More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1945 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1945  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
502 aa  998    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2727  exodeoxyribonuclease 7 large subunit  57.28 
 
 
523 aa  557  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0564335  normal  0.143765 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1845  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.92 
 
 
519 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.264563  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0494  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.92 
 
 
519 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0634  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.58 
 
 
519 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3300  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.01 
 
 
519 aa  504  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.23 
 
 
519 aa  475  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0620  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.52 
 
 
477 aa  461  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419722  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2996  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.81 
 
 
527 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4330  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.69 
 
 
548 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554584  normal  0.651535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0667  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  49.9 
 
 
566 aa  425  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3498  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.75 
 
 
526 aa  422  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1352  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47 
 
 
537 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60305  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0628  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.41 
 
 
485 aa  419  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.088972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.15 
 
 
536 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4549  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.41 
 
 
526 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.32 
 
 
496 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.7 
 
 
543 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.958847  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3174  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.34 
 
 
541 aa  415  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.515348  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.92 
 
 
475 aa  413  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1238  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  47.51 
 
 
549 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.122237  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4284  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.9 
 
 
527 aa  412  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.671183  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2553  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.49 
 
 
541 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.30129  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0182  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.35 
 
 
519 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402251  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0764  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.62 
 
 
511 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.130053  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6605  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.38 
 
 
531 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0079449  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1859  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.42 
 
 
538 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.020819 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4183  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  49.8 
 
 
523 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0712  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.42 
 
 
511 aa  397  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1226  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.98 
 
 
528 aa  398  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.901078  normal  0.0774047 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6068  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.31 
 
 
507 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0339601  normal  0.285374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3873  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.1 
 
 
522 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633021  normal  0.0839806 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0159  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.56 
 
 
537 aa  395  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1695  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.73 
 
 
536 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.85082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4621  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.53 
 
 
541 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.24 
 
 
492 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0398  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.61 
 
 
521 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.636778 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1034  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.77 
 
 
476 aa  378  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.31032  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0171  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.42 
 
 
453 aa  366  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1331  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.34 
 
 
462 aa  336  5e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.701446  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2864  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  47.66 
 
 
486 aa  332  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0265405  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0056  putative exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.49 
 
 
388 aa  277  4e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0029  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.22 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0282686  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.02 
 
 
454 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000169842  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.65 
 
 
444 aa  263  4.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.22 
 
 
453 aa  262  8e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1776  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  36.58 
 
 
469 aa  260  5.0000000000000005e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.100322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.34 
 
 
448 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.54 
 
 
446 aa  259  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000027114  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.6 
 
 
451 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.99 
 
 
448 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1904  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.06 
 
 
404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.950618  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2462  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.09 
 
 
460 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422545 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.87 
 
 
460 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782017  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.09 
 
 
460 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144595  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.78 
 
 
414 aa  250  4e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.52 
 
 
459 aa  249  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0516461  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.7 
 
 
458 aa  249  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.5 
 
 
476 aa  249  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06490  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.06 
 
 
405 aa  248  2e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000332629  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2568  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.3 
 
 
460 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0973694  normal  0.16842 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1932  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.3 
 
 
460 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2544  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.3 
 
 
460 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146847  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.22 
 
 
414 aa  248  2e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.84 
 
 
463 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0539  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.37 
 
 
459 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0752  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35 
 
 
460 aa  246  9e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.955357  normal  0.27096 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.29 
 
 
451 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.62 
 
 
422 aa  244  1.9999999999999999e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000320124  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1848  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.97 
 
 
453 aa  244  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000692777  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3195  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.09 
 
 
459 aa  243  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.300243  normal  0.30831 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2406  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.14 
 
 
475 aa  243  7e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000113939  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.24 
 
 
458 aa  242  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1255  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.09 
 
 
458 aa  242  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000215567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2593  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.34 
 
 
400 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0637064  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.96 
 
 
463 aa  240  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0888  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.97 
 
 
443 aa  240  4e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0833  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.19 
 
 
411 aa  240  4e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0015301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.6 
 
 
454 aa  240  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0718  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.22 
 
 
448 aa  240  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2037  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.84 
 
 
465 aa  240  5e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.54 
 
 
448 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.99 
 
 
448 aa  239  8e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.99 
 
 
448 aa  239  8e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.15 
 
 
448 aa  238  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.55 
 
 
443 aa  238  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.65 
 
 
463 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0605  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.54 
 
 
516 aa  237  3e-61  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1767  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.7 
 
 
447 aa  237  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00135793  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0042  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.81 
 
 
396 aa  238  3e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.7 
 
 
457 aa  237  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4032  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.56 
 
 
452 aa  237  4e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156439  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.63 
 
 
459 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.91 
 
 
445 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.57 
 
 
445 aa  236  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.91 
 
 
402 aa  236  6e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.19 
 
 
448 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1356  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.42 
 
 
406 aa  236  7e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.97 
 
 
448 aa  236  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.71 
 
 
446 aa  236  9e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>