More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2319 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2319  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
287 aa  590  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.576845  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2321  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  64.24 
 
 
288 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0844  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  65.28 
 
 
288 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  65.28 
 
 
288 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1700  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.94 
 
 
289 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0336606  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.42 
 
 
288 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2080  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  64.58 
 
 
289 aa  363  1e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.69 
 
 
300 aa  272  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.0231956 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.5 
 
 
314 aa  265  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.424699 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2438  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.38 
 
 
302 aa  265  8e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24213  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0035  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.19 
 
 
312 aa  265  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3208  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.56 
 
 
313 aa  262  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.21 
 
 
319 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3544  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.21 
 
 
306 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.373461 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2028  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.26 
 
 
305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2831  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.56 
 
 
317 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3734  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.83 
 
 
298 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.130481  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1723  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.82 
 
 
303 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0364  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.14 
 
 
304 aa  256  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0284  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.79 
 
 
343 aa  256  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.819527  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.27 
 
 
300 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.444292  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.82 
 
 
303 aa  254  9e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1450  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.46 
 
 
303 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7060  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.26 
 
 
305 aa  248  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377124  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3540  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.91 
 
 
295 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3789  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.84 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1765  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.68 
 
 
295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294804  normal  0.0134903 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3409  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.42 
 
 
320 aa  241  7e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.110257  normal  0.0203193 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0809  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.79 
 
 
288 aa  241  7.999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88075  normal  0.0742908 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2878  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.55 
 
 
313 aa  241  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.856826  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1122  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.77 
 
 
309 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.476308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4054  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.53 
 
 
297 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
296 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0538  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.68 
 
 
295 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4033  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.39 
 
 
296 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.231217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4919  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.65 
 
 
306 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0566  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.68 
 
 
295 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3774  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.68 
 
 
295 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.68 
 
 
295 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0219  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.88 
 
 
310 aa  238  8e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.32 
 
 
295 aa  238  9e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0522  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
296 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.17 
 
 
296 aa  237  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.17 
 
 
297 aa  237  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0514  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.17 
 
 
297 aa  237  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0125  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
298 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.67 
 
 
296 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3612  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.17 
 
 
297 aa  237  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4323  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.67 
 
 
296 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3955  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.75 
 
 
294 aa  237  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3547  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.88 
 
 
294 aa  236  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3169  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.06 
 
 
296 aa  236  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
298 aa  236  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0185  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
298 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2925  methylenetetrahydrofolate reductase  46.01 
 
 
305 aa  236  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0191  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.52 
 
 
298 aa  235  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4511  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.916562  normal  0.23325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4440  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11333 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4784  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000375918 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2258  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.26 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03827  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4044  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03776  hypothetical protein  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4481  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.337619  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4428  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4074  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5402  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.60963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4175  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.426322 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002308  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
300 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.67 
 
 
296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1600  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.31 
 
 
310 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.143664 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1881  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.31 
 
 
310 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.3587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4223  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.71 
 
 
295 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00047  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.88 
 
 
300 aa  229  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2124  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.93 
 
 
305 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.737852  normal  0.432021 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0624  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.94 
 
 
296 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3805  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
294 aa  227  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2762  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.67 
 
 
298 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4093  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
294 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0123  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
294 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1639  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.59 
 
 
310 aa  226  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2115  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
313 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.907506  normal  0.121247 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.73 
 
 
289 aa  224  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2667  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.77 
 
 
300 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167357  normal  0.059667 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.55 
 
 
275 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.32 
 
 
276 aa  222  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010717  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4365  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.46 
 
 
306 aa  222  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0898114  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0614  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.35 
 
 
275 aa  221  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.460878 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.82 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1130  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.58 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239828  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03524  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.58 
 
 
295 aa  219  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0215  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.82 
 
 
276 aa  219  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.474341  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0162  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  37.41 
 
 
302 aa  217  2e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0183  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.52 
 
 
274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.562647  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2769  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.96 
 
 
300 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.921353  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2862  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.662344  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3844  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.37 
 
 
277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2896  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.67 
 
 
286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2676  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>