More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4065 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4065  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  100 
 
 		 324 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0444558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1332  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  82.97 
 
 		 319 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1353  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  81.17 
 
 		 319 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.370481  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4737  NADH dehydrogenase (quinone)  79.26 
 
 		 319 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169777  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0106  putative NADH dehydrogenase I chain H  68.67 
 
 		 318 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  68.33 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0161254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1695  NADH dehydrogenase (quinone)  69.58 
 
 		 304 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.0025086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1019  NADH dehydrogenase subunit H  54.55 
 
 		 317 aa  342  4e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1121  NADH dehydrogenase subunit H  57.82 
 
 		 319 aa  331  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.308781  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2866  NADH dehydrogenase (quinone)  52.71 
 
 		 317 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.473976  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0712  NADH dehydrogenase (quinone)  52.83 
 
 		 318 aa  312  4.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.272404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3819  NADH dehydrogenase (quinone)  52.3 
 
 		 318 aa  308  6.999999999999999e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2826  NADH dehydrogenase subunit H  48.74 
 
 		 325 aa  308  6.999999999999999e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.391719  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02207  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1375  NADH dehydrogenase (quinone)  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0103181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1370  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.638509  normal  0.284732 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2431  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2436  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2658  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2575  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3421  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.950674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2506  NADH dehydrogenase subunit H  48.11 
 
 		 325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2668  NADH dehydrogenase subunit H  48.11 
 
 		 325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2561  NADH dehydrogenase subunit H  48.11 
 
 		 325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2550  NADH dehydrogenase subunit H  48.11 
 
 		 325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2461  NADH dehydrogenase subunit H  48.11 
 
 		 325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3609  NADH dehydrogenase subunit H  45.82 
 
 		 335 aa  301  9e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1353  NADH dehydrogenase subunit H  50 
 
 		 316 aa  301  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0375  NADH-quinone oxidoreductase, chain H  47.48 
 
 		 321 aa  300  3e-80  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29930  NADH dehydrogenase subunit H  46.32 
 
 		 331 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1114  NADH dehydrogenase subunit H  51.84 
 
 		 323 aa  299  4e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.787039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2563  NADH dehydrogenase subunit H  46.01 
 
 		 331 aa  299  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3697  NADH dehydrogenase subunit H  47.99 
 
 		 335 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1867  NADH dehydrogenase subunit H  47.99 
 
 		 335 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0487349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2418  NADH dehydrogenase subunit H  47.63 
 
 		 330 aa  296  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.68011  normal  0.208608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  47.94 
 
 		 322 aa  294  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  46.69 
 
 		 329 aa  294  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3371  NADH dehydrogenase I, H subunit  47.99 
 
 		 335 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3203  NADH dehydrogenase subunit H  47.65 
 
 		 335 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0243703  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02167  hypothetical protein  50 
 
 		 327 aa  294  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4125  NADH dehydrogenase subunit H  48.32 
 
 		 335 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0590  NADH dehydrogenase subunit H  49.15 
 
 		 347 aa  293  3e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.148656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2766  NADH dehydrogenase subunit H  46.86 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1740  NADH dehydrogenase subunit H  48.32 
 
 		 335 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0467697  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1498  NADH dehydrogenase subunit H  47.17 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3126  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.83 
 
 		 328 aa  293  4e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0579  NADH dehydrogenase subunit H  48.81 
 
 		 347 aa  292  5e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.302811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  45.65 
 
 		 341 aa  291  1e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1460  NADH dehydrogenase subunit H  48.83 
 
 		 325 aa  288  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1810  NADH dehydrogenase subunit H  48.83 
 
 		 325 aa  288  9e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.639781 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0161  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.11 
 
 		 329 aa  287  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1566  NADH dehydrogenase subunit H  48.49 
 
 		 325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5421  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5146  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4996  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5472  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5538  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5387  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14052e-18 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4978  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  285  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5417  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5533  NADH dehydrogenase subunit H  48.97 
 
 		 333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0101965 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3409  NADH dehydrogenase subunit H  49.66 
 
 		 333 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3302  NADH dehydrogenase subunit H  47.83 
 
 		 325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5094  NADH dehydrogenase subunit H  49.31 
 
 		 333 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.71 
 
 		 343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1400  NADH dehydrogenase subunit H  51.27 
 
 		 324 aa  282  7.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3815  NADH dehydrogenase subunit H  47.93 
 
 		 333 aa  281  9e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  47.73 
 
 		 329 aa  280  3e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0156  NADH dehydrogenase (quinone)  48.08 
 
 		 330 aa  280  3e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.615758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0174  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  47.44 
 
 		 330 aa  280  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.76533  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1941  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.32 
 
 		 331 aa  278  7e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.552333 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  48.8 
 
 		 353 aa  277  1e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  47.97 
 
 		 353 aa  275  5e-73  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.52 
 
 		 348 aa  276  5e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2544  NADH dehydrogenase subunit H  48.16 
 
 		 324 aa  275  9e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.38434  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28500  NADH dehydrogenase subunit H  48.65 
 
 		 329 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  48.45 
 
 		 353 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1693  NADH dehydrogenase subunit H  46.82 
 
 		 348 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  46.79 
 
 		 330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1661  NADH dehydrogenase (quinone)  45.1 
 
 		 322 aa  272  6e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  45.51 
 
 		 338 aa  270  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3335  NADH dehydrogenase (quinone)  45.83 
 
 		 341 aa  266  4e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214759  normal  0.324573 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.39 
 
 		 337 aa  266  5e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3614  NADH dehydrogenase (quinone)  46.84 
 
 		 328 aa  266  5e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2042  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.56 
 
 		 349 aa  265  8e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268939  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  42.45 
 
 		 340 aa  264  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4003  NADH dehydrogenase (quinone)  42.14 
 
 		 349 aa  264  1e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.90654e-20 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2050  NADH dehydrogenase (quinone)  42.99 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.137208  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0203  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  44.18 
 
 		 329 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.746542  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3919  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  42.43 
 
 		 349 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0345  NADH dehydrogenase I, H subunit  41.19 
 
 		 348 aa  263  3e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  41.82 
 
 		 340 aa  263  3e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3249  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  44.7 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  0.99493 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1270  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.33 
 
 		 358 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0577463  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3348  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  41.72 
 
 		 337 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22967  normal  0.216817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2806  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.69 
 
 		 360 aa  262  4.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.18008 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0916  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.03 
 
 		 389 aa  262  4.999999999999999e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0945521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1431  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.71 
 
 		 347 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3297  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  259  6e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0274  NADH dehydrogenase subunit H  42.86 
 
 		 451 aa  258  8e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>