More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0791 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
220 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.74 
 
 
223 aa  314  8e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.25 
 
 
223 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.07 
 
 
229 aa  283  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.43 
 
 
205 aa  276  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  70.9 
 
 
205 aa  273  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2577  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.84 
 
 
205 aa  257  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829885  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.69 
 
 
236 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.97 
 
 
203 aa  229  2e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.63 
 
 
224 aa  229  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.15 
 
 
209 aa  222  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.71 
 
 
215 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.31 
 
 
220 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.31 
 
 
220 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.31 
 
 
220 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.81 
 
 
220 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
220 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
220 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
213 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.26 
 
 
209 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
219 aa  209  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
209 aa  208  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.78 
 
 
220 aa  208  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.12 
 
 
214 aa  206  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.31 
 
 
219 aa  204  7e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
217 aa  204  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.77 
 
 
221 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
219 aa  203  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
216 aa  201  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.11 
 
 
209 aa  201  6e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.36 
 
 
216 aa  201  9.999999999999999e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.23 
 
 
222 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.77 
 
 
199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.3 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
220 aa  198  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.6 
 
 
216 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.44 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.91 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.44 
 
 
217 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.47 
 
 
222 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.94 
 
 
221 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
213 aa  195  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.88 
 
 
192 aa  194  8.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.47 
 
 
222 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.61 
 
 
198 aa  193  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.06 
 
 
216 aa  193  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.91 
 
 
226 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.26 
 
 
219 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.94 
 
 
216 aa  191  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.92 
 
 
205 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.97 
 
 
212 aa  190  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.44 
 
 
197 aa  190  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
212 aa  190  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
198 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
212 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  45.64 
 
 
212 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
212 aa  189  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.94 
 
 
214 aa  190  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
212 aa  189  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.34 
 
 
217 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
212 aa  189  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
212 aa  189  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.93 
 
 
197 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.43 
 
 
220 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.28 
 
 
210 aa  189  4e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.35 
 
 
194 aa  188  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
212 aa  188  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.72 
 
 
218 aa  188  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.31 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2101  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.23 
 
 
207 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.81 
 
 
194 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.83 
 
 
218 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.19 
 
 
220 aa  187  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
212 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.42 
 
 
216 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.43 
 
 
198 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.21 
 
 
210 aa  186  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.73 
 
 
213 aa  186  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.9 
 
 
203 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.63 
 
 
220 aa  186  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0678  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.26 
 
 
196 aa  185  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
215 aa  185  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
212 aa  185  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.47 
 
 
212 aa  185  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.75 
 
 
222 aa  184  8e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.56 
 
 
213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
220 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
192 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
216 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.74 
 
 
212 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.32 
 
 
206 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.91 
 
 
211 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.72 
 
 
216 aa  182  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.04 
 
 
211 aa  182  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.81 
 
 
220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.69 
 
 
219 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.69 
 
 
219 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.69 
 
 
219 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
220 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
220 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>