More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2147 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2147  prephenate dehydratase  100 
 
 
373 aa  771    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.707843  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2166  chorismate mutase / prephenate dehydratase  69.44 
 
 
373 aa  526  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178196  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1747  chorismate mutase/prephenate dehydratase  68.42 
 
 
364 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0966339  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1850  prephenate dehydratase  68.25 
 
 
364 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0140857  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1360  chorismate mutase  68.52 
 
 
364 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0302882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3645  chorismate mutasea  67.87 
 
 
364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734175  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4076  prephenate dehydratase  68.8 
 
 
364 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000787581  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1769  chorismate mutase  67.97 
 
 
367 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653886  normal  0.431896 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3945  chorismate mutase  67.97 
 
 
364 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.0191313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1376  chorismate mutase  67.97 
 
 
364 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15830  chorismate mutase  68.52 
 
 
365 aa  504  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351764  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23280  chorismate mutase  66.85 
 
 
365 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1963  chorismate mutase  66.3 
 
 
365 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1023  chorismate mutase  66.48 
 
 
365 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  60.72 
 
 
373 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1250  chorismate mutase  57.69 
 
 
382 aa  423  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149804  normal  0.0219371 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0174  chorismate mutase  57.54 
 
 
361 aa  411  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1538  chorismate mutase  59.22 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1186  prephenate dehydratase  54.93 
 
 
393 aa  398  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.343107 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1418  chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.62 
 
 
362 aa  395  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1204  chorismate mutase  55.89 
 
 
393 aa  396  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.973222  normal  0.768195 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1207  chorismate mutase  53.93 
 
 
371 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.196084  normal  0.0297935 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0926  chorismate mutase / prephenate dehydratase  54.3 
 
 
367 aa  375  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00716  P-protein  50.84 
 
 
402 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00262272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  51.13 
 
 
355 aa  361  9e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  50.97 
 
 
355 aa  352  4e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1336  chorismate mutase  49.87 
 
 
413 aa  351  1e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1442  chorismate mutase  48.65 
 
 
374 aa  349  4e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.105369  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1497  P-protein (prephenate dehydratase / chorismate mutase)  48.65 
 
 
374 aa  349  4e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.554673  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  46.98 
 
 
387 aa  345  6e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0568  chorismate mutase  53.63 
 
 
362 aa  341  2e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1232  prephenate dehydratase  50.7 
 
 
363 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.964016 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  48.01 
 
 
371 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  46.58 
 
 
382 aa  339  5e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  48.01 
 
 
371 aa  338  9e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2539  chorismate mutase  48.6 
 
 
399 aa  338  9e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.409768  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  47.14 
 
 
371 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  49.44 
 
 
355 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1019  chorismate mutase  46.93 
 
 
358 aa  327  3e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.789998  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0897  chorismate mutase/prephenate dehydratase  46.93 
 
 
358 aa  327  3e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.255743  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  48.87 
 
 
359 aa  326  4.0000000000000003e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1193  chorismate mutase  45.53 
 
 
366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0432  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2997  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0950  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2885  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0198  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2948  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.457884  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2575  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.45 
 
 
360 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0951  chorismate mutase / prephenate dehydratase  47.06 
 
 
365 aa  325  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.356586  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1792  chorismate mutase / prephenate dehydratase  48.19 
 
 
360 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027177 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0741  chorismate mutase  48.45 
 
 
360 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3006  chorismate mutase  48.45 
 
 
360 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.224868  normal  0.0525817 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  47.89 
 
 
360 aa  323  4e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2793  chorismate mutase  47.65 
 
 
360 aa  322  7e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  48.17 
 
 
360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  47.51 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2608  chorismate mutase/prephenate dehydratase  46.07 
 
 
358 aa  317  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0862  prephenate dehydratase / chorismate mutase  46.07 
 
 
368 aa  316  5e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4721  chorismate mutase  46.93 
 
 
366 aa  312  5.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.997566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1617  chorismate mutase  45.97 
 
 
373 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  45.22 
 
 
358 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  45.94 
 
 
359 aa  308  6.999999999999999e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  42.66 
 
 
359 aa  308  8e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1462  prephenate dehydratase  44.1 
 
 
358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  45.65 
 
 
706 aa  307  2.0000000000000002e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  42.66 
 
 
359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1345  chorismate mutase  44.51 
 
 
359 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4156  prephenate dehydratase / chorismate mutase  48.45 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3121  chorismate mutase  46.37 
 
 
365 aa  302  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0293375 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2261  chorismate mutase  48.45 
 
 
360 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.561054  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1394  chorismate mutase  42.9 
 
 
371 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0138573  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3282  chorismate mutase  46.65 
 
 
366 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0668525  normal  0.62913 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2466  chorismate mutase / prephenate dehydratase  42.9 
 
 
371 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.148339 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  44.94 
 
 
360 aa  300  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0923  chorismate mutase  49.58 
 
 
360 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.432858 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0919  chorismate mutase  49.58 
 
 
360 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0585516  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1043  chorismate mutase  47.89 
 
 
360 aa  299  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0961  chorismate mutase  44.59 
 
 
374 aa  299  6e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1002  chorismate mutase  47.89 
 
 
360 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  42.86 
 
 
356 aa  293  2e-78  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0176  chorismate mutase / prephenate dehydratase  46.34 
 
 
368 aa  294  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000165847  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1569  chorismate mutase  44.35 
 
 
360 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.203479  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2241  prephenate dehydratase / chorismate mutase  44.99 
 
 
370 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  38.76 
 
 
356 aa  279  5e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0564  chorismate mutase  47.62 
 
 
362 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3022  chorismate mutase  41.55 
 
 
360 aa  274  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.123559  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  41.08 
 
 
371 aa  268  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0009  chorismate mutase  38.33 
 
 
385 aa  260  3e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1749  prephenate dehydratase  41.6 
 
 
418 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6846  chorismate mutase  39.46 
 
 
397 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1950  prephenate dehydratase  40.68 
 
 
366 aa  249  4e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  37.46 
 
 
381 aa  247  3e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3487  prephenate dehydratase  36.69 
 
 
379 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0269  chorismate mutase/prephenate dehydratase  40.28 
 
 
358 aa  241  2e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0336  chorismate mutase  39.08 
 
 
419 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  37.92 
 
 
377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2809  prephenate dehydratase  38.38 
 
 
372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2475  chorismate mutase  39.19 
 
 
391 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.248764  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0216  chorismate mutase  37.46 
 
 
355 aa  227  3e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>