More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1766 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1766  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
193 aa  396  1e-109  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0719  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.94 
 
 
193 aa  211  7e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2482  formyl transferase domain protein  51.06 
 
 
189 aa  209  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4818  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.3 
 
 
193 aa  209  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.519157  normal  0.21645 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0530  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.31 
 
 
188 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3310  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.48 
 
 
195 aa  178  4.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1136  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.01 
 
 
189 aa  175  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0810  formyl transferase domain protein  42.55 
 
 
192 aa  170  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2279  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
200 aa  157  6e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1978  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.1 
 
 
200 aa  154  6e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0504  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.88 
 
 
200 aa  154  6e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304229  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0431  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.88 
 
 
200 aa  152  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1765  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.81 
 
 
204 aa  149  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.916451  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1701  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.36 
 
 
200 aa  142  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.489442  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.58 
 
 
214 aa  140  9e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.4 
 
 
200 aa  138  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00301418 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.43 
 
 
222 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03155  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.33 
 
 
130 aa  129  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1032  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
187 aa  129  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0143  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.36 
 
 
190 aa  129  3e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.46 
 
 
218 aa  128  5.0000000000000004e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1295  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.11 
 
 
204 aa  127  8.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.295392  normal  0.387449 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1281  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.62 
 
 
195 aa  127  9.000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0218  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.78 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0958  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.57 
 
 
209 aa  124  8.000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.779009  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0052  formyl transferase domain protein  35.11 
 
 
182 aa  124  8.000000000000001e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.37 
 
 
197 aa  121  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0053  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.17 
 
 
184 aa  121  8e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.243956  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2111  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.43 
 
 
189 aa  120  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1020  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.15 
 
 
197 aa  120  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.31 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0674  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.97 
 
 
204 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0028  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.22 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0676  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.43 
 
 
204 aa  117  9e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.19 
 
 
198 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.04 
 
 
218 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01770  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.7 
 
 
201 aa  115  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.57 
 
 
204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1138  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1129  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.87 
 
 
214 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.462935 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1617  Formyl transferase-like  37.85 
 
 
185 aa  114  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1546  formyl transferase-like protein  50.47 
 
 
190 aa  114  6e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.9 
 
 
224 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1102  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.87 
 
 
214 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.02 
 
 
227 aa  113  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0522  formyl transferase domain-containing protein  35.42 
 
 
187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.220861  normal  0.682317 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3468  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.17 
 
 
207 aa  112  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.7 
 
 
222 aa  112  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.27 
 
 
209 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.17 
 
 
204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.89 
 
 
203 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2745  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.64 
 
 
214 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000377179  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.69 
 
 
198 aa  111  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.17 
 
 
206 aa  112  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.98 
 
 
196 aa  111  7.000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000428099  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_6266  predicted protein  36.9 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00248936  normal  0.275546 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.52 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.43 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1417  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.79 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000602325  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.76 
 
 
215 aa  109  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.98 
 
 
214 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
219 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.22 
 
 
203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0478  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.87 
 
 
212 aa  109  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0564  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.48 
 
 
218 aa  109  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.513649  normal  0.0898016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.87 
 
 
224 aa  108  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.26 
 
 
195 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.26 
 
 
195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1778  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.51 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.46 
 
 
219 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.22 
 
 
215 aa  108  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1130  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.98 
 
 
195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00861334  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.51 
 
 
214 aa  108  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.41 
 
 
313 aa  108  6e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.13 
 
 
217 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.17 
 
 
209 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.08 
 
 
206 aa  107  9.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.303566  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09731  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  30.41 
 
 
218 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.372545  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.17 
 
 
195 aa  107  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.83 
 
 
206 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.03 
 
 
198 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.46 
 
 
219 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0474  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.29 
 
 
192 aa  107  1e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.462514  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0276  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  32.81 
 
 
195 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.46 
 
 
220 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.84 
 
 
213 aa  107  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  32.8 
 
 
188 aa  106  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.74 
 
 
195 aa  106  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.74 
 
 
195 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1595  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.76 
 
 
214 aa  106  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000272068  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.51 
 
 
230 aa  107  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0394188  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.36 
 
 
214 aa  106  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.74 
 
 
195 aa  106  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.98 
 
 
198 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4977  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.26 
 
 
195 aa  106  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1512  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.22 
 
 
214 aa  106  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374503  normal  0.459598 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.33 
 
 
225 aa  106  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1132  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.33 
 
 
188 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.731363  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  32.82 
 
 
213 aa  106  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.33 
 
 
410 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367196 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>