30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3146 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3146  cupin 2, barrel  100 
 
 		 187 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.972416  normal  0.515896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2328  cupin region  90.13 
 
 		 167 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.408411  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0922  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.67 
 
 		 186 aa  152  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1073  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.38 
 
 		 175 aa  151  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000222691  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06210  mannose-6-phosphate isomerase  47.06 
 
 		 140 aa  150  7e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011771  BCAH820_C0005  YrkC  49.26 
 
 		 182 aa  149  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011771  BCAH820_C0006  YrkC  50 
 
 		 167 aa  147  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2716  cupin domain protein  49.62 
 
 		 190 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00607762  normal  0.0576252 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2607  cupin domain protein  50.38 
 
 		 190 aa  144  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2503  cupin 2, barrel  42.17 
 
 		 202 aa  144  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.01258  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5567  cupin 2 domain-containing protein  48.06 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0495662 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3262  cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  45 
 
 		 129 aa  122  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.232764  normal  0.507985 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0317  hypothetical protein  45.3 
 
 		 132 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.543351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1654  hypothetical protein  45.22 
 
 		 134 aa  107  1e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.225443  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2411  cupin 2 domain-containing protein  40.17 
 
 		 130 aa  99.4  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1364  hypothetical protein  39.52 
 
 		 135 aa  99.4  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0266  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.06 
 
 		 130 aa  96.7  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.465169  normal  0.12222 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2286  cupin 2 domain-containing protein  40.17 
 
 		 130 aa  95.9  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND04560  expressed protein  39.06 
 
 		 177 aa  93.2  2e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2148  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.13 
 
 		 133 aa  93.2  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0024464  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0905  cupin 2 domain-containing protein  39.52 
 
 		 133 aa  92.4  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.52502  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2075  cupin region  34.71 
 
 		 135 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.626152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2361  cupin 2 protein  38.02 
 
 		 130 aa  89.4  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.877822  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05332  AraC-like ligand binding domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14370)  36.64 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  27.88 
 
 		 137 aa  46.6  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.88 
 
 		 126 aa  45.4  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1827  hypothetical protein  30.77 
 
 		 121 aa  45.4  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5854  cupin 2 domain-containing protein  30.77 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.154077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.06 
 
 		 146 aa  42.4  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.33 
 
 		 118 aa  42.4  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>