50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3222 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2626  hypothetical protein  85.42 
 
 		 487 aa  842    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0739443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4072  hypothetical protein  78.48 
 
 		 488 aa  753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00713132  unclonable  0.00000101691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2129  ImpA domain-containing protein  85.63 
 
 		 487 aa  844    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3222  type VI secretion-associated protein  100 
 
 		 487 aa  987    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3721  ImpA domain-containing protein  29.94 
 
 		 482 aa  191  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0056  ImpA domain-containing protein  32.59 
 
 		 480 aa  189  9e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1208  ImpA domain-containing protein  25.11 
 
 		 469 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0018  hypothetical protein  24.79 
 
 		 469 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0398  type VI secretion-associated protein  28.98 
 
 		 462 aa  163  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0325  ImpA domain-containing protein  28.98 
 
 		 462 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3243  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  28.11 
 
 		 474 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2517  type VI secretion-associated protein  25.64 
 
 		 467 aa  160  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1082  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  27.51 
 
 		 475 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.424761  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1219  ImpA domain-containing protein  28.6 
 
 		 470 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.192362 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0229  ImpA domain-containing protein  27.51 
 
 		 470 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.865531  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0227  ImpA domain-containing protein  27.51 
 
 		 470 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2795  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  28.23 
 
 		 479 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1100  type VI secretion-associated protein, family  28.66 
 
 		 470 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0235  ImpA domain protein  28.05 
 
 		 470 aa  144  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0089  ImpA domain-containing protein  25.96 
 
 		 520 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05864  hypothetical protein  24.7 
 
 		 533 aa  97.4  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000442  uncharacterized protein ImpA  22.33 
 
 		 522 aa  92.4  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.859338  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3167  hypothetical protein  27.32 
 
 		 789 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3616  hypothetical protein  25.26 
 
 		 518 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.432292  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5434  hypothetical protein  26.04 
 
 		 518 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5272  ImpA, N-terminal  24.2 
 
 		 524 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5596  ImpA-like  24.73 
 
 		 520 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43050  hypothetical protein  26.61 
 
 		 518 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33519  normal  0.19244 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0275  ImpA-like  24.69 
 
 		 790 aa  65.5  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1799  ImpA domain-containing protein  23.2 
 
 		 530 aa  61.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.288057 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0634  ImpA-like protein  23.94 
 
 		 523 aa  60.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.217357 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1125  putative type VI secretion protein VasJ  24.84 
 
 		 513 aa  57.8  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2990  ImpA domain-containing protein  22.67 
 
 		 533 aa  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000813522 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2590  type VI secretion-associated protein  23.04 
 
 		 533 aa  49.7  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2492  ImpA domain-containing protein  22.67 
 
 		 533 aa  49.7  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1180  putative nucleobase:cation symporter  18.57 
 
 		 426 aa  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3246  type VI secretion-associated protein  23.05 
 
 		 528 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.644399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0530  ImpA-like N-terminal family protein  28.28 
 
 		 627 aa  47.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.961016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2120  ImpA-related N-terminal family protein  29.45 
 
 		 635 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.570001  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2910  ImpA domain-containing protein  26.35 
 
 		 791 aa  47.4  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.401848 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3656  type VI secretion-associated protein  22.49 
 
 		 527 aa  47  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.983598  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0162  ImpA domain-containing protein  26.14 
 
 		 498 aa  47  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483237  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0601  hypothetical protein  28.28 
 
 		 630 aa  46.6  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0712  hypothetical protein  28.28 
 
 		 638 aa  46.6  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0747  hypothetical protein  28.28 
 
 		 642 aa  46.6  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.449212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2022  ImpA-related N-terminal family protein  28.28 
 
 		 623 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.975565  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1668  ImpA-related N-terminal family protein  28.28 
 
 		 653 aa  46.6  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.894506  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4920  type VI secretion-associated protein, ImpA family  27.41 
 
 		 369 aa  45.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.662122  normal  0.0188154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0873  ImpA-like N-terminal family protein  29.86 
 
 		 598 aa  44.3  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2902  hypothetical protein  32.71 
 
 		 366 aa  43.5  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>