More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3409 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1977  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  83.56 
 
 
651 aa  1040    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.064764  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  71.27 
 
 
651 aa  842    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3475  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  58 
 
 
649 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3476  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  58.1 
 
 
641 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.640734  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3409  chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
651 aa  1288    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.304746  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7375  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.5 
 
 
655 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1030  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.35 
 
 
653 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5094  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.02 
 
 
659 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.298675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
573 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.610641  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0969  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.19 
 
 
562 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.956339  normal  0.570918 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2025  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.7 
 
 
688 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0110809  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3547  chemotaxis sensory transducer  50.92 
 
 
566 aa  318  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6635  methyl-accepting chemotaxis protein  50.95 
 
 
565 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.459746  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.96 
 
 
566 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4407  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.1 
 
 
566 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0065  chemotaxis sensory transducer  50.95 
 
 
688 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0714339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3545  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.95 
 
 
689 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.457552  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1408  chemotaxis sensory transducer  45.77 
 
 
568 aa  307  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.591131  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.55 
 
 
567 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1840  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.47 
 
 
561 aa  306  6e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.5 
 
 
563 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6483  methyl-accepting chemotaxis protein  46.19 
 
 
565 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.877741  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1918  chemotaxis sensory transducer  49.59 
 
 
688 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.537222 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0995  chemotaxis sensory transducer  49.59 
 
 
656 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.880627  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4271  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.06 
 
 
567 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0994  chemotaxis sensory transducer  49.59 
 
 
656 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.357708  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3581  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.87 
 
 
567 aa  298  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0981346  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3563  chemotaxis sensory transducer  47.31 
 
 
563 aa  297  5e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51 
 
 
675 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0391093 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2744  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.38 
 
 
572 aa  296  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696609  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3380  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.74 
 
 
567 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1080  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.86 
 
 
698 aa  295  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0139762  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1293  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
562 aa  294  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00511002  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2901  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.57 
 
 
674 aa  294  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.22504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0644  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  49.16 
 
 
565 aa  294  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2905  putative methyl-accepting chemotaxis protein  48.48 
 
 
542 aa  293  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234112  normal  0.211145 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.11 
 
 
560 aa  293  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.14669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0192  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.86 
 
 
688 aa  293  8e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3598  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.28 
 
 
672 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5172  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.27 
 
 
656 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1388  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.46 
 
 
656 aa  292  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0527529  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0330  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  48.31 
 
 
676 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0869057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3804  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.6 
 
 
655 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.772812  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4787  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.01 
 
 
561 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2250  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.37 
 
 
670 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3147  chemotaxis sensory transducer  49.73 
 
 
561 aa  291  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0908078  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3904  chemotaxis sensory transducer  47.73 
 
 
566 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.73 
 
 
561 aa  290  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.130295  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3107  chemotaxis sensory transducer  49.32 
 
 
674 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0664997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.71 
 
 
556 aa  290  6e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.395485 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0820  chemotaxis sensory transducer  50.43 
 
 
608 aa  290  8e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254614  normal  0.216431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2072  chemotaxis sensory transducer  51.43 
 
 
556 aa  289  9e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68132  normal  0.341201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5110  hypothetical protein  50 
 
 
688 aa  288  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.791751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0718  chemotaxis sensory transducer  48.8 
 
 
669 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.845917  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1830  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.95 
 
 
563 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2358  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.9 
 
 
673 aa  287  5e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.207811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3907  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.17 
 
 
565 aa  287  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2996  methyl-accepting chemotaxis protein  48.18 
 
 
698 aa  286  5.999999999999999e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2906  putative methyl-accepting chemotaxis protein  51.21 
 
 
564 aa  286  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  0.106702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3824  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.71 
 
 
561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4104  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.07 
 
 
586 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.783692  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4269  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer protein  48.19 
 
 
691 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2091  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.41 
 
 
562 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0245477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0497  chemotaxis sensory transducer  51.14 
 
 
577 aa  283  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.41 
 
 
561 aa  283  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.432423  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3424  chemotaxis sensory transducer  49.19 
 
 
558 aa  282  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.574813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1216  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.61 
 
 
562 aa  282  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.743011  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0581  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
562 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0281709  decreased coverage  0.00474558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0885  putative methyl-accepting chemotaxis protein  48.84 
 
 
691 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3733  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.19 
 
 
558 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.152196  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3379  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.64 
 
 
587 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.787169  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0153  chemotaxis sensory transducer  48.15 
 
 
602 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2368  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  47.87 
 
 
561 aa  281  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1709  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.1 
 
 
568 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.55655  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2363  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.32 
 
 
695 aa  280  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.56 
 
 
563 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2907  putative methyl-accepting chemotaxis protein  52.54 
 
 
556 aa  280  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.835875  normal  0.0729634 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.13 
 
 
716 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1427  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.07 
 
 
562 aa  280  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309452  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.02 
 
 
691 aa  280  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00184965  normal  0.0777916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.17 
 
 
563 aa  280  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3161  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.35 
 
 
731 aa  279  9e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.072786  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.89 
 
 
563 aa  279  9e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1716  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.95 
 
 
564 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0822312  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0779  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  49.57 
 
 
558 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0546434  normal  0.151916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2078  chemotaxis sensory transducer  47.13 
 
 
561 aa  278  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2708  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.32 
 
 
696 aa  278  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.674681  normal  0.192785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2742  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.93 
 
 
560 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2983  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.23 
 
 
561 aa  278  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0323515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2757  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.59 
 
 
561 aa  278  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0630329  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2465  chemotaxis sensory transducer  48.28 
 
 
561 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5909  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1857  chemotaxis sensory transducer  47.24 
 
 
563 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2076  chemotaxis sensory transducer  45.43 
 
 
561 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723039  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4941  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.42 
 
 
563 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4147  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.95 
 
 
694 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4527  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.81 
 
 
667 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1025  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.31 
 
 
681 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1266  chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
562 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6434  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.22 
 
 
557 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0061  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.75 
 
 
674 aa  275  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>