More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2578 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
214 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2745  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  85.05 
 
 
214 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000377179  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1595  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.71 
 
 
214 aa  371  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000272068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2550  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.71 
 
 
214 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000126905  hitchhiker  0.000000000223078 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1734  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.71 
 
 
214 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000105531  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2381  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.78 
 
 
214 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0156868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2453  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.78 
 
 
214 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0349529  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2546  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.78 
 
 
214 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000131759  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.24 
 
 
214 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000874228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.24 
 
 
214 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000685362  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1512  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.24 
 
 
214 aa  367  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374503  normal  0.459598 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  79.91 
 
 
214 aa  360  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1451  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  78.97 
 
 
214 aa  357  6e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00170053  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1844  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  80.84 
 
 
214 aa  357  9e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000807934  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  76.19 
 
 
213 aa  330  1e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2098  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.36 
 
 
212 aa  322  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.79 
 
 
213 aa  275  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.51 
 
 
218 aa  271  6e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135509  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.24 
 
 
220 aa  266  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.67 
 
 
220 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.44 
 
 
214 aa  261  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.24 
 
 
212 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  61.24 
 
 
212 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.24 
 
 
212 aa  259  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.24 
 
 
212 aa  259  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
212 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.24 
 
 
212 aa  258  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.24 
 
 
212 aa  258  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.77 
 
 
212 aa  258  5.0000000000000005e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.77 
 
 
212 aa  258  6e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.77 
 
 
212 aa  258  7e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.77 
 
 
212 aa  256  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.09 
 
 
214 aa  254  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
212 aa  251  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
212 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
212 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.52 
 
 
216 aa  251  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
212 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.89 
 
 
212 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.52 
 
 
212 aa  248  4e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.87 
 
 
212 aa  248  6e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.01 
 
 
217 aa  245  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.65 
 
 
217 aa  245  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
212 aa  245  4.9999999999999997e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.01 
 
 
217 aa  244  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.62 
 
 
212 aa  244  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.62 
 
 
212 aa  244  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.62 
 
 
212 aa  244  6e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.19 
 
 
222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.72 
 
 
222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.07 
 
 
217 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.9 
 
 
219 aa  242  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1128  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.89 
 
 
212 aa  239  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.17 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.07 
 
 
217 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.93 
 
 
216 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.77 
 
 
216 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.02 
 
 
213 aa  231  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.61 
 
 
215 aa  232  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.05 
 
 
216 aa  230  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.37 
 
 
249 aa  221  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.88 
 
 
226 aa  218  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.5 
 
 
220 aa  217  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.49 
 
 
215 aa  215  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.97 
 
 
215 aa  216  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.14 
 
 
245 aa  213  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
221 aa  208  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.05 
 
 
219 aa  207  7e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  207  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
220 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.05 
 
 
220 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.24 
 
 
213 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.34 
 
 
220 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
216 aa  201  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53 
 
 
220 aa  201  6e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.85 
 
 
209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.48 
 
 
215 aa  198  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
210 aa  198  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.6 
 
 
214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.48 
 
 
221 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.38 
 
 
223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.91 
 
 
198 aa  195  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.47 
 
 
212 aa  194  7e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
216 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.22 
 
 
216 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
209 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.32 
 
 
220 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.67 
 
 
205 aa  184  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
223 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.27 
 
 
222 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.895502  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.45 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.44 
 
 
217 aa  181  7e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02238  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
211 aa  181  9.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>