90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4502 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4502  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  100 
 
 		 171 aa  346  7e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.145452 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1424  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  55.29 
 
 		 172 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0068  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  41.62 
 
 		 175 aa  140  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0965  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  44.74 
 
 		 181 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.12665 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3190  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  39.26 
 
 		 215 aa  118  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.559222 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1884  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.91 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1196  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.08 
 
 		 164 aa  80.5  0.000000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.233387  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1714  NADH dehydrogenase subunit C  33.33 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1212  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  35.38 
 
 		 219 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1083  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  35.38 
 
 		 219 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1886  NADH dehydrogenase subunit C  35 
 
 		 206 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.585114 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3621  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  32.81 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1017  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  35.38 
 
 		 219 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1632  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  36.36 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2885  NADH dehydrogenase subunit C  33.75 
 
 		 204 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.419864  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1295  NADH dehydrogenase subunit C  29.57 
 
 		 158 aa  49.7  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3298  NADH dehydrogenase subunit C  36.92 
 
 		 204 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2834  NADH dehydrogenase subunit C  25.61 
 
 		 214 aa  48.5  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156781  normal  0.125217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2219  NADH dehydrogenase subunit C  35.21 
 
 		 206 aa  48.1  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534462  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2574  NADH dehydrogenase subunit C  30.77 
 
 		 204 aa  48.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0228869  normal  0.121819 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1357  NADH dehydrogenase subunit C  31.65 
 
 		 200 aa  47.8  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.357714  normal  0.0381949 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3181  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  44.64 
 
 		 561 aa  47.4  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2158  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.58 
 
 		 194 aa  47.4  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0116272 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4392  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  32.31 
 
 		 215 aa  47  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0799  NADH dehydrogenase subunit C  31.88 
 
 		 202 aa  47  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.557773  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2473  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  31.25 
 
 		 180 aa  47  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0804  NADH dehydrogenase subunit C  31.88 
 
 		 202 aa  47  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.215567  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3633  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  31.65 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0890  NADH dehydrogenase subunit C  30.77 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0665  NADH:ubiquinone oxidoreductase 27 kD subunit- like protein  28.57 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4128  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  30.77 
 
 		 215 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0201  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  33.33 
 
 		 157 aa  45.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60118 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1280  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  27.78 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1381  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  27.78 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.800351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0844  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  31.25 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2568  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  24.48 
 
 		 175 aa  45.8  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4561  NADH dehydrogenase subunit C  34.62 
 
 		 201 aa  45.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.209035 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0846  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  33.9 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2422  NADH dehydrogenase subunit C  32.31 
 
 		 202 aa  45.1  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2058  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  30.77 
 
 		 215 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.313982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2402  NADH dehydrogenase subunit C  31.25 
 
 		 199 aa  44.7  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037532 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0847  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  26.32 
 
 		 213 aa  44.7  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348017  hitchhiker  0.00000000679194 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0484  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  33.93 
 
 		 209 aa  44.7  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1353  NADH dehydrogenase subunit C  27.63 
 
 		 200 aa  44.3  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4069  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  38.78 
 
 		 581 aa  44.3  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0471  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  25.36 
 
 		 283 aa  44.3  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.665178  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0541  NADH dehydrogenase subunit C  27.27 
 
 		 239 aa  44.3  0.0009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.770394  normal  0.399651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5100  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  30 
 
 		 166 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1595  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.86 
 
 		 201 aa  43.9  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5798  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  29.49 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.323776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_74163  NADH-ubiquinone oxidoreductase 30.4 kDa subunit, mitochondrial precursor  28.57 
 
 		 281 aa  42.7  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0353139  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10229  NADH-ubiquinone oxidoreductase 30.4 kDa subunit, mitochondrial [Precursor] (Eurofung)  26.58 
 
 		 290 aa  42.7  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.048814  normal  0.463288 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1827  NADH dehydrogenase subunit C  26.98 
 
 		 268 aa  43.1  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.181589  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0788  NADH dehydrogenase I, C subunit  35.38 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.879269  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0963  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  32.2 
 
 		 166 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0424624  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0333  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  33.33 
 
 		 793 aa  42.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1557  NADH dehydrogenase subunit C  27.85 
 
 		 213 aa  42.4  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0780  NADH dehydrogenase subunit C  28.57 
 
 		 205 aa  42.4  0.003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.575172  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03721  NADH dehydrogenase subunit J  24.35 
 
 		 173 aa  42.4  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.238222 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2248  NADH dehydrogenase subunit C  28.57 
 
 		 208 aa  42  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0117858  normal  0.111894 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1658  NADH dehydrogenase subunit J  24.35 
 
 		 173 aa  42  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.677545  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0911  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  26.98 
 
 		 213 aa  41.6  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1115  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  40.48 
 
 		 552 aa  41.6  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3253  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.53 
 
 		 560 aa  41.6  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF03360  NADH-ubiquinone oxidoreductase 30.4 kDa subunit, putative  31.34 
 
 		 284 aa  41.6  0.005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1744  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  23.36 
 
 		 593 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0734404  normal  0.199576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4121  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  23.36 
 
 		 593 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0317  NADH (or F420H2) dehydrogenase subunit C  33.33 
 
 		 214 aa  41.6  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.269219 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0819  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  35.85 
 
 		 223 aa  41.2  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180936  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0511  NADH dehydrogenase I chain C, D  29.23 
 
 		 168 aa  41.6  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3224  NADH dehydrogenase subunit C  25.32 
 
 		 200 aa  41.6  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0405196  normal  0.943012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4631  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  31.75 
 
 		 209 aa  41.2  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247115 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1261  NADH dehydrogenase subunit C  30.77 
 
 		 200 aa  41.2  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.841588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5971  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  23.53 
 
 		 206 aa  41.2  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0205  NADH dehydrogenase subunit J  34 
 
 		 188 aa  41.2  0.007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00876666  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2397  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  27.69 
 
 		 212 aa  41.2  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1871  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  22.63 
 
 		 593 aa  41.2  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.200942 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4173  NADH dehydrogenase subunit J  27.35 
 
 		 168 aa  41.2  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3693  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  22.63 
 
 		 593 aa  40.8  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1503  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  35.85 
 
 		 199 aa  41.2  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00949077 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6657  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  26.67 
 
 		 196 aa  40.8  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.885595  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1292  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  29.41 
 
 		 174 aa  40.8  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.232426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1871  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  26.44 
 
 		 172 aa  40.8  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2770  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  24.09 
 
 		 599 aa  40.8  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1176  NADH dehydrogenase subunit C  28.3 
 
 		 200 aa  40.4  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0706  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  44.74 
 
 		 554 aa  40.8  0.01  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0217574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3136  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  25.34 
 
 		 162 aa  40.8  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000631094  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2514  NADH dehydrogenase subunit C  28.3 
 
 		 200 aa  40.4  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3199  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  32.1 
 
 		 593 aa  40.4  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.415002  normal  0.0311953 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3367  NADH dehydrogenase I, C/D subunit  32.1 
 
 		 593 aa  40.8  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.812668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>