More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2839 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2839  LexA repressor  100 
 
 		 235 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2809  LexA repressor  95.32 
 
 		 234 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.33074  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3249  LexA repressor  91.95 
 
 		 236 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1729  LexA repressor  90.21 
 
 		 233 aa  417  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1841  LexA repressor  86.81 
 
 		 233 aa  400  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.924658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2454  LexA repressor  88.61 
 
 		 237 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212024  normal  0.397716 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4496  LexA repressor  86.38 
 
 		 232 aa  400  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1678  LexA repressor  72.88 
 
 		 236 aa  342  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.29341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4371  LexA repressor  70.71 
 
 		 237 aa  340  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.274374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1419  LexA repressor  72.15 
 
 		 237 aa  333  9e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2561  LexA repressor  71.01 
 
 		 239 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.936148  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1353  LexA repressor  70.46 
 
 		 238 aa  321  5e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2045  LexA repressor  67.36 
 
 		 239 aa  321  6e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.613355  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1791  LexA repressor  69.33 
 
 		 239 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.117655  hitchhiker  0.00108094 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  65.7 
 
 		 242 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_004310  BR1144  LexA repressor  66.67 
 
 		 240 aa  319  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1104  LexA repressor  66.67 
 
 		 240 aa  319  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1598  LexA repressor  68.91 
 
 		 239 aa  319  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5225  LexA repressor  67.08 
 
 		 240 aa  317  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4683  LexA repressor  65.56 
 
 		 240 aa  317  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1642  LexA repressor  66.95 
 
 		 236 aa  317  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217888  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  66.67 
 
 		 240 aa  317  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5148  LexA repressor  65.56 
 
 		 240 aa  317  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.160291  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  66.53 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3178  LexA repressor  67.65 
 
 		 237 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.917089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2782  LexA repressor  59.92 
 
 		 235 aa  275  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0386684  hitchhiker  0.000588647 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2142  LexA repressor  62.29 
 
 		 232 aa  275  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3094  LexA repressor  61.02 
 
 		 228 aa  274  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1398  LexA repressor  59.92 
 
 		 232 aa  272  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0394498  hitchhiker  0.000716176 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1803  LexA repressor  60.91 
 
 		 231 aa  271  6e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00193546  normal  0.136628 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  59.32 
 
 		 228 aa  264  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1898  LexA repressor  53.57 
 
 		 251 aa  257  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2883  LexA repressor  56.54 
 
 		 231 aa  254  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1997  LexA repressor  56.78 
 
 		 228 aa  252  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0707  LexA repressor  56.17 
 
 		 227 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.265887 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0832  LexA repressor  55.74 
 
 		 227 aa  246  3e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0630209  hitchhiker  0.00461064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3216  LexA repressor  58.3 
 
 		 224 aa  244  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0413158 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  54.84 
 
 		 241 aa  239  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0145  LexA repressor  55.47 
 
 		 253 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0813581  normal  0.028375 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2029  LexA repressor  50.79 
 
 		 234 aa  234  9e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1495  LexA repressor  39.74 
 
 		 222 aa  156  3e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000262911  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1008  repressor lexA  40.34 
 
 		 204 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000183008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1873  SOS-response transcriptional repressor, LexA  38.59 
 
 		 214 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.164237  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1236  LexA repressor  35.19 
 
 		 207 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000635507  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1479  LexA repressor  37.55 
 
 		 275 aa  144  8.000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0381882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3377  LexA repressor  36.05 
 
 		 204 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.32678  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2344  LexA repressor  36.05 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.53254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3727  LexA repressor  35.19 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3479  LexA repressor  35.19 
 
 		 269 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3444  LexA repressor  35.19 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3395  LexA repressor  35.19 
 
 		 269 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3708  LexA repressor  35.19 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000011007 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3754  LexA repressor  35.19 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3799  LexA repressor  35.19 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1516  LexA repressor  35.19 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.142022 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3750  LexA repressor  35.19 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1579  transcriptional repressor, LexA family  35.9 
 
 		 202 aa  141  7e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10800  SOS regulatory protein LexA  37.18 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000176447  unclonable  0.0000000017839 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1120  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.44 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.430548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.33 
 
 		 213 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2427  SOS-response transcriptional repressor LexA  37.77 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.639374 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2118  LexA repressor  36.02 
 
 		 207 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2719  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.48 
 
 		 204 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000100121  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0581  LexA repressor  37.18 
 
 		 210 aa  138  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.640194  normal  0.502915 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07330  SOS-response transcriptional repressor, LexA  40.85 
 
 		 238 aa  135  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.140562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3979  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.47 
 
 		 252 aa  135  7.000000000000001e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.712673  normal  0.0708135 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0167  LexA repressor  35.89 
 
 		 241 aa  135  8e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.139348  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1427  LexA repressor  33.19 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000910352  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1400  LexA repressor  33.19 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00035573  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1409  LexA family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0567372  decreased coverage  0.00000225039 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  35.19 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  34.91 
 
 		 203 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  34.91 
 
 		 203 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0909  LexA repressor  33.62 
 
 		 206 aa  132  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1566  transcriptional repressor, LexA family  39.34 
 
 		 252 aa  132  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000959525 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1583  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.19 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.4567  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2104  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.66 
 
 		 231 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.788745  normal  0.0179142 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3510  LexA repressor  35.74 
 
 		 256 aa  132  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.33 
 
 		 235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11470  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.61 
 
 		 207 aa  132  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.7722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3074  Repressor lexA  38.98 
 
 		 197 aa  131  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12734  LexA repressor  36.05 
 
 		 217 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2134  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.61 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.017177 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2238  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.29 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778697  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3817  LexA repressor  36.48 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.18019  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2157  LexA repressor  36.48 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00513762 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2168  LexA repressor  36.48 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264168  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0793  LexA repressor  35.5 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163757  hitchhiker  8.744270000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1468  LexA repressor  36.21 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.097089  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1504  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.33 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000188226 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1693  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.33 
 
 		 215 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.026271  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2214  LexA repressor  36.48 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132228  normal  0.149598 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17230  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.19 
 
 		 233 aa  129  3e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.302677 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0757  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.77 
 
 		 196 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1451  LexA repressor  36.32 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.440028  normal  0.764251 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10620  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.78 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.445804  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1232  LexA repressor  35.62 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0475766  normal  0.0166325 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0677  LexA repressor  31.17 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000451027  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  38.39 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1204  LexA repressor  37.45 
 
 		 212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000092857  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>