48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3243 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1082  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  92.84 
 
 		 475 aa  890    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.424761  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3243  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  100 
 
 		 474 aa  962    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2795  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  73.65 
 
 		 479 aa  713    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0325  ImpA domain-containing protein  39.05 
 
 		 462 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0398  type VI secretion-associated protein  39.05 
 
 		 462 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1219  ImpA domain-containing protein  38.23 
 
 		 470 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.192362 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0229  ImpA domain-containing protein  37.8 
 
 		 470 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.865531  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0227  ImpA domain-containing protein  37.58 
 
 		 470 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1100  type VI secretion-associated protein, family  37.37 
 
 		 470 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0235  ImpA domain protein  37.58 
 
 		 470 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3721  ImpA domain-containing protein  35.17 
 
 		 482 aa  255  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0018  hypothetical protein  33.48 
 
 		 469 aa  249  5e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2517  type VI secretion-associated protein  31.22 
 
 		 467 aa  236  8e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1208  ImpA domain-containing protein  30.11 
 
 		 469 aa  227  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0056  ImpA domain-containing protein  34.79 
 
 		 480 aa  209  6e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2626  hypothetical protein  28.98 
 
 		 487 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0739443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2129  ImpA domain-containing protein  28.76 
 
 		 487 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4072  hypothetical protein  26.71 
 
 		 488 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00713132  unclonable  0.00000101691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3222  type VI secretion-associated protein  28.11 
 
 		 487 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05864  hypothetical protein  23.44 
 
 		 533 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000442  uncharacterized protein ImpA  22.61 
 
 		 522 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.859338  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3167  hypothetical protein  25.21 
 
 		 789 aa  97.1  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5434  hypothetical protein  24.73 
 
 		 518 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3616  hypothetical protein  25.54 
 
 		 518 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.432292  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0089  ImpA domain-containing protein  25.16 
 
 		 520 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1125  putative type VI secretion protein VasJ  22.29 
 
 		 513 aa  84  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0275  ImpA-like  25.99 
 
 		 790 aa  84  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43050  hypothetical protein  30.08 
 
 		 518 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33519  normal  0.19244 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5596  ImpA-like  23.71 
 
 		 520 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3246  type VI secretion-associated protein  23.2 
 
 		 528 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.644399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2990  ImpA domain-containing protein  27.78 
 
 		 533 aa  60.1  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000813522 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2492  ImpA domain-containing protein  27.78 
 
 		 533 aa  60.1  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2590  type VI secretion-associated protein  27.78 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3656  type VI secretion-associated protein  22.98 
 
 		 527 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.983598  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0796  ImpA domain-containing protein  27.23 
 
 		 534 aa  57.4  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1799  ImpA domain-containing protein  23.32 
 
 		 530 aa  54.7  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.288057 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5272  ImpA, N-terminal  26.86 
 
 		 524 aa  53.5  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0873  ImpA-like N-terminal family protein  33.06 
 
 		 598 aa  53.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0634  ImpA-like protein  24.58 
 
 		 523 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.217357 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2910  ImpA domain-containing protein  29.73 
 
 		 791 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.401848 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1180  putative nucleobase:cation symporter  19.51 
 
 		 426 aa  49.3  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0530  ImpA-like N-terminal family protein  29.84 
 
 		 627 aa  45.8  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.961016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2120  ImpA-related N-terminal family protein  29.03 
 
 		 635 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.570001  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2022  ImpA-related N-terminal family protein  29.03 
 
 		 623 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.975565  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0601  hypothetical protein  29.03 
 
 		 630 aa  44.3  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0747  hypothetical protein  29.03 
 
 		 642 aa  44.3  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.449212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1668  ImpA-related N-terminal family protein  29.03 
 
 		 653 aa  44.3  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.894506  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0712  hypothetical protein  29.03 
 
 		 638 aa  44.3  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>