More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0077 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
171 aa  349  8.999999999999999e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  97.08 
 
 
171 aa  342  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  88.02 
 
 
200 aa  310  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  88.82 
 
 
192 aa  310  9e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  89.58 
 
 
145 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  68.6 
 
 
174 aa  251  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0341  initiation factor 3  89.39 
 
 
132 aa  247  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0168  translation initiation factor IF-3  90.15 
 
 
132 aa  246  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  65.87 
 
 
219 aa  239  9e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  65.87 
 
 
175 aa  238  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  68.24 
 
 
178 aa  238  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
173 aa  236  8e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  64.16 
 
 
176 aa  236  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  62.94 
 
 
192 aa  233  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  65.87 
 
 
178 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
176 aa  231  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
173 aa  231  3e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  66.47 
 
 
204 aa  231  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  64.12 
 
 
173 aa  231  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
173 aa  231  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  62.94 
 
 
173 aa  231  5e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  63.01 
 
 
173 aa  230  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  65.56 
 
 
151 aa  211  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  62.35 
 
 
173 aa  209  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  56.47 
 
 
173 aa  208  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1196  translation initiation factor IF-3  65.29 
 
 
173 aa  206  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.501518  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  56.73 
 
 
169 aa  204  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  55.81 
 
 
194 aa  203  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  55.81 
 
 
194 aa  203  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  57.23 
 
 
190 aa  203  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  57.65 
 
 
173 aa  201  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  71.97 
 
 
134 aa  201  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  71.97 
 
 
134 aa  201  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 
202 aa  200  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  54.65 
 
 
194 aa  201  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  56.89 
 
 
173 aa  198  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  71.97 
 
 
132 aa  198  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  53.01 
 
 
178 aa  192  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
173 aa  192  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  52.15 
 
 
178 aa  192  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  53.01 
 
 
178 aa  192  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
173 aa  187  8e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0123  translation initiation factor 3  60.59 
 
 
201 aa  185  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.228507  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  54.44 
 
 
221 aa  183  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  52.15 
 
 
182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
180 aa  182  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  56.34 
 
 
154 aa  180  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  56.34 
 
 
144 aa  180  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  49.41 
 
 
182 aa  178  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297976  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 
169 aa  177  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  57.14 
 
 
137 aa  177  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 
173 aa  177  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  51.63 
 
 
177 aa  176  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
198 aa  175  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
156 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
156 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
177 aa  173  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
183 aa  173  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
183 aa  173  9e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
183 aa  173  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  58.78 
 
 
137 aa  173  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  54.9 
 
 
155 aa  173  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  50.33 
 
 
156 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  51.63 
 
 
184 aa  173  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
165 aa  173  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
156 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
156 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
156 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
174 aa  173  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  51.63 
 
 
156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  46.75 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  48.8 
 
 
238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
166 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
172 aa  171  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
156 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  52.82 
 
 
156 aa  171  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 
169 aa  170  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
196 aa  169  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  49.02 
 
 
173 aa  169  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  49.02 
 
 
179 aa  169  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
227 aa  169  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 
180 aa  168  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 
180 aa  168  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  52.44 
 
 
180 aa  168  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  45.06 
 
 
171 aa  167  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 
202 aa  167  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
201 aa  167  6e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0660  translation initiation factor IF-3  44.1 
 
 
176 aa  166  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000367528  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
173 aa  166  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  46.15 
 
 
187 aa  166  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  46.99 
 
 
225 aa  166  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>