More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1765 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1765  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
204 aa  421  1e-117  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.916451  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2279  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72 
 
 
200 aa  311  4.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0504  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.86 
 
 
200 aa  301  6.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304229  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0431  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.28 
 
 
200 aa  289  2e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1978  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.34 
 
 
200 aa  288  5.0000000000000004e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1701  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.18 
 
 
200 aa  272  3e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.489442  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.1 
 
 
200 aa  261  6e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00301418 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.91 
 
 
222 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0218  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.21 
 
 
206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0530  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.86 
 
 
188 aa  164  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4818  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.01 
 
 
193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.519157  normal  0.21645 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1295  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.55 
 
 
204 aa  158  7e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.295392  normal  0.387449 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.81 
 
 
218 aa  157  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_6266  predicted protein  41.24 
 
 
206 aa  154  8e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00248936  normal  0.275546 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.09 
 
 
211 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.93 
 
 
196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000428099  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0719  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.15 
 
 
193 aa  151  5.9999999999999996e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2482  formyl transferase domain protein  40.53 
 
 
189 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3310  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.02 
 
 
195 aa  150  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1766  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.81 
 
 
193 aa  149  3e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0522  formyl transferase domain-containing protein  41.41 
 
 
187 aa  149  4e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.220861  normal  0.682317 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1020  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.53 
 
 
197 aa  149  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.98 
 
 
214 aa  148  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3468  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.79 
 
 
207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
219 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.53 
 
 
220 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.9 
 
 
245 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
219 aa  144  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1136  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.74 
 
 
189 aa  144  9e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0810  formyl transferase domain protein  37.95 
 
 
192 aa  143  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1546  formyl transferase-like protein  43.75 
 
 
190 aa  144  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.97 
 
 
202 aa  143  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.68 
 
 
203 aa  143  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.4 
 
 
209 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1032  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
187 aa  143  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.78 
 
 
218 aa  142  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.27 
 
 
209 aa  142  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.15 
 
 
205 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.15 
 
 
205 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1109  formyl transferase domain protein  40.74 
 
 
181 aa  142  4e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.99 
 
 
219 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.1 
 
 
209 aa  141  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2111  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40 
 
 
189 aa  140  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.55 
 
 
220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.43 
 
 
222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.05 
 
 
213 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.67 
 
 
223 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.19 
 
 
206 aa  137  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.3 
 
 
204 aa  137  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
192 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40 
 
 
220 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.59 
 
 
223 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.98 
 
 
225 aa  137  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0676  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.22 
 
 
204 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0674  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.22 
 
 
204 aa  136  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.36 
 
 
220 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.23 
 
 
229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.63 
 
 
197 aa  135  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0564  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.1 
 
 
218 aa  135  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.513649  normal  0.0898016 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.95 
 
 
239 aa  135  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.89 
 
 
313 aa  134  7.000000000000001e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
214 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
195 aa  134  8e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0269  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
195 aa  134  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
195 aa  134  8e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
195 aa  134  8e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.18 
 
 
222 aa  134  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.11 
 
 
198 aa  134  8e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.57 
 
 
225 aa  134  8e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.39 
 
 
212 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.89 
 
 
221 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15111  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.51 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.165078 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.76 
 
 
206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.83 
 
 
204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0272  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
195 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.64 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.4 
 
 
213 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0343  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.36 
 
 
195 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.82 
 
 
195 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.8 
 
 
223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.14 
 
 
206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.37 
 
 
217 aa  132  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.78 
 
 
217 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4977  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.36 
 
 
195 aa  132  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.77 
 
 
230 aa  132  3e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0394188  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.44 
 
 
216 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.51 
 
 
213 aa  132  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.41 
 
 
224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.26 
 
 
218 aa  131  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2577  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
205 aa  131  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829885  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.41 
 
 
218 aa  131  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08731  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.26 
 
 
213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.31 
 
 
195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.27 
 
 
195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0319  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.03 
 
 
232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.0027967  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.64 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0478  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.9 
 
 
212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1138  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.87 
 
 
210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.46 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.57 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>