More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3332 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
214 aa  431  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.62 
 
 
216 aa  244  9e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.25 
 
 
224 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.81 
 
 
222 aa  242  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.03 
 
 
219 aa  234  9e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.39 
 
 
219 aa  232  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.84 
 
 
219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.39 
 
 
220 aa  226  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.73 
 
 
209 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.64 
 
 
220 aa  221  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.24 
 
 
212 aa  218  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.47 
 
 
218 aa  218  6e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.95 
 
 
236 aa  216  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.22 
 
 
216 aa  214  7e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.09 
 
 
221 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.89 
 
 
222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.06 
 
 
209 aa  209  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.72 
 
 
212 aa  207  9e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.39 
 
 
216 aa  205  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.74 
 
 
214 aa  205  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
220 aa  205  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
218 aa  203  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
204 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.84 
 
 
216 aa  203  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.91 
 
 
205 aa  202  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.16 
 
 
221 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.27 
 
 
220 aa  202  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.91 
 
 
205 aa  202  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
217 aa  201  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
204 aa  201  5e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.84 
 
 
218 aa  201  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.76 
 
 
220 aa  201  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.27 
 
 
220 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.27 
 
 
220 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.27 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.49 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.28 
 
 
206 aa  198  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.09 
 
 
220 aa  197  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.33 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.53 
 
 
209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.74 
 
 
222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.08 
 
 
229 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.43 
 
 
194 aa  194  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52 
 
 
215 aa  194  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.48 
 
 
209 aa  194  7e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.19 
 
 
199 aa  194  8.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.85 
 
 
217 aa  194  9e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.18 
 
 
217 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.7 
 
 
217 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.67 
 
 
218 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.48 
 
 
211 aa  193  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.53 
 
 
216 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
222 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.89 
 
 
194 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.11 
 
 
223 aa  192  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
223 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.48 
 
 
206 aa  192  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.24 
 
 
219 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
211 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.15 
 
 
215 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0641  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
208 aa  191  6e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.91 
 
 
192 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.82 
 
 
210 aa  191  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0763  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, putative  49.73 
 
 
186 aa  189  2e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.211527  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
203 aa  189  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.68 
 
 
198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
208 aa  188  5.999999999999999e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.147128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
217 aa  187  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.51 
 
 
217 aa  187  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
200 aa  187  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.26 
 
 
197 aa  187  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
213 aa  186  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.23 
 
 
210 aa  186  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.28 
 
 
220 aa  186  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.19 
 
 
192 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
217 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.08 
 
 
245 aa  185  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.33 
 
 
203 aa  185  5e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.98 
 
 
205 aa  185  5e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.22 
 
 
205 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.73 
 
 
202 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.98 
 
 
214 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.33 
 
 
220 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.33 
 
 
220 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.33 
 
 
220 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.58 
 
 
192 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.33 
 
 
220 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.35 
 
 
220 aa  182  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
213 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.43 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.51 
 
 
198 aa  181  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.54 
 
 
226 aa  181  5.0000000000000004e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.97 
 
 
206 aa  181  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.82 
 
 
220 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>