More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1063 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
212 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.6 
 
 
212 aa  357  5e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  74.06 
 
 
212 aa  328  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  74.06 
 
 
212 aa  328  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  74.06 
 
 
212 aa  328  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  68.4 
 
 
213 aa  306  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.56 
 
 
211 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1128  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.23 
 
 
212 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.14 
 
 
212 aa  299  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.14 
 
 
212 aa  298  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.14 
 
 
212 aa  298  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  70.75 
 
 
212 aa  298  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.67 
 
 
212 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.14 
 
 
212 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.24 
 
 
212 aa  293  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.24 
 
 
212 aa  293  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.76 
 
 
212 aa  292  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.76 
 
 
212 aa  293  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  64.76 
 
 
212 aa  292  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.76 
 
 
212 aa  292  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.76 
 
 
212 aa  292  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.76 
 
 
212 aa  292  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.76 
 
 
212 aa  290  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.91 
 
 
220 aa  275  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.38 
 
 
212 aa  273  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.91 
 
 
212 aa  271  8.000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.43 
 
 
214 aa  259  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
214 aa  259  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.57 
 
 
213 aa  258  7e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.57 
 
 
216 aa  256  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.07 
 
 
220 aa  256  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2745  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.94 
 
 
214 aa  255  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000377179  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1512  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.98 
 
 
214 aa  255  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374503  normal  0.459598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1451  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.98 
 
 
214 aa  255  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00170053  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
219 aa  253  1.0000000000000001e-66  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.42 
 
 
214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2098  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.42 
 
 
212 aa  250  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.25 
 
 
218 aa  247  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135509  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.46 
 
 
222 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.28 
 
 
219 aa  245  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2381  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0156868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2453  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0349529  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.5 
 
 
222 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2546  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000131759  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.55 
 
 
213 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
217 aa  241  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.45 
 
 
217 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.49 
 
 
216 aa  240  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.45 
 
 
217 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  238  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000874228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  238  4e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000685362  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.15 
 
 
214 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2550  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000126905  hitchhiker  0.000000000223078 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1734  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
214 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000105531  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1844  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
214 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000807934  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1595  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.15 
 
 
214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000272068  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.07 
 
 
216 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
217 aa  232  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.49 
 
 
215 aa  231  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.11 
 
 
216 aa  230  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
226 aa  229  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.56 
 
 
249 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.15 
 
 
217 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.14 
 
 
215 aa  224  7e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.66 
 
 
215 aa  224  9e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.28 
 
 
215 aa  221  6e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.94 
 
 
245 aa  220  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.23 
 
 
214 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.9 
 
 
222 aa  218  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.76 
 
 
220 aa  216  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.27 
 
 
218 aa  211  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.17 
 
 
223 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.58 
 
 
220 aa  209  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
209 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.12 
 
 
216 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.75 
 
 
220 aa  208  6e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
216 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.77 
 
 
221 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.76 
 
 
210 aa  206  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
212 aa  206  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
219 aa  204  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
219 aa  204  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
219 aa  204  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  204  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  204  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
217 aa  203  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
217 aa  202  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.08 
 
 
216 aa  202  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.76 
 
 
213 aa  201  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
220 aa  201  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.52 
 
 
221 aa  201  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.73 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.43 
 
 
205 aa  195  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.25 
 
 
209 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.47 
 
 
209 aa  195  5.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02238  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
211 aa  192  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.29 
 
 
206 aa  190  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>