More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3488 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  100 
 
 		 173 aa  347  5e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  71.1 
 
 		 173 aa  256  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  70.76 
 
 		 178 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  70.76 
 
 		 192 aa  251  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  69.82 
 
 		 174 aa  251  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  65.32 
 
 		 173 aa  249  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  70.41 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  70.41 
 
 		 178 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  68.79 
 
 		 173 aa  247  6e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  66.08 
 
 		 173 aa  244  6e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  67.43 
 
 		 175 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  67.24 
 
 		 194 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  67.24 
 
 		 194 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  65.88 
 
 		 173 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  65.5 
 
 		 202 aa  238  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  65.52 
 
 		 194 aa  237  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  65.29 
 
 		 176 aa  237  6.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  65.29 
 
 		 173 aa  236  9e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  66.27 
 
 		 173 aa  236  9e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  65.29 
 
 		 173 aa  236  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  66.27 
 
 		 169 aa  236  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  64.71 
 
 		 176 aa  235  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  64.71 
 
 		 173 aa  235  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  65.71 
 
 		 219 aa  234  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  65.52 
 
 		 200 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  63.22 
 
 		 192 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  62.35 
 
 		 171 aa  228  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  61.18 
 
 		 171 aa  225  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  69.54 
 
 		 151 aa  221  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  59.43 
 
 		 178 aa  219  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  59.43 
 
 		 178 aa  219  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  62.58 
 
 		 173 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  60 
 
 		 190 aa  216  8.999999999999998e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  74.63 
 
 		 134 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  74.63 
 
 		 134 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  59.17 
 
 		 182 aa  211  2.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1196  translation initiation factor IF-3  65.9 
 
 		 173 aa  211  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.501518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  71.33 
 
 		 144 aa  210  5.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  59.51 
 
 		 173 aa  207  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0123  translation initiation factor 3  67.65 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.228507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  61.49 
 
 		 163 aa  206  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  56.52 
 
 		 164 aa  204  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 		 178 aa  203  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  56.02 
 
 		 238 aa  202  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 		 145 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  71.54 
 
 		 137 aa  202  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 180 aa  202  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  65.24 
 
 		 180 aa  200  7e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  65.24 
 
 		 180 aa  200  7e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  65.24 
 
 		 180 aa  200  7e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  71.76 
 
 		 132 aa  200  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  60.98 
 
 		 171 aa  200  9e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  60.9 
 
 		 159 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  60.13 
 
 		 155 aa  197  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  56.02 
 
 		 225 aa  197  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  61.04 
 
 		 177 aa  197  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  58.02 
 
 		 169 aa  197  7.999999999999999e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0168  translation initiation factor IF-3  69.53 
 
 		 132 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  53.53 
 
 		 173 aa  196  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  58.17 
 
 		 156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0341  initiation factor 3  68.7 
 
 		 132 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 		 202 aa  195  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  55.81 
 
 		 182 aa  194  4.0000000000000005e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  59.74 
 
 		 174 aa  194  5.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 		 219 aa  194  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  58.08 
 
 		 183 aa  193  9e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  58.43 
 
 		 177 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  55.95 
 
 		 187 aa  193  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  58.43 
 
 		 183 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  56.86 
 
 		 154 aa  193  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  56.98 
 
 		 221 aa  193  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  58.43 
 
 		 183 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 		 180 aa  190  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 		 180 aa  189  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 		 180 aa  189  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  49.69 
 
 		 179 aa  189  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  188  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 		 190 aa  189  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  56.89 
 
 		 198 aa  188  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 195 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 195 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 195 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 195 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 166 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 		 166 aa  187  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  58.02 
 
 		 169 aa  187  7e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 186 aa  187  7e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 		 166 aa  187  7e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  57.62 
 
 		 154 aa  187  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 156 aa  187  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 166 aa  187  9e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>