More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0620 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0620  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  100 
 
 
477 aa  952    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419722  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  61.61 
 
 
496 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1352  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.26 
 
 
537 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60305  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2553  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.3 
 
 
541 aa  515  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.30129  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3498  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.76 
 
 
526 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3174  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.26 
 
 
541 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.515348  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1695  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.16 
 
 
536 aa  511  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.85082 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4284  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.34 
 
 
527 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.671183  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4549  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.15 
 
 
526 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1859  exodeoxyribonuclease VII large subunit  58.08 
 
 
538 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.020819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  57.48 
 
 
536 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2996  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.51 
 
 
527 aa  507  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4621  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.39 
 
 
541 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4330  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  61.06 
 
 
548 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554584  normal  0.651535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6068  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  56.06 
 
 
507 aa  498  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0339601  normal  0.285374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6605  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  56.37 
 
 
531 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0079449  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0764  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.59 
 
 
511 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.130053  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4183  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  59.17 
 
 
523 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0712  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.19 
 
 
511 aa  489  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0182  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.19 
 
 
519 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402251  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3873  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  57.83 
 
 
522 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633021  normal  0.0839806 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0667  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.52 
 
 
566 aa  483  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.53 
 
 
543 aa  480  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.958847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1238  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.9 
 
 
549 aa  480  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.122237  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0398  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.88 
 
 
521 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.636778 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1034  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.16 
 
 
476 aa  472  1e-132  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.31032  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0494  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.15 
 
 
519 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0628  exodeoxyribonuclease VII large subunit  57.11 
 
 
485 aa  473  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.088972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1845  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.96 
 
 
519 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.264563  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0634  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.82 
 
 
519 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1945  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.7 
 
 
502 aa  451  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.67 
 
 
519 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.01 
 
 
492 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.07 
 
 
475 aa  423  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2727  exodeoxyribonuclease 7 large subunit  49.22 
 
 
523 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0564335  normal  0.143765 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1226  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.87 
 
 
528 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.901078  normal  0.0774047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0159  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.64 
 
 
537 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3300  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.53 
 
 
519 aa  418  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0171  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.78 
 
 
453 aa  392  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1331  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.11 
 
 
462 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.701446  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2864  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50 
 
 
486 aa  351  1e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0265405  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0029  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.27 
 
 
388 aa  301  2e-80  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0282686  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0056  putative exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.34 
 
 
388 aa  300  3e-80  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1255  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.91 
 
 
458 aa  286  8e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000215567  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1776  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.22 
 
 
469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.100322  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.68 
 
 
458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.43 
 
 
454 aa  278  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000169842  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.95 
 
 
455 aa  278  1e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.08 
 
 
453 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.85 
 
 
452 aa  270  4e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0384993  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3933  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.85 
 
 
452 aa  270  4e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4290  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.56 
 
 
452 aa  270  4e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.507724  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0944  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.56 
 
 
452 aa  270  4e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  hitchhiker  0.000327864 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4200  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.85 
 
 
452 aa  270  4e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.09756e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.95 
 
 
452 aa  270  5e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.796094  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4404  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.95 
 
 
452 aa  270  5e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4253  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.09 
 
 
452 aa  269  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0297469  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4310  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.09 
 
 
452 aa  269  1e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.05 
 
 
448 aa  267  4e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.56 
 
 
451 aa  267  4e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4032  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.85 
 
 
452 aa  263  3e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156439  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2406  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.85 
 
 
475 aa  264  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000113939  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1183  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.96 
 
 
445 aa  263  4e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0612657  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1848  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.13 
 
 
453 aa  261  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000692777  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.99 
 
 
476 aa  259  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.71 
 
 
451 aa  259  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1683  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.2 
 
 
458 aa  259  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1670  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.72 
 
 
401 aa  259  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000014352  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.48 
 
 
448 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.87 
 
 
422 aa  258  2e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000320124  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1415  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.8 
 
 
494 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0998332  normal  0.187038 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.69 
 
 
402 aa  257  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1017  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  36.38 
 
 
398 aa  256  5e-67  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.57 
 
 
459 aa  256  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1890  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.67 
 
 
446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000101941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39770  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.64 
 
 
456 aa  254  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.979844  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2037  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.41 
 
 
465 aa  254  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06490  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.78 
 
 
405 aa  253  6e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000332629  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1904  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.94 
 
 
404 aa  253  6e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.950618  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0833  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.81 
 
 
411 aa  253  6e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0015301  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35 
 
 
443 aa  253  8.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.3 
 
 
463 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.89 
 
 
463 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.37 
 
 
463 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1339  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.72 
 
 
462 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.01 
 
 
446 aa  249  6e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.75 
 
 
445 aa  248  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15230  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.95 
 
 
459 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173867  hitchhiker  0.000000000874033 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2078  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.2 
 
 
402 aa  247  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1719  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  36.71 
 
 
454 aa  247  4e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.623668  hitchhiker  0.0000296907 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1865  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.78 
 
 
411 aa  246  9e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2900  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.1 
 
 
393 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.41 
 
 
449 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.75 
 
 
454 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.69 
 
 
457 aa  245  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1216  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.48 
 
 
448 aa  245  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0401789  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1027  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.64 
 
 
459 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444658  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1153  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.05 
 
 
542 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.315113  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.41 
 
 
449 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.19 
 
 
449 aa  245  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>