73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3980 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3980  NUDIX hydrolase  100 
 
 		 239 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0419  hypothetical protein  58.93 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2075  NUDIX hydrolase  60.27 
 
 		 225 aa  218  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2180  NUDIX hydrolase  53.1 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0550608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2343  NUDIX hydrolase  59.38 
 
 		 228 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0102675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2822  NUDIX hydrolase  53.51 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.78022  normal  0.473319 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3137  NUDIX hydrolase  53.68 
 
 		 222 aa  198  7e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.260415 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6674  NUDIX hydrolase  46.51 
 
 		 251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.702722 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2828  NUDIX hydrolase  46.89 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0852526  normal  0.646484 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2625  NUDIX hydrolase  41.47 
 
 		 244 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7413  NUDIX hydrolase  44.19 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0101232  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3574  NUDIX hydrolase  43.22 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2339  NUDIX hydrolase  46.67 
 
 		 245 aa  136  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.843514  normal  0.659505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2659  NUDIX hydrolase  43.84 
 
 		 257 aa  135  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2382  NUDIX hydrolase  43.84 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.673609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3036  NUDIX hydrolase  42.99 
 
 		 251 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103793  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2440  NUDIX hydrolase  40.83 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.200003  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2416  NUDIX hydrolase  43.72 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00201354  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4736  putative NUDIX hydrolase  41.55 
 
 		 256 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1351  NUDIX hydrolase  39.15 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3862  NUDIX hydrolase  40 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2236  NUDIX hydrolase  42.06 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0182426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3538  NUDIX hydrolase  42.52 
 
 		 251 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1280  NUDIX hydrolase  44.06 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0919389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1500  NUDIX hydrolase  43 
 
 		 242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0572  MutT/nudix family protein  36.12 
 
 		 243 aa  112  7.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0607  MutT/nudix family protein  36.12 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3674  NUDIX hydrolase  36.68 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3348  NUDIX hydrolase  35.81 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0929  NUDIX hydrolase  40 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.89516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2827  NUDIX hydrolase  39.49 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.147505  normal  0.410276 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3801  beta-lactamase domain-containing protein  35.33 
 
 		 545 aa  67.8  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0235  NUDIX hydrolase  34.59 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.998235  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1025  NUDIX hydrolase  32.86 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0466  NUDIX hydrolase  34.32 
 
 		 275 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.743041 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4852  NUDIX hydrolase  31.95 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5313  NUDIX hydrolase  34.68 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.723255 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0115  hypothetical protein  32.12 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2937  NUDIX hydrolase  32.21 
 
 		 227 aa  57  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1055  beta-lactamase-like  42.11 
 
 		 550 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.128997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1959  NUDIX hydrolase  32.31 
 
 		 426 aa  55.5  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0680964  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3275  NUDIX hydrolase  33.73 
 
 		 274 aa  55.1  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2699  NUDIX hydrolase  33.95 
 
 		 294 aa  53.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8909  NUDIX hydrolase  32.44 
 
 		 289 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36160  NUDIX family protein  32.8 
 
 		 281 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25420  NUDIX family protein  38.14 
 
 		 290 aa  50.1  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0202  NUDIX hydrolase  31.95 
 
 		 295 aa  50.4  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0949289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3111  NUDIX hydrolase  30.81 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2518  NUDIX hydrolase  29.86 
 
 		 261 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158664  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0793  beta-lactamase domain-containing protein  40.86 
 
 		 556 aa  49.3  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.541294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2354  NUDIX hydrolase  29.94 
 
 		 264 aa  48.9  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.081221  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0715  NUDIX hydrolase  33.12 
 
 		 247 aa  48.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0247  NUDIX hydrolase  30.37 
 
 		 279 aa  48.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6639  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0811428  hitchhiker  0.000186987 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3446  beta-lactamase-like  39.08 
 
 		 562 aa  47.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4500  NUDIX hydrolase  34.17 
 
 		 267 aa  46.6  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0935289 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0331  NUDIX hydrolase  38.61 
 
 		 368 aa  46.2  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.100097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3602  NUDIX hydrolase  31.18 
 
 		 263 aa  45.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2913  NUDIX hydrolase  30.38 
 
 		 272 aa  43.9  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4236  Beta-lactamase-like  30.57 
 
 		 500 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2700  NUDIX hydrolase  30.77 
 
 		 273 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.805281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1558  NUDIX hydrolase  37.86 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.435386  normal  0.462707 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0284  NUDIX hydrolase  31.5 
 
 		 296 aa  43.9  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.144667 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0337  NUDIX hydrolase  35.35 
 
 		 290 aa  43.9  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1452  beta-lactamase domain-containing protein  32.47 
 
 		 556 aa  44.3  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.463729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2088  NUDIX hydrolase  35.48 
 
 		 277 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4271  NUDIX hydrolase  34.41 
 
 		 283 aa  43.5  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4283  NUDIX hydrolase  29.07 
 
 		 315 aa  43.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.918616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4385  beta-lactamase domain-containing protein  31.61 
 
 		 484 aa  42.7  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.113297 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0516  NUDIX hydrolase  29.09 
 
 		 264 aa  42.7  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3441  beta-lactamase domain-containing protein  44.21 
 
 		 544 aa  42.4  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1998  NUDIX hydrolase  29.3 
 
 		 235 aa  42  0.008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4249  NUDIX hydrolase:Beta-lactamase-like  30.29 
 
 		 566 aa  41.6  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>