78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3397 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3397  hypothetical protein  100 
 
 		 226 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1379  hypothetical protein  70.35 
 
 		 240 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0373776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16020  hypothetical protein  70.35 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0394744  normal  0.745254 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1172  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  33.04 
 
 		 247 aa  106  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  45.76 
 
 		 559 aa  56.6  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0090  type II secretion system protein E  46.55 
 
 		 566 aa  56.6  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1276  type II secretion system protein E  41.27 
 
 		 563 aa  55.5  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  44.83 
 
 		 567 aa  55.5  0.0000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  30.58 
 
 		 562 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2272  secretion system protein E  30.58 
 
 		 563 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3618  bacteriophage N4 adsorption protein B  44.64 
 
 		 703 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0508  bacteriophage N4 adsorption protein B  48.21 
 
 		 698 aa  53.5  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.759606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4695  bacteriophage N4 adsorption protein B  44.64 
 
 		 703 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0225348  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0314  general secretion pathway protein E  47.17 
 
 		 367 aa  51.2  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0948  hypothetical protein  49.06 
 
 		 65 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0921  hypothetical protein  49.06 
 
 		 65 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  49.09 
 
 		 891 aa  50.1  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0431  hypothetical protein  51.92 
 
 		 65 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2061  hypothetical protein  43.94 
 
 		 356 aa  48.9  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264827  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2855  glycosyl transferase family 2  33.85 
 
 		 624 aa  48.9  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.875286 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00254  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshE (pilus type IV)  41.07 
 
 		 570 aa  48.9  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  45.45 
 
 		 568 aa  48.5  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  41.51 
 
 		 570 aa  48.5  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  42.11 
 
 		 553 aa  48.1  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  46.55 
 
 		 557 aa  48.1  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2860  type II secretion system protein E  37.7 
 
 		 491 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.898794  normal  0.474728 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  43.1 
 
 		 557 aa  47.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0111  general secretory system II, protein E-like  43.4 
 
 		 370 aa  46.6  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00145913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1307  Allergen V5/Tpx-1 family protein  45.07 
 
 		 440 aa  47  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000813036  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  41.07 
 
 		 569 aa  46.6  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  46.55 
 
 		 553 aa  46.6  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6390  General secretory system II protein E domain protein  34.09 
 
 		 497 aa  46.2  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  43.1 
 
 		 556 aa  45.8  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1135  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 283 aa  45.8  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  35.94 
 
 		 573 aa  45.8  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  43.4 
 
 		 569 aa  45.8  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3097  type II secretion system protein E  28.95 
 
 		 578 aa  45.8  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  41.67 
 
 		 558 aa  45.4  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3127  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 283 aa  45.4  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0858  Beta-ketoacyl synthase  39.66 
 
 		 2725 aa  45.4  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  37.7 
 
 		 573 aa  45.4  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2157  fibronectin, type III domain-containing protein  43.66 
 
 		 1141 aa  45.1  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.445714  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3083  bacteriophage N4 adsorption protein B  30 
 
 		 745 aa  45.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3060  General secretory system II protein E domain protein  30 
 
 		 745 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.64 
 
 		 568 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0853  type II secretion system protein E  35.82 
 
 		 561 aa  44.7  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000472298  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0978  response regulator receiver protein  27.68 
 
 		 280 aa  44.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000299391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0642  bacteriophage N4 adsorption protein B  30 
 
 		 745 aa  44.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0586  bacteriophage N4 adsorption protein B  30 
 
 		 745 aa  44.7  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  32.97 
 
 		 568 aa  44.7  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2659  bacteriophage N4 adsorption protein B  35.71 
 
 		 653 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.397529 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  31.4 
 
 		 577 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2823  MSHA biogenesis protein MshE  39.29 
 
 		 575 aa  44.3  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2573  hypothetical protein  42.86 
 
 		 249 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1737  response regulator receiver domain-containing protein  32.98 
 
 		 277 aa  43.5  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.570794  normal  0.630295 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3360  type II secretion system protein E  32.95 
 
 		 585 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0378  pili biogenesis ATPase  40 
 
 		 583 aa  43.5  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  43.4 
 
 		 553 aa  43.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2943  bacteriophage N4 adsorption protein B  38.6 
 
 		 573 aa  43.5  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493194  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  36.99 
 
 		 574 aa  43.5  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0162  General secretory system II protein E domain protein  37.5 
 
 		 387 aa  43.1  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.049981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  37.93 
 
 		 574 aa  42.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  41.38 
 
 		 555 aa  42.7  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  41.38 
 
 		 553 aa  42.7  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1037  general secretion pathway protein E  36.07 
 
 		 385 aa  42.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  34.55 
 
 		 561 aa  42.4  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2665  type II secretion system protein E  40.74 
 
 		 545 aa  42.4  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  42.86 
 
 		 568 aa  42  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  32.95 
 
 		 576 aa  42  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  33.85 
 
 		 561 aa  42  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0180  General secretory system II protein E domain protein  37.5 
 
 		 391 aa  42  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  35.85 
 
 		 554 aa  42  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1156  type II secretion system protein E  38.18 
 
 		 591 aa  42  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0972  type II secretion system protein E  35.71 
 
 		 528 aa  42  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  43.64 
 
 		 871 aa  42  0.009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.74 
 
 		 571 aa  41.6  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4012  General secretory system II protein E domain protein  40.74 
 
 		 345 aa  41.6  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.66345e-31 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.98 
 
 		 568 aa  41.6  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>