More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1389 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
298 aa  601  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.695264  hitchhiker  0.000418344 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5126  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  83.51 
 
 
291 aa  484  1e-136  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170004  normal  0.0750337 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0991  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  67.83 
 
 
331 aa  400  1e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.232217  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  66.67 
 
 
308 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0444121  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1345  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  66.78 
 
 
308 aa  397  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  hitchhiker  0.000920684 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5027  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  66.09 
 
 
298 aa  391  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.641097  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3250  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  64.73 
 
 
305 aa  389  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.670776  normal  0.484115 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1050  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  66.31 
 
 
312 aa  385  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.466663  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2788  Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  65.61 
 
 
310 aa  386  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.419297  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3477  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  65.61 
 
 
305 aa  381  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112199  hitchhiker  0.00918813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3307  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  65.51 
 
 
300 aa  379  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1572  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  64.31 
 
 
315 aa  364  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.510874 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3109  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.97 
 
 
309 aa  348  9e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.393946  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3198  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.6 
 
 
295 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000417891  hitchhiker  0.000803821 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.22 
 
 
296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27000  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.26 
 
 
302 aa  330  3e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.276058  normal  0.910216 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3083  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.93 
 
 
296 aa  316  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0275518  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2661  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.83 
 
 
313 aa  305  8.000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3032  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.33 
 
 
297 aa  300  2e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.957314  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2667  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.4 
 
 
300 aa  255  7e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167357  normal  0.059667 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2769  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.04 
 
 
300 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.921353  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2862  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.04 
 
 
300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.662344  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.01 
 
 
289 aa  247  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.81 
 
 
314 aa  247  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.424699 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0482  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.32 
 
 
291 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.971858  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0674  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.52 
 
 
294 aa  242  5e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.363262  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2676  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.62 
 
 
300 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0459  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
281 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2831  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.95 
 
 
317 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5069  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
281 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1122  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.97 
 
 
309 aa  235  7e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.476308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1765  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.79 
 
 
295 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294804  normal  0.0134903 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0035  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.62 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1732  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.37 
 
 
301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000245457  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0180  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.8 
 
 
276 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4223  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  47.55 
 
 
295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0448  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.27 
 
 
281 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.75 
 
 
276 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010717  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2916  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.8 
 
 
276 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0488  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
281 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3540  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.79 
 
 
295 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3544  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.66 
 
 
306 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.373461 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2833  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.53 
 
 
276 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.355135  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3335  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.8 
 
 
276 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0188  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.89 
 
 
276 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0274  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.53 
 
 
276 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.320742  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4977  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.7 
 
 
295 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0256  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.53 
 
 
276 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0201  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.89 
 
 
276 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3658  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.43 
 
 
276 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4850  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.67 
 
 
281 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0546784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.76 
 
 
300 aa  229  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.0231956 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0182  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.16 
 
 
276 aa  229  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.344153  normal  0.0379106 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2517  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (FADH)  43.8 
 
 
276 aa  229  4e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.507851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.75 
 
 
282 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03550  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.82 
 
 
281 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0477  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.34 
 
 
291 aa  229  5e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0179817  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1081  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.91 
 
 
308 aa  228  6e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0517774  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2896  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.82 
 
 
286 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0091  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase oxidoreductase protein  43.43 
 
 
276 aa  228  8e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05590  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.75 
 
 
290 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0215  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.03 
 
 
276 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.474341  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1170  Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  49.04 
 
 
298 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0239338  normal  0.331608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5281  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.58 
 
 
281 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3377  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.43 
 
 
276 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.3 
 
 
281 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4919  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.04 
 
 
306 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1822  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  39.49 
 
 
285 aa  226  4e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00652514  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7060  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.32 
 
 
305 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377124  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2438  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.8 
 
 
302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24213  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3734  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.57 
 
 
298 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.130481  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0284  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.44 
 
 
343 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.819527  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.52 
 
 
296 aa  223  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.44 
 
 
319 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0364  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.07 
 
 
304 aa  223  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1105  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.97 
 
 
293 aa  223  4e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0497695  normal  0.0196735 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.87 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2367  Deleted entry  42.5 
 
 
323 aa  222  7e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.38264  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3163  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3136  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3917  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3836  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139843  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2840  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.223296  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3756  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.7 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0055  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3415  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1703  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.34 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.708829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2028  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.61 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0654  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.65 
 
 
283 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.127166 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.64 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2001  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.22 
 
 
276 aa  219  5e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1723  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.75 
 
 
303 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1717  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.59 
 
 
276 aa  219  6e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.449372  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.39 
 
 
275 aa  219  6e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1450  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
303 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3547  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.27 
 
 
294 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0183  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.88 
 
 
274 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.562647  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1055  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.25 
 
 
311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3169  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.55 
 
 
296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>