129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4282 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4282  hypothetical protein  100 
 
 		 283 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.588567  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0675  hypothetical protein  83.39 
 
 		 297 aa  486  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0584  hypothetical protein  82.5 
 
 		 284 aa  475  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4100  hypothetical protein  85.92 
 
 		 282 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4253  hypothetical protein  85.2 
 
 		 282 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4926  hypothetical protein  85.56 
 
 		 281 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1184  hypothetical protein  77.9 
 
 		 277 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0395  hypothetical protein  65.2 
 
 		 281 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0794895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0306  hypothetical protein  46.79 
 
 		 291 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.237508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0728  hypothetical protein  49.1 
 
 		 283 aa  253  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347546  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1107  hypothetical protein  51.06 
 
 		 283 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.300512 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1207  hypothetical protein  49.47 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00789848 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1582  chorismate mutase  32.99 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0438  chorismate mutase  34.04 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3265  chorismate mutase  33.33 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0176  chorismate mutase / prephenate dehydratase  40.22 
 
 		 368 aa  72.4  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000165847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  34.38 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1418  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.06 
 
 		 362 aa  62.4  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0174  chorismate mutase  30.17 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1232  prephenate dehydratase  30 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.964016 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0568  chorismate mutase  31.78 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  27.97 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  28.15 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  31.34 
 
 		 373 aa  59.3  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1336  chorismate mutase  32.98 
 
 		 413 aa  58.9  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  32.14 
 
 		 706 aa  58.9  0.00000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4721  chorismate mutase  36.17 
 
 		 366 aa  58.9  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1394  chorismate mutase  35.48 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0138573  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2466  chorismate mutase / prephenate dehydratase  35.48 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.148339 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3282  chorismate mutase  37.23 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0668525  normal  0.62913 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3645  chorismate mutasea  32.59 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1617  chorismate mutase  37.23 
 
 		 373 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0862  prephenate dehydratase / chorismate mutase  29.8 
 
 		 368 aa  57  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1023  chorismate mutase  30.53 
 
 		 365 aa  57  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1207  chorismate mutase  29.86 
 
 		 371 aa  57  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.196084  normal  0.0297935 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  30.43 
 
 		 359 aa  57  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  30.94 
 
 		 359 aa  57  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1747  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.59 
 
 		 364 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0966339  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1462  prephenate dehydratase  30.56 
 
 		 358 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1792  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.2 
 
 		 360 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027177 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2241  prephenate dehydratase / chorismate mutase  28.97 
 
 		 370 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  33.61 
 
 		 377 aa  54.3  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2583  prephenate dehydratase  29.66 
 
 		 372 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2608  chorismate mutase/prephenate dehydratase  30.5 
 
 		 358 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1647  chorismate mutase/prephenate dehydratase  29.36 
 
 		 357 aa  54.3  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000136907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2539  chorismate mutase  26.21 
 
 		 399 aa  53.9  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.409768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0897  chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.19 
 
 		 358 aa  53.5  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.255743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1850  prephenate dehydratase  30.15 
 
 		 364 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0140857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1019  chorismate mutase  31.19 
 
 		 358 aa  53.5  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.789998  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1360  chorismate mutase/prephenate dehydratase  30.17 
 
 		 357 aa  53.1  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3121  chorismate mutase  35.56 
 
 		 365 aa  53.1  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0293375 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2809  prephenate dehydratase  27.14 
 
 		 372 aa  52.8  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0338  chorismate mutase/prephenate dehydratase  28.44 
 
 		 357 aa  52.8  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0361  chorismate mutase/prephenate dehydratase  28.44 
 
 		 357 aa  52.8  0.000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0951  chorismate mutase / prephenate dehydratase  28.86 
 
 		 365 aa  52.4  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.356586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6846  chorismate mutase  28.47 
 
 		 397 aa  52.8  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  28.38 
 
 		 359 aa  52.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  28.38 
 
 		 359 aa  52.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0336  chorismate mutase  33.33 
 
 		 419 aa  52.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00716  P-protein  26.32 
 
 		 402 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00262272  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1538  chorismate mutase  30 
 
 		 362 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2767  chorismate mutase  28.57 
 
 		 357 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.642402 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2566  chorismate mutase  31.76 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0926  chorismate mutase / prephenate dehydratase  29.37 
 
 		 367 aa  51.6  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0216  chorismate mutase  30.23 
 
 		 355 aa  51.2  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1360  chorismate mutase  30.15 
 
 		 364 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3227  hypothetical protein  29.71 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20015 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0961  chorismate mutase  28.03 
 
 		 374 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0009  chorismate mutase  24.82 
 
 		 385 aa  51.2  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1769  chorismate mutase  29.41 
 
 		 367 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653886  normal  0.431896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4076  prephenate dehydratase  29.41 
 
 		 364 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000787581  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3945  chorismate mutase  29.41 
 
 		 364 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.0191313 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0956  chorismate mutase  29.67 
 
 		 291 aa  50.8  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  27.63 
 
 		 358 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  31.03 
 
 		 355 aa  49.7  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2793  chorismate mutase  31.82 
 
 		 360 aa  49.7  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163655 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  30.43 
 
 		 382 aa  49.7  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  31.3 
 
 		 387 aa  49.7  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2166  chorismate mutase / prephenate dehydratase  28.26 
 
 		 373 aa  49.3  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178196  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0905  Prephenate dehydratase  33.72 
 
 		 386 aa  49.3  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000067938  hitchhiker  0.00000000600467 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23280  chorismate mutase  31.34 
 
 		 365 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1376  chorismate mutase  29.41 
 
 		 364 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1497  P-protein (prephenate dehydratase / chorismate mutase)  28.21 
 
 		 374 aa  48.9  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.554673  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1193  chorismate mutase  29.21 
 
 		 366 aa  48.5  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  27.14 
 
 		 355 aa  48.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2147  prephenate dehydratase  29.46 
 
 		 373 aa  48.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.707843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1963  chorismate mutase  31.34 
 
 		 365 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1442  chorismate mutase  28.21 
 
 		 374 aa  48.9  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.105369  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1618  bifunctional 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase  28.21 
 
 		 350 aa  47  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15830  chorismate mutase  30.08 
 
 		 365 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351764  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  29.06 
 
 		 356 aa  47  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3487  prephenate dehydratase  26.76 
 
 		 379 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  24.79 
 
 		 356 aa  45.8  0.0008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0741  chorismate mutase  37.66 
 
 		 360 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  33.33 
 
 		 371 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0269  chorismate mutase/prephenate dehydratase  29.55 
 
 		 358 aa  44.7  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1204  chorismate mutase  25.2 
 
 		 393 aa  43.9  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.973222  normal  0.768195 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1749  prephenate dehydratase  30.53 
 
 		 418 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  33.33 
 
 		 371 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.16 
 
 		 360 aa  43.5  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>