More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0643 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
217 aa  438  9.999999999999999e-123  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.78 
 
 
205 aa  222  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.02 
 
 
215 aa  218  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.28 
 
 
212 aa  215  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
205 aa  211  5.999999999999999e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.76 
 
 
218 aa  211  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.02 
 
 
221 aa  207  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.69 
 
 
209 aa  207  1e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.21 
 
 
220 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.26 
 
 
202 aa  206  2e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.29 
 
 
220 aa  206  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.91 
 
 
225 aa  205  4e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.23 
 
 
206 aa  204  8e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
212 aa  203  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.5 
 
 
202 aa  202  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45 
 
 
214 aa  202  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.47 
 
 
221 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.5 
 
 
218 aa  201  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.74 
 
 
206 aa  201  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.45 
 
 
205 aa  200  9.999999999999999e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
222 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.72 
 
 
202 aa  200  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
222 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.22 
 
 
204 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.48 
 
 
206 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.26 
 
 
220 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.72 
 
 
204 aa  198  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.96 
 
 
217 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2448  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.08 
 
 
222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.325008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.06 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.15 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
216 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
219 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
219 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
219 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.39 
 
 
220 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0253  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.23 
 
 
229 aa  194  6e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.22 
 
 
200 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.53 
 
 
212 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.73 
 
 
194 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.36 
 
 
213 aa  194  8.000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.85 
 
 
214 aa  194  9e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.67 
 
 
211 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.69 
 
 
203 aa  192  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.63 
 
 
210 aa  192  3e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.77 
 
 
213 aa  192  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.56 
 
 
216 aa  191  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
212 aa  191  5e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.79 
 
 
225 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
212 aa  191  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
212 aa  191  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.41 
 
 
245 aa  191  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1259  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.08 
 
 
212 aa  191  6e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.582521  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.06 
 
 
220 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.06 
 
 
220 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.06 
 
 
220 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.52 
 
 
220 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.52 
 
 
220 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
216 aa  191  7e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.79 
 
 
225 aa  191  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
226 aa  191  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.59 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
216 aa  190  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.17 
 
 
212 aa  189  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.9 
 
 
209 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.89 
 
 
225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  50.53 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
217 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.84 
 
 
192 aa  188  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
212 aa  189  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
217 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
212 aa  188  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
212 aa  188  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.88 
 
 
206 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.07 
 
 
198 aa  188  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.44 
 
 
224 aa  188  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.75 
 
 
214 aa  187  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47 
 
 
313 aa  187  7e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
212 aa  187  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.15 
 
 
221 aa  187  9e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
217 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.46 
 
 
216 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.46 
 
 
219 aa  186  2e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.11 
 
 
215 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.08 
 
 
222 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
211 aa  185  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1128  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  184  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.68 
 
 
213 aa  184  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1407  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.96 
 
 
202 aa  184  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
227 aa  184  7e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
192 aa  184  8e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2769  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.89 
 
 
227 aa  184  9e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.07 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.09 
 
 
218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>