More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2023 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
219 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  94.52 
 
 
219 aa  387  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  95.89 
 
 
219 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.95 
 
 
220 aa  296  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  70.89 
 
 
218 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.62 
 
 
216 aa  269  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.72 
 
 
216 aa  250  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.22 
 
 
222 aa  246  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.71 
 
 
224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.62 
 
 
218 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.03 
 
 
214 aa  234  9e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.81 
 
 
236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.03 
 
 
212 aa  231  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
209 aa  228  7e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.7 
 
 
220 aa  228  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.88 
 
 
222 aa  228  8e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.02 
 
 
215 aa  227  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.93 
 
 
209 aa  225  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.78 
 
 
221 aa  222  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
229 aa  221  8e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.95 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.12 
 
 
226 aa  217  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.45 
 
 
220 aa  217  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.41 
 
 
220 aa  215  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.08 
 
 
206 aa  215  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.41 
 
 
220 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.41 
 
 
220 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.38 
 
 
211 aa  214  7e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.41 
 
 
220 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
218 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.77 
 
 
216 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.27 
 
 
221 aa  211  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.9 
 
 
220 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.27 
 
 
217 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.33 
 
 
217 aa  211  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.01 
 
 
220 aa  210  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.48 
 
 
223 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.81 
 
 
218 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.17 
 
 
198 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.22 
 
 
197 aa  206  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.02 
 
 
209 aa  205  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.04 
 
 
223 aa  205  5e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.76 
 
 
216 aa  204  9e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.59 
 
 
194 aa  204  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.88 
 
 
217 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.59 
 
 
194 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.92 
 
 
192 aa  202  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
205 aa  202  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.45 
 
 
192 aa  202  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.26 
 
 
214 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
205 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
209 aa  201  5e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
222 aa  201  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.94 
 
 
219 aa  201  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.94 
 
 
219 aa  201  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.94 
 
 
219 aa  201  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.12 
 
 
218 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.26 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.67 
 
 
216 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.94 
 
 
203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
222 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.81 
 
 
213 aa  199  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.26 
 
 
219 aa  199  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
217 aa  198  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.24 
 
 
214 aa  198  5e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.54 
 
 
213 aa  198  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.76 
 
 
217 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0898  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.48 
 
 
195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414511  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.49 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.26 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.01 
 
 
216 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.51 
 
 
198 aa  195  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
202 aa  194  6e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.76 
 
 
217 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
215 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2101  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.84 
 
 
207 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.97 
 
 
192 aa  193  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.42 
 
 
210 aa  193  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.61 
 
 
245 aa  192  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.51 
 
 
199 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
220 aa  191  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49 
 
 
220 aa  192  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
204 aa  191  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1758  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.01 
 
 
315 aa  190  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.25 
 
 
215 aa  189  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2544  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.45 
 
 
193 aa  189  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  188  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.13 
 
 
212 aa  188  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.13 
 
 
212 aa  188  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.13 
 
 
212 aa  188  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.46 
 
 
220 aa  188  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>