More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3468 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3468  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
207 aa  421  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2182  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.17 
 
 
207 aa  235  4e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1247  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.04 
 
 
209 aa  231  6e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000481744  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.72 
 
 
218 aa  215  2.9999999999999998e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.68 
 
 
313 aa  202  2e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0524  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.49 
 
 
204 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.24 
 
 
202 aa  184  6e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.19 
 
 
222 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0674  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.81 
 
 
204 aa  174  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.44 
 
 
214 aa  174  6e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.59 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0676  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.32 
 
 
204 aa  172  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.39 
 
 
205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.72 
 
 
212 aa  167  8e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.17 
 
 
206 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
216 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.86 
 
 
216 aa  165  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.65 
 
 
210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.07 
 
 
206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.36 
 
 
217 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.2 
 
 
206 aa  162  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.89 
 
 
220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.26 
 
 
222 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.26 
 
 
203 aa  161  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.26 
 
 
222 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.36 
 
 
217 aa  160  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.36 
 
 
217 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.09 
 
 
202 aa  160  1e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.36 
 
 
216 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
212 aa  159  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
212 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
212 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.38 
 
 
214 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2279  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.11 
 
 
200 aa  159  4e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.39 
 
 
212 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.39 
 
 
212 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1128  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.12 
 
 
212 aa  158  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.2 
 
 
212 aa  157  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.39 
 
 
212 aa  157  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.39 
 
 
212 aa  157  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.57 
 
 
218 aa  157  9e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.18 
 
 
216 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.7 
 
 
204 aa  157  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.12 
 
 
213 aa  156  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.83 
 
 
220 aa  156  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.38 
 
 
216 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1844  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.41 
 
 
214 aa  155  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000807934  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.22 
 
 
212 aa  155  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.56 
 
 
206 aa  155  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.14 
 
 
211 aa  155  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.33 
 
 
204 aa  155  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.9 
 
 
212 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0431  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.63 
 
 
200 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.08 
 
 
216 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.41 
 
 
212 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.41 
 
 
212 aa  154  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  39.41 
 
 
212 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.41 
 
 
212 aa  154  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1701  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.16 
 
 
200 aa  154  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.489442  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.41 
 
 
212 aa  154  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
217 aa  154  8e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.41 
 
 
212 aa  154  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.87 
 
 
219 aa  154  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.07 
 
 
206 aa  154  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
212 aa  154  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.75 
 
 
213 aa  154  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1978  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.43 
 
 
200 aa  154  9e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
212 aa  153  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.67 
 
 
214 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.16 
 
 
218 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135509  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.46 
 
 
215 aa  153  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.1 
 
 
221 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.41 
 
 
212 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.98 
 
 
215 aa  153  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.78 
 
 
212 aa  153  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2111  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.3 
 
 
189 aa  153  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.75 
 
 
200 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.26 
 
 
214 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0504  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.06 
 
 
200 aa  152  4e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304229  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42 
 
 
216 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.22 
 
 
213 aa  152  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.41 
 
 
220 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2381  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.69 
 
 
214 aa  151  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0156868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2453  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.69 
 
 
214 aa  151  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0349529  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.29 
 
 
220 aa  151  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2546  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.69 
 
 
214 aa  151  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000131759  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.3 
 
 
208 aa  151  8e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.86 
 
 
217 aa  150  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.29 
 
 
220 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1451  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
214 aa  150  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00170053  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
210 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.07 
 
 
215 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.11 
 
 
212 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.49 
 
 
219 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.49 
 
 
219 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.11 
 
 
211 aa  149  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.49 
 
 
219 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.21 
 
 
221 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2098  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.67 
 
 
212 aa  149  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.69 
 
 
214 aa  149  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>