35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2328 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2328  cupin region  100 
 
 		 167 aa  346  7e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.408411  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3146  cupin 2, barrel  90.13 
 
 		 187 aa  275  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.972416  normal  0.515896 
 
 
-
 
NC_011771  BCAH820_C0005  YrkC  52.63 
 
 		 182 aa  152  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0922  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.44 
 
 		 186 aa  150  5e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011771  BCAH820_C0006  YrkC  53.54 
 
 		 167 aa  150  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1073  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 175 aa  149  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000222691  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2503  cupin 2, barrel  51.16 
 
 		 202 aa  147  8e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.01258  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06210  mannose-6-phosphate isomerase  46.32 
 
 		 140 aa  145  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5567  cupin 2 domain-containing protein  50.77 
 
 		 201 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0495662 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2716  cupin domain protein  47.83 
 
 		 190 aa  143  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00607762  normal  0.0576252 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2607  cupin domain protein  49.28 
 
 		 190 aa  141  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3262  cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  43.33 
 
 		 129 aa  117  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.232764  normal  0.507985 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0317  hypothetical protein  47.01 
 
 		 132 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.543351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1654  hypothetical protein  46.96 
 
 		 134 aa  110  9e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.225443  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1364  hypothetical protein  42.74 
 
 		 135 aa  106  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2361  cupin 2 protein  43.8 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.877822  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2411  cupin 2 domain-containing protein  42.74 
 
 		 130 aa  102  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0266  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.28 
 
 		 130 aa  100  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.465169  normal  0.12222 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2286  cupin 2 domain-containing protein  42.74 
 
 		 130 aa  99  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2148  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.71 
 
 		 133 aa  95.1  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0024464  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04560  expressed protein  39.84 
 
 		 177 aa  94.4  6e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0905  cupin 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 133 aa  94  9e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.52502  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2075  cupin region  38.02 
 
 		 135 aa  94  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.626152  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05332  AraC-like ligand binding domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14370)  37.7 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1827  hypothetical protein  32.05 
 
 		 121 aa  48.1  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.19 
 
 		 126 aa  47.8  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.59 
 
 		 146 aa  47.4  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5854  cupin 2 domain-containing protein  29.11 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.154077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  28.85 
 
 		 137 aa  45.4  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32 
 
 		 118 aa  44.7  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4993  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.11 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5843  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  23.53 
 
 		 498 aa  41.6  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2327  cupin 2 domain-containing protein  29.27 
 
 		 150 aa  41.6  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000139899 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.6 
 
 		 103 aa  41.2  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.754668  normal  0.233584 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1819  hypothetical protein  27.55 
 
 		 114 aa  40.8  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>