53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3563 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3563  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3917  hypothetical protein  92.95 
 
 		 327 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7415  hypothetical protein  80.13 
 
 		 339 aa  530  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.535459  normal  0.763852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2860  hypothetical protein  82.79 
 
 		 308 aa  527  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.125752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0769  hypothetical protein  82.14 
 
 		 308 aa  522  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7719  hypothetical protein  79.22 
 
 		 307 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2130  hypothetical protein  79.55 
 
 		 307 aa  513  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.632513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2786  hypothetical protein  79.87 
 
 		 309 aa  511  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3176  hypothetical protein  78.83 
 
 		 311 aa  504  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0169526  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4023  hypothetical protein  75.64 
 
 		 307 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0850174 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0573  hypothetical protein  74.68 
 
 		 306 aa  474  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3336  hypothetical protein  76.49 
 
 		 304 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2344  hypothetical protein  72.58 
 
 		 310 aa  472  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4581  hypothetical protein  74.04 
 
 		 307 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.807477  normal  0.179791 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1044  hypothetical protein  71.43 
 
 		 309 aa  459  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.526643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3067  hypothetical protein  72.26 
 
 		 401 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4157  hypothetical protein  68.63 
 
 		 313 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0316718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3024  hypothetical protein  71.94 
 
 		 308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1531  hypothetical protein  69.16 
 
 		 308 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0410908 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3830  hypothetical protein  70.87 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.279081  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0533  hypothetical protein  71.57 
 
 		 307 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.39822  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0718  hypothetical protein  67.53 
 
 		 308 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3519  hypothetical protein  67.74 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.980926  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1216  hypothetical protein  67.74 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6193  hypothetical protein  65.36 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0113828  normal  0.0194796 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4225  hypothetical protein  64.38 
 
 		 312 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.263637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0190  hypothetical protein  66.89 
 
 		 302 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0261596  normal  0.413386 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0375  hypothetical protein  61.04 
 
 		 309 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8282  hypothetical protein  60 
 
 		 311 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.167728  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2516  hypothetical protein  58.33 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.311845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2650  hypothetical protein  59.94 
 
 		 310 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.817192  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6059  hypothetical protein  56.9 
 
 		 313 aa  346  3e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5569  hypothetical protein  59.45 
 
 		 309 aa  344  8.999999999999999e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.64366  normal  0.0668153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1482  hypothetical protein  83.21 
 
 		 139 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3977  hypothetical protein  34.93 
 
 		 347 aa  161  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.439222  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5229  hypothetical protein  34.57 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.293502 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5166  hypothetical protein  37.55 
 
 		 359 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0425  hypothetical protein  33.79 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.428529  normal  0.356859 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2193  hypothetical protein  33.45 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4964  hypothetical protein  33.95 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3660  hypothetical protein  32.48 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0855564  decreased coverage  0.00000145048 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3994  hypothetical protein  32.48 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.548217  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5172  hypothetical protein  28.71 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.398041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5341  hypothetical protein  30.63 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.725419 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2986  hypothetical protein  37.84 
 
 		 117 aa  72.8  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.57206  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5081  hypothetical protein  43.75 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3437  hypothetical protein  31.09 
 
 		 123 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000604853  unclonable  6.86407e-17 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2198  hypothetical protein  72.97 
 
 		 36 aa  55.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4151  hypothetical protein  27.83 
 
 		 178 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0043925  normal  0.91822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5711  hypothetical protein  33.68 
 
 		 137 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2151  hypothetical protein  29.73 
 
 		 125 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2646  hypothetical protein  30.48 
 
 		 131 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3001  hypothetical protein  31.03 
 
 		 126 aa  42.7  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0119263  hitchhiker  0.00226887 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>