More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4028 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
519 aa  1018    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1845  exodeoxyribonuclease VII large subunit  65.52 
 
 
519 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.264563  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0494  exodeoxyribonuclease VII large subunit  65.52 
 
 
519 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0634  exodeoxyribonuclease VII large subunit  64.95 
 
 
519 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3300  exodeoxyribonuclease VII large subunit  57.45 
 
 
519 aa  514  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2727  exodeoxyribonuclease 7 large subunit  55.7 
 
 
523 aa  489  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0564335  normal  0.143765 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1945  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.28 
 
 
502 aa  477  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1352  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.83 
 
 
537 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60305  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0628  exodeoxyribonuclease VII large subunit  58.43 
 
 
485 aa  461  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.088972 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4621  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.59 
 
 
541 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.52 
 
 
536 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3498  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.55 
 
 
526 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0667  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.29 
 
 
566 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2553  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.19 
 
 
541 aa  445  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.30129  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1859  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.52 
 
 
538 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.020819 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3174  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.91 
 
 
541 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.515348  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0620  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.67 
 
 
477 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419722  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6605  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.37 
 
 
531 aa  438  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0079449  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1695  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.9 
 
 
536 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.85082 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4284  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.56 
 
 
527 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.671183  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6068  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.77 
 
 
507 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0339601  normal  0.285374 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4549  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.81 
 
 
526 aa  428  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2996  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.34 
 
 
527 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0182  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.81 
 
 
519 aa  425  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402251  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.99 
 
 
543 aa  424  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.958847  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0764  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.4 
 
 
511 aa  419  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.130053  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.47 
 
 
475 aa  420  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1238  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.06 
 
 
549 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.122237  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0712  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.4 
 
 
511 aa  420  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4330  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  49.9 
 
 
548 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554584  normal  0.651535 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0398  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.31 
 
 
521 aa  415  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.636778 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0159  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.57 
 
 
537 aa  413  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1226  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.88 
 
 
528 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.901078  normal  0.0774047 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.19 
 
 
492 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4183  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.6 
 
 
523 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3873  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.2 
 
 
522 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633021  normal  0.0839806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.69 
 
 
496 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1034  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50 
 
 
476 aa  392  1e-108  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.31032  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1331  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.53 
 
 
462 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.701446  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0171  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.53 
 
 
453 aa  376  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2864  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  47.09 
 
 
486 aa  335  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0265405  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0056  putative exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.66 
 
 
388 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0029  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.06 
 
 
388 aa  303  5.000000000000001e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0282686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2406  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.35 
 
 
475 aa  280  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000113939  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.71 
 
 
455 aa  273  6e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0042  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.74 
 
 
396 aa  271  2.9999999999999997e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1848  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.77 
 
 
453 aa  270  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000692777  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06490  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.4 
 
 
405 aa  270  5.9999999999999995e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000332629  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1221  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.06 
 
 
542 aa  269  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1153  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.06 
 
 
542 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.315113  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.53 
 
 
453 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.35 
 
 
448 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.21 
 
 
454 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000169842  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1767  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.42 
 
 
447 aa  262  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00135793  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1093  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.47 
 
 
474 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18484  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6807  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.83 
 
 
501 aa  262  1e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0976698  normal  0.286525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.22 
 
 
451 aa  261  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1890  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.96 
 
 
446 aa  260  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000101941  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1255  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.13 
 
 
458 aa  259  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000215567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.78 
 
 
476 aa  259  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.19 
 
 
458 aa  257  4e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.41 
 
 
463 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1052  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.38 
 
 
448 aa  256  7e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.33 
 
 
463 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0612  exodeoxyribonuclease VII  41.5 
 
 
452 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000716955  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1776  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.99 
 
 
469 aa  256  1.0000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.100322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.26 
 
 
448 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.8 
 
 
463 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1072  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.29 
 
 
398 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.58037  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0833  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.83 
 
 
411 aa  251  2e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0015301  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1904  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.79 
 
 
404 aa  251  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.950618  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1865  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.97 
 
 
411 aa  250  5e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1025  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.41 
 
 
463 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.91 
 
 
448 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.91 
 
 
448 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.88 
 
 
448 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1719  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  36.84 
 
 
454 aa  248  2e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.623668  hitchhiker  0.0000296907 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.62 
 
 
402 aa  247  3e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4032  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.4 
 
 
452 aa  247  4e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156439  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1027  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.41 
 
 
459 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444658  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.12 
 
 
422 aa  246  6e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000320124  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2759  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.61 
 
 
443 aa  246  8e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.340088  normal  0.610939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.23 
 
 
448 aa  246  8e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.57 
 
 
414 aa  246  9e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.78 
 
 
445 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.96 
 
 
457 aa  245  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.15 
 
 
463 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.04 
 
 
451 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.12 
 
 
446 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4310  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.8 
 
 
444 aa  244  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4253  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0297469  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.796094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0384993  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3933  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1979  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.46 
 
 
414 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.337025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4200  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.09756e-21 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4404  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.87 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.23 
 
 
448 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.29 
 
 
414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>