More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2501 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2501  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 145 aa  297  4e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.303571  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 		 173 aa  157  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  52.41 
 
 		 154 aa  152  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  50.34 
 
 		 171 aa  152  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  49.31 
 
 		 179 aa  149  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  50.69 
 
 		 164 aa  147  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  51.39 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  49.66 
 
 		 173 aa  145  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  51.37 
 
 		 194 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  50.68 
 
 		 194 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  51.37 
 
 		 194 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  50.69 
 
 		 165 aa  144  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  51.75 
 
 		 225 aa  144  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  51.41 
 
 		 145 aa  144  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  51.03 
 
 		 144 aa  144  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  51.05 
 
 		 238 aa  144  6e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  49.31 
 
 		 181 aa  143  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  49.31 
 
 		 178 aa  142  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 173 aa  141  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  51.39 
 
 		 173 aa  141  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  48.61 
 
 		 154 aa  140  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  49.31 
 
 		 173 aa  140  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  48.61 
 
 		 184 aa  140  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  47.18 
 
 		 202 aa  140  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  49.65 
 
 		 252 aa  140  8e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  46.21 
 
 		 146 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  48.61 
 
 		 187 aa  139  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  47.89 
 
 		 173 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  50.69 
 
 		 155 aa  138  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 151 aa  137  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  48.98 
 
 		 198 aa  138  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  46.9 
 
 		 175 aa  137  6e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000187486  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 178 aa  137  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  48.25 
 
 		 174 aa  137  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  48.25 
 
 		 177 aa  137  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  48.25 
 
 		 173 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  48.25 
 
 		 176 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 173 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  50.34 
 
 		 169 aa  136  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  51.39 
 
 		 176 aa  135  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000720798  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  49.65 
 
 		 229 aa  136  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 219 aa  135  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  48.61 
 
 		 219 aa  135  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  53.79 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 173 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 233 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  45.45 
 
 		 171 aa  135  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  47.22 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  50.69 
 
 		 173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  49.66 
 
 		 173 aa  134  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 192 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0724  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 194 aa  134  4e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000346718  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  45.52 
 
 		 180 aa  134  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  47.92 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  47.22 
 
 		 153 aa  134  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  48.61 
 
 		 156 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  46.53 
 
 		 204 aa  133  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  48.25 
 
 		 192 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3043  initiation factor 3  48.91 
 
 		 139 aa  133  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000731556  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  50.69 
 
 		 227 aa  133  8e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  46.27 
 
 		 137 aa  133  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  46.15 
 
 		 357 aa  133  8e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  48.61 
 
 		 156 aa  133  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 156 aa  133  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 178 aa  132  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 178 aa  132  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  45.89 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  44.76 
 
 		 171 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 232 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  47.92 
 
 		 184 aa  132  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  48.61 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 200 aa  132  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  47.92 
 
 		 146 aa  132  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 179 aa  132  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 230 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  46.21 
 
 		 172 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  48.25 
 
 		 175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  45.83 
 
 		 185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  45.45 
 
 		 173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 170 aa  131  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0993  translation initiation factor IF-3  47.89 
 
 		 156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  47.59 
 
 		 183 aa  131  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  48.97 
 
 		 173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1858  translation initiation factor IF-3  52.08 
 
 		 173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000000644129  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  48.95 
 
 		 190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>