More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2279 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2279  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
200 aa  415  9.999999999999999e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0504  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.88 
 
 
200 aa  313  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304229  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1765  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72 
 
 
204 aa  311  3.9999999999999997e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.916451  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1978  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  70.5 
 
 
200 aa  302  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0431  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.33 
 
 
200 aa  284  5.999999999999999e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1701  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.62 
 
 
200 aa  274  7e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.489442  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.59 
 
 
200 aa  266  1e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00301418 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.83 
 
 
222 aa  202  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0530  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.84 
 
 
188 aa  176  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1295  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.295392  normal  0.387449 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.92 
 
 
203 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4818  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.97 
 
 
193 aa  159  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.519157  normal  0.21645 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_6266  predicted protein  42.56 
 
 
206 aa  159  2e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00248936  normal  0.275546 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3468  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.11 
 
 
207 aa  159  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.81 
 
 
218 aa  159  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0522  formyl transferase domain-containing protein  44.04 
 
 
187 aa  158  5e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.220861  normal  0.682317 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3310  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.32 
 
 
195 aa  158  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1766  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
193 aa  157  7e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0719  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.21 
 
 
193 aa  156  2e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.64 
 
 
205 aa  155  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0218  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.15 
 
 
206 aa  154  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2482  formyl transferase domain protein  41.67 
 
 
189 aa  154  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.13 
 
 
205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.11 
 
 
222 aa  151  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
223 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.67 
 
 
209 aa  149  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.41 
 
 
220 aa  149  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0676  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.15 
 
 
204 aa  149  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0674  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.15 
 
 
204 aa  149  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40 
 
 
196 aa  149  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000428099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
223 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.78 
 
 
218 aa  148  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.84 
 
 
214 aa  147  8e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1032  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.45 
 
 
187 aa  147  9e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0810  formyl transferase domain protein  38.86 
 
 
192 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.49 
 
 
209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2182  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.21 
 
 
207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.75 
 
 
214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.01 
 
 
211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2111  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.54 
 
 
189 aa  145  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01770  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.93 
 
 
201 aa  145  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.08 
 
 
197 aa  144  8.000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.58 
 
 
218 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.96 
 
 
216 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2577  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.59 
 
 
205 aa  143  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829885  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.32 
 
 
219 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41 
 
 
220 aa  143  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.74 
 
 
220 aa  143  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.4 
 
 
224 aa  143  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.74 
 
 
220 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.4 
 
 
209 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.86 
 
 
219 aa  143  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1546  formyl transferase-like protein  42.13 
 
 
190 aa  142  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.74 
 
 
220 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.74 
 
 
220 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.78 
 
 
219 aa  142  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.36 
 
 
221 aa  141  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1109  formyl transferase domain protein  40.43 
 
 
181 aa  141  7e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.34 
 
 
220 aa  141  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1020  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.11 
 
 
197 aa  140  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.7 
 
 
220 aa  140  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1136  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  32.8 
 
 
189 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
220 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.04 
 
 
204 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.53 
 
 
198 aa  139  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.83 
 
 
209 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.89 
 
 
216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.1 
 
 
217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.49 
 
 
202 aa  139  3e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.43 
 
 
216 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04220  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  38.46 
 
 
212 aa  138  6e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.63 
 
 
213 aa  138  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.21 
 
 
220 aa  138  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.41 
 
 
218 aa  138  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.15 
 
 
220 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.15 
 
 
220 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1281  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.41 
 
 
195 aa  137  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.47 
 
 
217 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.18 
 
 
222 aa  137  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.58 
 
 
214 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.07 
 
 
213 aa  137  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.27 
 
 
205 aa  136  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.23 
 
 
245 aa  136  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1758  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.9 
 
 
315 aa  136  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
313 aa  137  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.15 
 
 
221 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.96 
 
 
204 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.62 
 
 
206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.303566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.84 
 
 
192 aa  135  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.2 
 
 
199 aa  135  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.43 
 
 
229 aa  135  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.32 
 
 
214 aa  135  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.23 
 
 
216 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.08 
 
 
195 aa  134  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.06 
 
 
206 aa  134  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1890  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.86 
 
 
213 aa  134  7.000000000000001e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.505321 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.83 
 
 
225 aa  134  8e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.35 
 
 
213 aa  134  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
220 aa  134  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1247  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.44 
 
 
209 aa  134  8e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000481744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>