More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1353 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1353  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  100 
 
 		 319 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.370481  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1332  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  91.82 
 
 		 319 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4737  NADH dehydrogenase (quinone)  89.31 
 
 		 319 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4065  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  81.17 
 
 		 324 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0444558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0106  putative NADH dehydrogenase I chain H  72.64 
 
 		 318 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  72.3 
 
 		 318 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0161254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1695  NADH dehydrogenase (quinone)  73.03 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.0025086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1019  NADH dehydrogenase subunit H  58.31 
 
 		 317 aa  361  8e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1121  NADH dehydrogenase subunit H  61.59 
 
 		 319 aa  355  5.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.308781  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02207  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1375  NADH dehydrogenase (quinone)  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0103181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2575  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3421  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.950674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2431  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2658  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2436  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1370  NADH dehydrogenase subunit H  53.7 
 
 		 325 aa  330  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.638509  normal  0.284732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2826  NADH dehydrogenase subunit H  53.05 
 
 		 325 aa  330  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.391719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0375  NADH-quinone oxidoreductase, chain H  51.77 
 
 		 321 aa  330  2e-89  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2561  NADH dehydrogenase subunit H  52.41 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2668  NADH dehydrogenase subunit H  52.41 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2461  NADH dehydrogenase subunit H  52.41 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2550  NADH dehydrogenase subunit H  52.41 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2506  NADH dehydrogenase subunit H  52.41 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0712  NADH dehydrogenase (quinone)  54.69 
 
 		 318 aa  324  9e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.272404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3819  NADH dehydrogenase (quinone)  56.75 
 
 		 318 aa  324  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29930  NADH dehydrogenase subunit H  49.22 
 
 		 331 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2563  NADH dehydrogenase subunit H  48.91 
 
 		 331 aa  319  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  52.13 
 
 		 322 aa  318  6e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2866  NADH dehydrogenase (quinone)  55.15 
 
 		 317 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.473976  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3609  NADH dehydrogenase subunit H  48.59 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1498  NADH dehydrogenase subunit H  50.96 
 
 		 324 aa  317  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3126  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  53.42 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1114  NADH dehydrogenase subunit H  55.1 
 
 		 323 aa  316  3e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.787039  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2766  NADH dehydrogenase subunit H  50.32 
 
 		 324 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1810  NADH dehydrogenase subunit H  53.22 
 
 		 325 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.639781 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1460  NADH dehydrogenase subunit H  53.22 
 
 		 325 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02167  hypothetical protein  53.74 
 
 		 327 aa  312  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1566  NADH dehydrogenase subunit H  52.88 
 
 		 325 aa  311  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0590  NADH dehydrogenase subunit H  51.19 
 
 		 347 aa  310  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.148656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0579  NADH dehydrogenase subunit H  51.53 
 
 		 347 aa  311  1e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.302811  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1353  NADH dehydrogenase subunit H  52.33 
 
 		 316 aa  310  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1867  NADH dehydrogenase subunit H  48.14 
 
 		 335 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0487349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3697  NADH dehydrogenase subunit H  48.14 
 
 		 335 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3302  NADH dehydrogenase subunit H  51.86 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3371  NADH dehydrogenase I, H subunit  49.83 
 
 		 335 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3203  NADH dehydrogenase subunit H  49.49 
 
 		 335 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0243703  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2418  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 330 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.68011  normal  0.208608 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  48.72 
 
 		 329 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4125  NADH dehydrogenase subunit H  47.52 
 
 		 335 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1740  NADH dehydrogenase subunit H  47.52 
 
 		 335 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0467697  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1400  NADH dehydrogenase subunit H  52.54 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2544  NADH dehydrogenase subunit H  51.53 
 
 		 324 aa  297  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.38434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0161  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.73 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1693  NADH dehydrogenase subunit H  49.16 
 
 		 348 aa  291  9e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28500  NADH dehydrogenase subunit H  51.1 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.72 
 
 		 348 aa  289  3e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  45 
 
 		 341 aa  286  5e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  50 
 
 		 353 aa  285  5.999999999999999e-76  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.6 
 
 		 343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  48.8 
 
 		 353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  49.65 
 
 		 353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3409  NADH dehydrogenase subunit H  50 
 
 		 333 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1941  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.1 
 
 		 331 aa  282  5.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.552333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0156  NADH dehydrogenase (quinone)  48.21 
 
 		 330 aa  278  6e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.615758 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0203  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.02 
 
 		 329 aa  277  1e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.746542  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  44 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0174  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  48.21 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.76533  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  46.69 
 
 		 329 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5094  NADH dehydrogenase subunit H  47.24 
 
 		 333 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5421  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5146  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4978  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4996  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5387  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14052e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5538  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5472  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5533  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  270  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0101965 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5417  NADH dehydrogenase subunit H  46.55 
 
 		 333 aa  270  2e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2042  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.13 
 
 		 349 aa  269  5e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268939  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3815  NADH dehydrogenase subunit H  45.33 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3614  NADH dehydrogenase (quinone)  46.64 
 
 		 328 aa  263  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2050  NADH dehydrogenase (quinone)  41.77 
 
 		 341 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.137208  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  44.41 
 
 		 338 aa  260  2e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1661  NADH dehydrogenase (quinone)  43.69 
 
 		 322 aa  260  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3297  NADH dehydrogenase subunit H  45.67 
 
 		 333 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2558  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  41.74 
 
 		 344 aa  258  6e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.59058  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4003  NADH dehydrogenase (quinone)  42.5 
 
 		 349 aa  258  8e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.90654e-20 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0345  NADH dehydrogenase I, H subunit  41.72 
 
 		 348 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3919  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  42.19 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.77 
 
 		 337 aa  257  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4237  NADH dehydrogenase (quinone)  41.74 
 
 		 349 aa  257  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000514552  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  40.88 
 
 		 340 aa  255  5e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  40.57 
 
 		 340 aa  256  5e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3348  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  41.29 
 
 		 337 aa  255  7e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22967  normal  0.216817 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3388  NADH dehydrogenase (quinone)  42.57 
 
 		 390 aa  253  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0981  NADH dehydrogenase (quinone)  44.87 
 
 		 466 aa  253  3e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1209  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  39.69 
 
 		 349 aa  253  3e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000168928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2236  NADH dehydrogenase (quinone)  42.86 
 
 		 391 aa  252  5.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.249199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3335  NADH dehydrogenase (quinone)  43.06 
 
 		 341 aa  251  9.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214759  normal  0.324573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>