59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3197 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3197  putative methyl accepting chemotaxis protein  100 
 
 		 337 aa  666    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2753  hypothetical protein  78.4 
 
 		 339 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.30677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2798  hypothetical protein  77.15 
 
 		 339 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0430763  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2501  hypothetical protein  70.09 
 
 		 342 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.99 
 
 		 636 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.95 
 
 		 638 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1030  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.84 
 
 		 653 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3773  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.16 
 
 		 633 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.11 
 
 		 634 aa  95.9  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0567  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.16 
 
 		 633 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.16 
 
 		 633 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.85 
 
 		 633 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2177  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.07 
 
 		 619 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0042391  normal  0.0195698 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.81 
 
 		 626 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.670502  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1479  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.41 
 
 		 640 aa  85.9  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0522747  normal  0.0374393 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  29.27 
 
 		 634 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.23 
 
 		 637 aa  82.4  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1507  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.59 
 
 		 762 aa  79  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.463366  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.25 
 
 		 634 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7375  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.1 
 
 		 655 aa  73.6  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 		 678 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3409  chemotaxis sensory transducer  27.05 
 
 		 651 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.304746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1826  chemotaxis sensory transducer  24.62 
 
 		 650 aa  70.1  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.95 
 
 		 637 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0072  methyl-accepting chemotaxis protein  33.64 
 
 		 712 aa  67.4  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1977  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.03 
 
 		 651 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.064764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 		 1275 aa  64.7  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0298  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 899 aa  62.4  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0542846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0660  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.54 
 
 		 675 aa  60.5  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.84238 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.1 
 
 		 723 aa  59.3  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3761  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.27 
 
 		 822 aa  59.3  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3476  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.07 
 
 		 641 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.640734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  23.65 
 
 		 502 aa  57  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2683  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.78 
 
 		 1023 aa  57  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000849371 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.51 
 
 		 587 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000947824  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0971  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.14 
 
 		 777 aa  55.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.271758  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0077  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.71 
 
 		 941 aa  54.7  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000232315  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.13 
 
 		 663 aa  54.3  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0375988  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.58 
 
 		 1398 aa  53.9  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 637 aa  53.1  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1397 aa  51.6  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1919  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  28.14 
 
 		 295 aa  50.8  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 532 aa  50.4  0.00004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2855  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 599 aa  50.4  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2050  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.45 
 
 		 807 aa  50.1  0.00005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.891859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0194  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.5 
 
 		 1032 aa  50.4  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000134562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.73 
 
 		 651 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3475  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.31 
 
 		 649 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  25.69 
 
 		 811 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  26.87 
 
 		 1170 aa  47  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3443  hypothetical protein  24.3 
 
 		 394 aa  46.2  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.264114  normal  0.476005 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0703  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.96 
 
 		 805 aa  46.2  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.97 
 
 		 646 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3654  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.18 
 
 		 822 aa  45.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.720146  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5094  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.07 
 
 		 659 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.298675 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4104  histidine kinase HAMP region domain protein  24.26 
 
 		 389 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0834  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.92 
 
 		 622 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9088  methyl-accepting chemotaxis protein  26.88 
 
 		 761 aa  43.9  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4071  histidine kinase HAMP region domain protein  23.73 
 
 		 391 aa  42.7  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.554388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>