More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4878 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008759  Pnap_4878  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
576 aa  1152    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.983312 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1209  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.46 
 
 
522 aa  348  1e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000650219  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1291  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.08 
 
 
516 aa  288  2e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00804407  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1091  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.22 
 
 
514 aa  288  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.489996 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1369  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34 
 
 
508 aa  283  5.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0465393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0198  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.02 
 
 
555 aa  227  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41 
 
 
413 aa  208  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.214735  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1128  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28 
 
 
460 aa  159  1e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1869  exodeoxyribonuclease VII  25.93 
 
 
530 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.205151  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0178  exodeoxyribonuclease VII  27.66 
 
 
526 aa  140  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7199  Exodeoxyribonuclease VII  26 
 
 
475 aa  136  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0236  Exodeoxyribonuclease VII  26.85 
 
 
526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0501  Exodeoxyribonuclease VII  28.83 
 
 
404 aa  133  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3498  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.14 
 
 
526 aa  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3317  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  29.14 
 
 
387 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2199  Exodeoxyribonuclease VII  26.97 
 
 
464 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.503662  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2900  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.02 
 
 
393 aa  110  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0916  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.62 
 
 
397 aa  108  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0119351 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3174  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.24 
 
 
541 aa  108  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.515348  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3775  exodeoxyribonuclease VII  27.43 
 
 
478 aa  107  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.43 
 
 
543 aa  107  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.958847  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3211  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.62 
 
 
450 aa  107  9e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173866  normal  0.203327 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.31 
 
 
519 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3173  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.42 
 
 
393 aa  105  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.96 
 
 
455 aa  104  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1296  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.04 
 
 
442 aa  104  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430502  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0182  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.29 
 
 
519 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402251  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0122  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.29 
 
 
511 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.286827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0620  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.29 
 
 
477 aa  99.4  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419722  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4549  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.72 
 
 
526 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3125  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.9 
 
 
442 aa  97.1  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284972  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4284  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.22 
 
 
527 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.671183  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2996  exodeoxyribonuclease VII large subunit  27.15 
 
 
527 aa  95.5  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3573  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.33 
 
 
445 aa  94.4  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.168579  hitchhiker  0.00774159 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0159  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.26 
 
 
537 aa  93.6  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1558  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.74 
 
 
442 aa  92.8  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0686099  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1101  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.51 
 
 
432 aa  91.7  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2553  exodeoxyribonuclease VII large subunit  27.88 
 
 
541 aa  91.3  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.30129  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1002  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  22.85 
 
 
454 aa  89.7  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000181465  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1515  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.21 
 
 
402 aa  90.1  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1093  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.76 
 
 
474 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2946  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.58 
 
 
436 aa  89.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.877345 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1221  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.28 
 
 
542 aa  89  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1153  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.28 
 
 
542 aa  89  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.315113  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1761  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  28.47 
 
 
455 aa  89  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32 
 
 
402 aa  89  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.983467 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1132  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  28.04 
 
 
483 aa  89.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692394  normal  0.0141184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0727  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.9 
 
 
420 aa  88.2  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  27.6 
 
 
459 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1006  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.44 
 
 
406 aa  88.6  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.795132  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.62 
 
 
476 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39770  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.64 
 
 
456 aa  87.4  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.979844  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.27 
 
 
457 aa  87  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1021  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  29.38 
 
 
406 aa  87  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00478651  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.73 
 
 
454 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000169842  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.66 
 
 
448 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1915  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  27.23 
 
 
471 aa  86.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1331  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.02 
 
 
462 aa  86.3  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.701446  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1309  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.46 
 
 
398 aa  86.3  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.65 
 
 
384 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0641  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  27.73 
 
 
449 aa  86.3  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.782635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.94 
 
 
492 aa  86.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2759  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.88 
 
 
443 aa  85.9  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.340088  normal  0.610939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1226  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.67 
 
 
528 aa  85.9  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.901078  normal  0.0774047 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6068  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  27.04 
 
 
507 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0339601  normal  0.285374 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4728  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  29.49 
 
 
392 aa  86.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.139822  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1722  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.16 
 
 
459 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.209021  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.95 
 
 
445 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0952  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.66 
 
 
496 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3734  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.77 
 
 
456 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000326312  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0718  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.03 
 
 
448 aa  85.1  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.07 
 
 
463 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2727  exodeoxyribonuclease 7 large subunit  27.4 
 
 
523 aa  85.1  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0564335  normal  0.143765 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0628  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.08 
 
 
485 aa  85.5  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.088972 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4570  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.17 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02401  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.77 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000149221  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1159  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  29.77 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000102008  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  27.64 
 
 
446 aa  84.7  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000027114  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02363  hypothetical protein  29.77 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000142965  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2885  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.77 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000248025  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1926  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  29.62 
 
 
439 aa  84.7  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.86 
 
 
463 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2204  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31 
 
 
486 aa  84.3  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1168  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.77 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000633307  normal  0.0126087 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.49 
 
 
466 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2660  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.77 
 
 
456 aa  84.7  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.87444e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1732  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.66 
 
 
480 aa  84  0.000000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.709367  hitchhiker  0.00631476 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0939  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  28.02 
 
 
456 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0421457  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0127  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.4 
 
 
410 aa  84.3  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.40242  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.32 
 
 
448 aa  84  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0567  exodeoxyribonuclease VII  29.1 
 
 
405 aa  84  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.116318  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0878  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  33.84 
 
 
417 aa  83.6  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0764  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.48 
 
 
511 aa  83.6  0.000000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.130053  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0398  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  27.55 
 
 
521 aa  83.6  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.636778 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  27.78 
 
 
445 aa  83.6  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  23.93 
 
 
448 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.02 
 
 
467 aa  83.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.41 
 
 
463 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.58 
 
 
449 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4621  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.42 
 
 
541 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>