81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3036 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3036  NUDIX hydrolase  100 
 
 		 251 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103793  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2416  NUDIX hydrolase  90.04 
 
 		 252 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00201354  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3538  NUDIX hydrolase  83.6 
 
 		 251 aa  410  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4736  putative NUDIX hydrolase  78.12 
 
 		 256 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2236  NUDIX hydrolase  78.63 
 
 		 244 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0182426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2440  NUDIX hydrolase  71.84 
 
 		 246 aa  373  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.200003  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3862  NUDIX hydrolase  44.49 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6674  NUDIX hydrolase  44.72 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.702722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7413  NUDIX hydrolase  46.29 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0101232  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1351  NUDIX hydrolase  47.56 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2339  NUDIX hydrolase  45.18 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.843514  normal  0.659505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3574  NUDIX hydrolase  45.78 
 
 		 248 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2382  NUDIX hydrolase  44.59 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.673609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2659  NUDIX hydrolase  44.59 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3348  NUDIX hydrolase  44.44 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2625  NUDIX hydrolase  44.5 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3674  NUDIX hydrolase  41.05 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2828  NUDIX hydrolase  44.08 
 
 		 255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0852526  normal  0.646484 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0607  MutT/nudix family protein  44.39 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0572  MutT/nudix family protein  44.39 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0419  hypothetical protein  44.93 
 
 		 225 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453374  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1280  NUDIX hydrolase  49.75 
 
 		 226 aa  131  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0919389 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2180  NUDIX hydrolase  40.93 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0550608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1500  NUDIX hydrolase  40 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3137  NUDIX hydrolase  40.28 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.260415 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2075  NUDIX hydrolase  44.93 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2343  NUDIX hydrolase  43.91 
 
 		 228 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0102675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2822  NUDIX hydrolase  41.4 
 
 		 225 aa  121  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.78022  normal  0.473319 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3980  NUDIX hydrolase  42.99 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0929  NUDIX hydrolase  39.83 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.89516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2827  NUDIX hydrolase  35.53 
 
 		 225 aa  102  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.147505  normal  0.410276 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0115  hypothetical protein  34.13 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2699  NUDIX hydrolase  31.91 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2913  NUDIX hydrolase  32.3 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3570  NUDIX hydrolase  33.12 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3801  beta-lactamase domain-containing protein  28.8 
 
 		 545 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0235  NUDIX hydrolase  33.73 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.998235  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5313  NUDIX hydrolase  32.96 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.723255 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0337  NUDIX hydrolase  33.13 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0466  NUDIX hydrolase  34.55 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.743041 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36160  NUDIX family protein  34.13 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2700  NUDIX hydrolase  29.76 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.805281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8909  NUDIX hydrolase  32.14 
 
 		 289 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0793  beta-lactamase domain-containing protein  29.38 
 
 		 556 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.541294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3275  NUDIX hydrolase  32.1 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424821  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4500  NUDIX hydrolase  33.89 
 
 		 267 aa  55.1  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0935289 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1025  NUDIX hydrolase  30.62 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4271  NUDIX hydrolase  31.9 
 
 		 283 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0202  NUDIX hydrolase  32.39 
 
 		 295 aa  53.9  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0949289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6639  NUDIX hydrolase  29.21 
 
 		 281 aa  52.4  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0811428  hitchhiker  0.000186987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0516  NUDIX hydrolase  30.62 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4283  NUDIX hydrolase  30.77 
 
 		 315 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.918616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3691  beta-lactamase domain-containing protein  35.71 
 
 		 568 aa  51.2  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.781768  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3001  beta-lactamase domain protein  35.71 
 
 		 568 aa  51.2  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2518  NUDIX hydrolase  32.93 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5001  hypothetical protein  28.4 
 
 		 267 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1055  beta-lactamase-like  28.89 
 
 		 550 aa  50.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.128997 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2088  NUDIX hydrolase  30.21 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1998  NUDIX hydrolase  30.85 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3446  beta-lactamase-like  30.17 
 
 		 562 aa  50.4  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3111  NUDIX hydrolase  29.09 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0247  NUDIX hydrolase  33.73 
 
 		 279 aa  50.4  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25420  NUDIX family protein  31.74 
 
 		 290 aa  49.7  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1558  NUDIX hydrolase  32.43 
 
 		 222 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.435386  normal  0.462707 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3602  NUDIX hydrolase  32.12 
 
 		 263 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22420  NUDIX family protein  29.22 
 
 		 313 aa  48.5  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.62232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1838  NUDIX hydrolase  30.95 
 
 		 275 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.181353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1857  NUDIX hydrolase  30.95 
 
 		 275 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1904  NUDIX hydrolase  30.95 
 
 		 275 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.269642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3441  beta-lactamase domain-containing protein  30 
 
 		 544 aa  47  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2937  NUDIX hydrolase  28.48 
 
 		 227 aa  47  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4249  NUDIX hydrolase:Beta-lactamase-like  29.27 
 
 		 566 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02770  NUDIX family protein  29.94 
 
 		 300 aa  46.6  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0715  NUDIX hydrolase  31.45 
 
 		 247 aa  45.4  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4852  NUDIX hydrolase  29.01 
 
 		 285 aa  45.4  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1969  NUDIX hydrolase  29.88 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2354  NUDIX hydrolase  29.65 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.081221  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0331  NUDIX hydrolase  37.61 
 
 		 368 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.100097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1959  NUDIX hydrolase  32.32 
 
 		 426 aa  44.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0680964  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2890  NUDIX hydrolase  34.78 
 
 		 199 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1452  beta-lactamase domain-containing protein  30.46 
 
 		 556 aa  43.1  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.463729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>