e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3955  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  49.28 
 
 
294 aa  275  6e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0162  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.04 
 
 
302 aa  265  5e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2319  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.91 
 
 
287 aa  246  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.576845  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.88 
 
 
288 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2321  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.88 
 
 
288 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0844  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.52 
 
 
288 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.52 
 
 
288 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.83 
 
 
289 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.79 
 
 
298 aa  231  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.695264  hitchhiker  0.000418344 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2667  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.16 
 
 
300 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167357  normal  0.059667 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5027  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.22 
 
 
298 aa  230  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.641097  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2896  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.6 
 
 
286 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1700  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.76 
 
 
289 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0336606  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0674  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.45 
 
 
294 aa  224  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.363262  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0201  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
276 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0188  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
276 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0215  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.39 
 
 
276 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.474341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3163  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
276 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2862  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.82 
 
 
300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.662344  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2769  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.18 
 
 
300 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.921353  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2840  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.88 
 
 
276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.223296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0055  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.88 
 
 
276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>