More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1209 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1209  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
522 aa  1068    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000650219  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4878  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.81 
 
 
576 aa  346  5e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.983312 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1369  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.84 
 
 
508 aa  265  1e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0465393 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1091  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.63 
 
 
514 aa  264  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.489996 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1291  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.43 
 
 
516 aa  263  6e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00804407  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0198  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.11 
 
 
555 aa  250  5e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.33 
 
 
413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.214735  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1128  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.72 
 
 
460 aa  194  4e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0236  Exodeoxyribonuclease VII  26.17 
 
 
526 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7199  Exodeoxyribonuclease VII  27.29 
 
 
475 aa  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0178  exodeoxyribonuclease VII  25.19 
 
 
526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3317  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.5 
 
 
387 aa  137  4e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1869  exodeoxyribonuclease VII  34.18 
 
 
530 aa  135  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.205151  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3775  exodeoxyribonuclease VII  27.62 
 
 
478 aa  131  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.78 
 
 
463 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0501  Exodeoxyribonuclease VII  29.55 
 
 
404 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.73 
 
 
476 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1296  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.67 
 
 
442 aa  120  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430502  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2550  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.34 
 
 
448 aa  120  7e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000306428 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0641  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  24.55 
 
 
449 aa  119  9.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.782635  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1025  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.94 
 
 
463 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1027  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.72 
 
 
459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444658  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4244  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.43 
 
 
444 aa  115  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2199  Exodeoxyribonuclease VII  27.76 
 
 
464 aa  115  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.503662  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0127  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.26 
 
 
410 aa  114  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.40242  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6068  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.71 
 
 
507 aa  114  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0339601  normal  0.285374 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0042  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.61 
 
 
396 aa  114  6e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.78 
 
 
402 aa  113  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.983467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.5 
 
 
463 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.15 
 
 
443 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6605  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.61 
 
 
531 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0079449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8482  Exodeoxyribonuclease VII  23.98 
 
 
402 aa  111  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.84 
 
 
455 aa  110  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  23.46 
 
 
459 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1558  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.93 
 
 
442 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0686099  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1777  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.95 
 
 
428 aa  110  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1683  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.3 
 
 
458 aa  109  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0916  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.39 
 
 
397 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0119351 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3173  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.64 
 
 
393 aa  109  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  23.75 
 
 
457 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2324  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.57 
 
 
399 aa  108  2e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.975786  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4330  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.34 
 
 
548 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554584  normal  0.651535 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1979  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  27.46 
 
 
414 aa  108  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.337025  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2885  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.11 
 
 
456 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000248025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8274  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  24.27 
 
 
422 aa  108  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.426698  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2360  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.74 
 
 
447 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.203365  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3125  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.41 
 
 
442 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284972  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1168  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.32 
 
 
456 aa  107  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000633307  normal  0.0126087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2660  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.32 
 
 
456 aa  107  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.87444e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.55 
 
 
457 aa  106  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2204  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.57 
 
 
486 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3734  exodeoxyribonuclease VII large subunit  27.61 
 
 
456 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000326312  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0667  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.12 
 
 
566 aa  106  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.56 
 
 
448 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0468  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.59 
 
 
406 aa  105  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6807  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  24.49 
 
 
501 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0976698  normal  0.286525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.47 
 
 
448 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.34 
 
 
466 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02401  exodeoxyribonuclease VII large subunit  23.9 
 
 
456 aa  105  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000149221  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1159  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.9 
 
 
456 aa  105  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000102008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.97 
 
 
463 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02363  hypothetical protein  23.9 
 
 
456 aa  105  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000142965  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1776  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.27 
 
 
469 aa  105  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.100322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.77 
 
 
448 aa  105  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1122  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.92 
 
 
427 aa  105  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.618779  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.23 
 
 
448 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0612  exodeoxyribonuclease VII  24.63 
 
 
452 aa  104  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000716955  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1309  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.45 
 
 
398 aa  104  5e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02974  exonuclease VII, large subunit  25.62 
 
 
450 aa  103  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143789  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.43 
 
 
443 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1238  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  24.81 
 
 
549 aa  103  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.122237  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3597  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.72 
 
 
458 aa  103  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000130865  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3117  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.06 
 
 
424 aa  103  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000975107  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.01 
 
 
451 aa  103  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2900  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  25.23 
 
 
393 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.12 
 
 
455 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.35 
 
 
448 aa  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2661  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.78 
 
 
449 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000015005  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.65 
 
 
448 aa  103  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.31 
 
 
445 aa  102  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  23.46 
 
 
463 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1915  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.23 
 
 
471 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2835  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.62 
 
 
428 aa  102  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0519996  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1722  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.87 
 
 
459 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.209021  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.11 
 
 
448 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1339  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24 
 
 
462 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.53 
 
 
496 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1126  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.17 
 
 
461 aa  101  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1331  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  23.12 
 
 
462 aa  101  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.701446  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.78 
 
 
449 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1183  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.39 
 
 
445 aa  100  5e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0612657  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.22 
 
 
448 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1136  exodeoxyribonuclease VII large subunit  26.28 
 
 
450 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000110023  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.78 
 
 
449 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2864  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  22.69 
 
 
486 aa  100  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0265405  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3211  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.84 
 
 
450 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173866  normal  0.203327 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.78 
 
 
449 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2730  exodeoxyribonuclease VII large subunit  24.11 
 
 
465 aa  100  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000422836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  25.39 
 
 
446 aa  100  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000016399  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1662  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  24.31 
 
 
402 aa  100  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>