280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0642 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
298 aa  615  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
295 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4054  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.17 
 
 
297 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
297 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0514  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
297 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0566  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
295 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0538  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
295 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3612  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
297 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
295 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3774  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
295 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0522  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  89.46 
 
 
296 aa  557  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3547  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  90.51 
 
 
294 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  87.76 
 
 
296 aa  547  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3169  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  88.47 
 
 
296 aa  547  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0624  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  87.41 
 
 
296 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  87.76 
 
 
296 aa  543  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2762  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  71.96 
 
 
298 aa  468  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4323  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.81 
 
 
296 aa  464  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0125  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  72.79 
 
 
298 aa  464  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03827  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4044  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4428  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4074  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.13 
 
 
296 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4175  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4481  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.337619  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03776  hypothetical protein  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3789  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.81 
 
 
299 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.426322 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5402  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
296 aa  461  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.60963 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0123  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
294 aa  457  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4033  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  72.79 
 
 
296 aa  459  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.231217 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4440  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.13 
 
 
296 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3805  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
294 aa  457  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4511  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.13 
 
 
296 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.916562  normal  0.23325 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0191  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  71.81 
 
 
298 aa  460  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4784  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  72.05 
 
 
297 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000375918 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4093  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  73.47 
 
 
294 aa  457  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0185  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  72.05 
 
 
298 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002308  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  70.13 
 
 
300 aa  454  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00047  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  69.46 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2258  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  70.51 
 
 
304 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561235  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1130  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  69.18 
 
 
294 aa  434  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3955  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  67.24 
 
 
294 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03524  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  67.24 
 
 
295 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0162  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.07 
 
 
302 aa  397  1e-109  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0035  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.04 
 
 
312 aa  335  5.999999999999999e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.31 
 
 
314 aa  322  4e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.424699 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.76 
 
 
319 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0219  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.32 
 
 
310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.31 
 
 
300 aa  310  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.0231956 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3208  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.61 
 
 
313 aa  309  4e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1122  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.85 
 
 
309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.476308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2831  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.84 
 
 
317 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3544  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.14 
 
 
306 aa  298  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.373461 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2438  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.69 
 
 
302 aa  298  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24213  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1765  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.96 
 
 
295 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294804  normal  0.0134903 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3540  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.6 
 
 
295 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4919  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.3 
 
 
306 aa  291  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7060  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.48 
 
 
305 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377124  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1723  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.53 
 
 
303 aa  289  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0364  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.53 
 
 
304 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0284  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50 
 
 
343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.819527  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50 
 
 
303 aa  285  5.999999999999999e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1450  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.18 
 
 
303 aa  285  7e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1881  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  55.04 
 
 
310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.3587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1600  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.68 
 
 
310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.143664 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4223  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.52 
 
 
295 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2028  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.46 
 
 
305 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3734  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.18 
 
 
298 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.130481  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0809  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.35 
 
 
288 aa  275  9e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88075  normal  0.0742908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1639  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.21 
 
 
310 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2124  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.24 
 
 
305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.737852  normal  0.432021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4365  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.24 
 
 
306 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0898114  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3409  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.52 
 
 
320 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.110257  normal  0.0203193 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2321  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.79 
 
 
288 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0844  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.14 
 
 
288 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.14 
 
 
288 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.93 
 
 
300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.444292  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2878  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.07 
 
 
313 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.856826  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.55 
 
 
288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2925  methylenetetrahydrofolate reductase  45.32 
 
 
305 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1700  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.44 
 
 
289 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0336606  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.49 
 
 
289 aa  238  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2539  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.65 
 
 
281 aa  237  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0456939  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2319  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.24 
 
 
287 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.576845  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3163  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.53 
 
 
276 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2840  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.223296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0055  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3836  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139843  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3917  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3136  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3415  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1703  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.708829  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2680  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.9 
 
 
297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.883975  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0182  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.89 
 
 
276 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.344153  normal  0.0379106 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0188  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.89 
 
 
276 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0201  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.89 
 
 
276 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3377  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.53 
 
 
276 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>