More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1632 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
216 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.48 
 
 
216 aa  358  3e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  81.02 
 
 
216 aa  357  9e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  80.93 
 
 
217 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  80.93 
 
 
217 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  80.93 
 
 
217 aa  348  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  76.39 
 
 
222 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.93 
 
 
222 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  82.71 
 
 
217 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  76.89 
 
 
214 aa  333  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.22 
 
 
215 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.1 
 
 
219 aa  265  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.2 
 
 
222 aa  264  8e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.37 
 
 
213 aa  259  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.71 
 
 
214 aa  256  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.97 
 
 
217 aa  255  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.98 
 
 
226 aa  255  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.08 
 
 
220 aa  254  6e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.42 
 
 
212 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
212 aa  252  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  58.94 
 
 
212 aa  252  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.21 
 
 
215 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.28 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
212 aa  252  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
212 aa  252  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
212 aa  252  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.44 
 
 
249 aa  252  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.45 
 
 
212 aa  250  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.25 
 
 
212 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.25 
 
 
212 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.25 
 
 
212 aa  250  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.07 
 
 
220 aa  248  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.22 
 
 
212 aa  247  8e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.59 
 
 
220 aa  245  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
212 aa  244  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
212 aa  244  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
212 aa  244  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
212 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
212 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.09 
 
 
210 aa  241  5e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2098  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.94 
 
 
212 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.49 
 
 
212 aa  240  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1451  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
214 aa  240  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00170053  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.52 
 
 
213 aa  240  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.04 
 
 
212 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.29 
 
 
215 aa  238  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.81 
 
 
215 aa  238  5.999999999999999e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1734  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.93 
 
 
214 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000105531  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2550  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.93 
 
 
214 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000126905  hitchhiker  0.000000000223078 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.55 
 
 
216 aa  238  6.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.93 
 
 
214 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000874228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.93 
 
 
214 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000685362  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.28 
 
 
212 aa  237  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.77 
 
 
214 aa  236  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1512  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.46 
 
 
214 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374503  normal  0.459598 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2761  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.77 
 
 
214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2381  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
214 aa  231  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0156868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2453  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
214 aa  231  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0349529  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2546  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
214 aa  231  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000131759  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1595  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.46 
 
 
214 aa  231  6e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000272068  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.73 
 
 
217 aa  231  9e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.37 
 
 
218 aa  229  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135509  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.34 
 
 
220 aa  228  5e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.67 
 
 
216 aa  228  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2745  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.49 
 
 
214 aa  228  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000377179  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.51 
 
 
220 aa  227  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.42 
 
 
216 aa  225  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.63 
 
 
220 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.67 
 
 
220 aa  225  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.67 
 
 
220 aa  225  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.63 
 
 
220 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.2 
 
 
220 aa  224  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.41 
 
 
209 aa  224  6e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.12 
 
 
220 aa  224  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.67 
 
 
220 aa  223  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.56 
 
 
211 aa  223  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.48 
 
 
214 aa  223  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1128  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.56 
 
 
212 aa  221  6e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.84 
 
 
216 aa  221  7e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.81 
 
 
213 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.94 
 
 
223 aa  220  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.43 
 
 
203 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1844  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.42 
 
 
214 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000807934  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.85 
 
 
218 aa  218  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.67 
 
 
221 aa  218  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.66 
 
 
213 aa  216  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.49 
 
 
219 aa  216  2e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.26 
 
 
221 aa  214  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.97 
 
 
209 aa  210  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.07 
 
 
194 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.15 
 
 
245 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.07 
 
 
194 aa  208  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.85 
 
 
224 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.33 
 
 
212 aa  204  6e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.21 
 
 
192 aa  204  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.03 
 
 
209 aa  204  8e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.38 
 
 
209 aa  204  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.09 
 
 
220 aa  201  7e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>