More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2401 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
300 aa  619  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.0231956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2831  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  63.36 
 
 
317 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3544  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.37 
 
 
306 aa  374  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.373461 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1122  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.41 
 
 
309 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.476308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7060  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.68 
 
 
305 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377124  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3409  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.59 
 
 
320 aa  371  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.110257  normal  0.0203193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1765  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.92 
 
 
295 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294804  normal  0.0134903 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3540  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.28 
 
 
295 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0284  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.44 
 
 
343 aa  357  9e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.819527  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0364  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.09 
 
 
304 aa  358  9e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0035  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60 
 
 
312 aa  357  9.999999999999999e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0219  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.51 
 
 
310 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4919  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.73 
 
 
306 aa  354  8.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2438  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.51 
 
 
302 aa  348  6e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24213  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3734  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.15 
 
 
298 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.130481  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4223  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.43 
 
 
295 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.99 
 
 
314 aa  346  3e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.424699 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.12 
 
 
319 aa  345  8e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1639  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  63.8 
 
 
310 aa  344  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1881  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.5 
 
 
310 aa  343  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.3587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1600  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.15 
 
 
310 aa  343  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.143664 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2124  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  63.9 
 
 
305 aa  342  4e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.737852  normal  0.432021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4365  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.15 
 
 
306 aa  341  9e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0898114  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1723  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  55.33 
 
 
303 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2028  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.03 
 
 
305 aa  334  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  55.07 
 
 
303 aa  330  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1450  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.73 
 
 
303 aa  327  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3208  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.18 
 
 
313 aa  322  5e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3789  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53 
 
 
299 aa  316  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4033  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.3 
 
 
296 aa  315  4e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.231217 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4784  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.75 
 
 
297 aa  315  8e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000375918 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4323  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.59 
 
 
296 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4074  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03827  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4044  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03776  hypothetical protein  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4481  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.337619  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4428  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5402  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.60963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4175  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0125  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.59 
 
 
298 aa  311  7.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.94 
 
 
296 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.426322 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4440  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.24 
 
 
296 aa  311  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11333 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.24 
 
 
296 aa  311  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4511  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.24 
 
 
296 aa  311  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.916562  normal  0.23325 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.31 
 
 
298 aa  310  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.88 
 
 
296 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0191  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.35 
 
 
298 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0185  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.35 
 
 
298 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.43 
 
 
296 aa  308  9e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0809  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  53.85 
 
 
288 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88075  normal  0.0742908 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3547  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.88 
 
 
294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0123  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.24 
 
 
294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3805  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.24 
 
 
294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4093  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.24 
 
 
294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.69 
 
 
297 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0514  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.69 
 
 
297 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3612  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.69 
 
 
297 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0624  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.35 
 
 
296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4054  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.33 
 
 
297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  51.62 
 
 
296 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
295 aa  301  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0522  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.35 
 
 
296 aa  300  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0538  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
295 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3169  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
296 aa  300  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
295 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0566  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
295 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3774  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.16 
 
 
295 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.53 
 
 
300 aa  295  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.444292  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00047  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  49.13 
 
 
300 aa  293  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2258  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.54 
 
 
304 aa  292  4e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561235  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2925  methylenetetrahydrofolate reductase  50.88 
 
 
305 aa  292  5e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002308  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.78 
 
 
300 aa  291  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2878  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.76 
 
 
313 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.856826  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1130  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  49.65 
 
 
294 aa  291  1e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239828  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03524  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.18 
 
 
295 aa  290  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3955  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.9 
 
 
294 aa  287  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2762  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  50.18 
 
 
298 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0162  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.77 
 
 
302 aa  285  5e-76  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2115  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.23 
 
 
313 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.907506  normal  0.121247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2319  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.69 
 
 
287 aa  272  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.576845  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2321  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.58 
 
 
288 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0844  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.67 
 
 
288 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.67 
 
 
288 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1700  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.7 
 
 
289 aa  261  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0336606  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.81 
 
 
288 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2080  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.16 
 
 
289 aa  242  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5126  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.57 
 
 
291 aa  237  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170004  normal  0.0750337 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.86 
 
 
289 aa  236  4e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5027  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.04 
 
 
298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.641097  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.76 
 
 
298 aa  229  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.695264  hitchhiker  0.000418344 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2896  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.16 
 
 
286 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3198  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.75 
 
 
295 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000417891  hitchhiker  0.000803821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3307  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.81 
 
 
300 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0201  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.77 
 
 
276 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0188  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.77 
 
 
276 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2667  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.82 
 
 
300 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167357  normal  0.059667 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0674  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.49 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.363262  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3163  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.57 
 
 
276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05590  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.62 
 
 
290 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>