More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1617 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_2466  chorismate mutase / prephenate dehydratase  83.6 
 
 		 371 aa  642    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.148339 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1394  chorismate mutase  83.6 
 
 		 371 aa  642    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0138573  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1617  chorismate mutase  100 
 
 		 373 aa  766    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3282  chorismate mutase  84.49 
 
 		 366 aa  637    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0668525  normal  0.62913 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3121  chorismate mutase  84.07 
 
 		 365 aa  620  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0293375 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4721  chorismate mutase  81.64 
 
 		 366 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997566 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1792  chorismate mutase / prephenate dehydratase  75.63 
 
 		 360 aa  574  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027177 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2793  chorismate mutase  75.35 
 
 		 360 aa  570  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163655 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1569  chorismate mutase  69.47 
 
 		 360 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.203479  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0961  chorismate mutase  62.26 
 
 		 374 aa  475  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2241  prephenate dehydratase / chorismate mutase  64.61 
 
 		 370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  56.46 
 
 		 387 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  55.81 
 
 		 382 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  56.45 
 
 		 371 aa  391  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  56.16 
 
 		 371 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.91 
 
 		 371 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  55.15 
 
 		 359 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  56.62 
 
 		 360 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0741  chorismate mutase  55.18 
 
 		 360 aa  363  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3006  chorismate mutase  56.09 
 
 		 360 aa  362  6e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.224868  normal  0.0525817 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0950  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0198  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2948  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.457884  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0432  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2997  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2885  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2575  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.09 
 
 		 360 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  53.76 
 
 		 359 aa  361  1e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.77 
 
 		 360 aa  361  1e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2166  chorismate mutase / prephenate dehydratase  49.04 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178196  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  49.03 
 
 		 355 aa  337  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4156  prephenate dehydratase / chorismate mutase  55.21 
 
 		 360 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2261  chorismate mutase  54.93 
 
 		 360 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.561054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0951  chorismate mutase / prephenate dehydratase  49.03 
 
 		 365 aa  330  3e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.356586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1002  chorismate mutase  55.49 
 
 		 360 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0174  chorismate mutase  47.5 
 
 		 361 aa  322  5e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1043  chorismate mutase  55.21 
 
 		 360 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0923  chorismate mutase  56.06 
 
 		 360 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432858 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0919  chorismate mutase  56.06 
 
 		 360 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0585516  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1207  chorismate mutase  46.4 
 
 		 371 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.196084  normal  0.0297935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1360  chorismate mutase  45.73 
 
 		 364 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302882 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1769  chorismate mutase  45.45 
 
 		 367 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653886  normal  0.431896 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3945  chorismate mutase  45.45 
 
 		 364 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.0191313 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  49.16 
 
 		 355 aa  311  7.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4076  prephenate dehydratase  45.18 
 
 		 364 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000787581  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1850  prephenate dehydratase  44.35 
 
 		 364 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0140857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1232  prephenate dehydratase  48.21 
 
 		 363 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.964016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1376  chorismate mutase  45.4 
 
 		 364 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3645  chorismate mutasea  45.45 
 
 		 364 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734175  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1747  chorismate mutase/prephenate dehydratase  45.18 
 
 		 364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0966339  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15830  chorismate mutase  45.45 
 
 		 365 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351764  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00716  P-protein  45.38 
 
 		 402 aa  305  8.000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00262272  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1963  chorismate mutase  44.08 
 
 		 365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23280  chorismate mutase  44.08 
 
 		 365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110273 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1336  chorismate mutase  44.33 
 
 		 413 aa  303  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0564  chorismate mutase  54.9 
 
 		 362 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  46.44 
 
 		 706 aa  301  1e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1418  chorismate mutase/prephenate dehydratase  45.43 
 
 		 362 aa  300  4e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2147  prephenate dehydratase  45.97 
 
 		 373 aa  299  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.707843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1538  chorismate mutase  46.8 
 
 		 362 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0926  chorismate mutase / prephenate dehydratase  46.28 
 
 		 367 aa  293  5e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  46.78 
 
 		 355 aa  292  7e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2539  chorismate mutase  44.97 
 
 		 399 aa  291  9e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.409768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1186  prephenate dehydratase  43.48 
 
 		 393 aa  285  9e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.343107 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0568  chorismate mutase  46.11 
 
 		 362 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  45.21 
 
 		 373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1204  chorismate mutase  43.48 
 
 		 393 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.973222  normal  0.768195 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1023  chorismate mutase  43.68 
 
 		 365 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1250  chorismate mutase  41.87 
 
 		 382 aa  279  5e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149804  normal  0.0219371 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  41.69 
 
 		 359 aa  278  8e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  42.82 
 
 		 360 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0862  prephenate dehydratase / chorismate mutase  41.03 
 
 		 368 aa  276  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  41.41 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1497  P-protein (prephenate dehydratase / chorismate mutase)  42.18 
 
 		 374 aa  273  4.0000000000000004e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.554673  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1019  chorismate mutase  44.35 
 
 		 358 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.789998  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0897  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.35 
 
 		 358 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.255743  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1442  chorismate mutase  41.9 
 
 		 374 aa  271  1e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.105369  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  42.02 
 
 		 358 aa  271  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1193  chorismate mutase  37.6 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  38.55 
 
 		 359 aa  269  5e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3022  chorismate mutase  40.4 
 
 		 360 aa  269  5.9999999999999995e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.123559  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1462  prephenate dehydratase  40.9 
 
 		 358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  38.66 
 
 		 381 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2608  chorismate mutase/prephenate dehydratase  41.85 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  39.66 
 
 		 371 aa  264  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0009  chorismate mutase  38.4 
 
 		 385 aa  261  1e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1345  chorismate mutase  39.78 
 
 		 359 aa  259  7e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  38.24 
 
 		 356 aa  256  3e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  37.71 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  40.96 
 
 		 377 aa  249  4e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2475  chorismate mutase  39.68 
 
 		 391 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.248764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1950  prephenate dehydratase  38.5 
 
 		 366 aa  248  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0176  chorismate mutase / prephenate dehydratase  39.67 
 
 		 368 aa  242  7e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000165847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0336  chorismate mutase  39.3 
 
 		 419 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2583  prephenate dehydratase  38.81 
 
 		 372 aa  235  9e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1749  prephenate dehydratase  39.09 
 
 		 418 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3487  prephenate dehydratase  35.85 
 
 		 379 aa  232  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2809  prephenate dehydratase  37.88 
 
 		 372 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0969  prephenate dehydratase  50.37 
 
 		 280 aa  227  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.507901  normal  0.0127974 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0361  chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.15 
 
 		 357 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>