60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2798 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2798  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0430763  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2753  hypothetical protein  81.79 
 
 		 339 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.30677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3197  putative methyl accepting chemotaxis protein  77.15 
 
 		 337 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2501  hypothetical protein  71.81 
 
 		 342 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.82 
 
 		 636 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.75 
 
 		 638 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3773  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.49 
 
 		 633 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0567  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.49 
 
 		 633 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.49 
 
 		 633 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1030  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.45 
 
 		 653 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.76 
 
 		 634 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.19 
 
 		 633 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2177  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.45 
 
 		 619 aa  89.7  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0042391  normal  0.0195698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7375  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.72 
 
 		 655 aa  86.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1479  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.91 
 
 		 640 aa  82.8  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0522747  normal  0.0374393 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.23 
 
 		 626 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.670502  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  30.24 
 
 		 634 aa  79  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 		 678 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1507  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.52 
 
 		 762 aa  74.7  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.463366  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.38 
 
 		 637 aa  74.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.65 
 
 		 634 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.14 
 
 		 637 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 		 1275 aa  68.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3409  chemotaxis sensory transducer  27.19 
 
 		 651 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.304746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1826  chemotaxis sensory transducer  29.8 
 
 		 650 aa  65.1  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 637 aa  63.5  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2855  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 599 aa  63.2  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3476  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.11 
 
 		 641 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.640734  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0072  methyl-accepting chemotaxis protein  24.31 
 
 		 712 aa  61.2  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 723 aa  61.6  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1977  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.38 
 
 		 651 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.064764  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3761  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.56 
 
 		 822 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0298  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 899 aa  60.1  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0542846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0660  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.81 
 
 		 675 aa  59.7  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.84238 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  23.96 
 
 		 502 aa  58.2  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 		 587 aa  56.6  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000947824  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2683  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.32 
 
 		 1023 aa  56.2  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000849371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.64 
 
 		 651 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.84 
 
 		 1398 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  24.38 
 
 		 532 aa  54.3  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0971  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.99 
 
 		 777 aa  52.8  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.271758  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1560  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 		 569 aa  52.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  23.18 
 
 		 811 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.73 
 
 		 663 aa  50.8  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0375988  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0834  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30 
 
 		 622 aa  50.8  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2050  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.86 
 
 		 807 aa  50.8  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.891859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0703  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.96 
 
 		 805 aa  50.8  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3654  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.49 
 
 		 822 aa  49.7  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.720146  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0077  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.81 
 
 		 941 aa  49.3  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000232315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5094  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.18 
 
 		 659 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.298675 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0194  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.15 
 
 		 1032 aa  47.8  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000134562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.33 
 
 		 646 aa  46.6  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3443  hypothetical protein  26.64 
 
 		 394 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.264114  normal  0.476005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3475  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.4 
 
 		 649 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 1291 aa  45.8  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9088  methyl-accepting chemotaxis protein  30.95 
 
 		 761 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2858  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 		 687 aa  44.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1919  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  21.17 
 
 		 295 aa  44.3  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3961  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.42 
 
 		 391 aa  43.5  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.4242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1379  histidine kinase  24.18 
 
 		 579 aa  42.7  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.138084  normal  0.0193369 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>