More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4840 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4840  alcohol dehydrogenase  100 
 
 
330 aa  647    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3849  alcohol dehydrogenase  46.39 
 
 
336 aa  288  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2061  Alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  41.89 
 
 
339 aa  232  8.000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  39.1 
 
 
335 aa  224  1e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.992449  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0155  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  40.12 
 
 
338 aa  208  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0953  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.07 
 
 
336 aa  199  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00776384  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5306  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  36.92 
 
 
329 aa  193  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1823  alcohol dehydrogenase  36.75 
 
 
350 aa  182  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00496203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3998  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  37.77 
 
 
333 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0633  alcohol dehydrogenase  33.86 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0537  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.54 
 
 
325 aa  179  7e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00294504  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0614  alcohol dehydrogenase  33.87 
 
 
318 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0116847  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13100  L-threonine 3-dehydrogenase  33.43 
 
 
336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0299  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.73 
 
 
336 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.48499  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0270  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.43 
 
 
336 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2180  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  31.21 
 
 
327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  33.76 
 
 
337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0981  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  37.3 
 
 
342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1258  alcohol dehydrogenase  32.74 
 
 
344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672332  normal  0.983976 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0685  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  31.63 
 
 
338 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1860  alcohol dehydrogenase  34.5 
 
 
336 aa  162  1e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.710452  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0603  threonine dehydrogenase related Zn-dependent dehydrogenase  33.23 
 
 
338 aa  160  3e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000710686  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1696  threonine dehydrogenase  33.43 
 
 
334 aa  156  6e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000265476  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4033  Zinc-containing alcohol dehydrogenase  31.7 
 
 
337 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  30.45 
 
 
348 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2220  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  31.89 
 
 
343 aa  153  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.135715 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3582  alcohol dehydrogenase  33.23 
 
 
337 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1707  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  30.7 
 
 
336 aa  150  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.508276  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6309  alcohol dehydrogenase  34.81 
 
 
337 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33332  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2002  putative dehydrogenase  34.29 
 
 
343 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1530  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.33 
 
 
367 aa  149  5e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0540116  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2975  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  33.44 
 
 
340 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0388433  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3405  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.82 
 
 
348 aa  149  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0198026  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0765  putative dehydrogenase  34.01 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0512  putative dehydrogenase  34.01 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0584  putative dehydrogenase  34.01 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.24761  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0695  putative dehydrogenase  34.01 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.375651  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2097  putative dehydrogenase  34.01 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1649  putative dehydrogenase  34.01 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3230  alcohol dehydrogenase  34.58 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2008  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  32.56 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.590492  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4159  alcohol dehydrogenase  34.34 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.44287  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2797  L-threonine 3-dehydrogenase  32.62 
 
 
343 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.242425  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2145  Alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  36.49 
 
 
346 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.552645  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4221  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.83 
 
 
346 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.41128  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1614  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  29.97 
 
 
338 aa  143  4e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000216473  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC06260  zinc-binding dehydrogenase, putative  27.78 
 
 
349 aa  143  5e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.040279  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1589  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  36.77 
 
 
341 aa  142  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4846  alcohol dehydrogenase  34.68 
 
 
346 aa  142  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.475925  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1736  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  32.2 
 
 
349 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0038  alcohol dehydrogenase  33.77 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1028  L-threonine 3-dehydrogenase  33.13 
 
 
347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1804  alcohol dehydrogenase  30.81 
 
 
349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1037  putative dehydrogenase  31.21 
 
 
340 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1113  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  31.65 
 
 
320 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2531  alcohol dehydrogenase  30.54 
 
 
341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1915  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.74 
 
 
349 aa  139  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.482777  normal  0.264492 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5447  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.5 
 
 
350 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187392  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2436  alcohol dehydrogenase  32.17 
 
 
345 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1170  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  31.52 
 
 
349 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5128  zinc-binding dehydrogenase  31.95 
 
 
337 aa  139  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2740  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  32.41 
 
 
344 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.120973 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0770  alcohol dehydrogenase  33.74 
 
 
321 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00613196  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3564  alcohol dehydrogenase  31.78 
 
 
347 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  28.57 
 
 
340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2700  L-threonine 3-dehydrogenase  30.82 
 
 
345 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1286  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  32.46 
 
 
346 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0006  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1512  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0841527  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4931  alcohol dehydrogenase  29.33 
 
 
337 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1152  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1432  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.263737  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0006  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.936478  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0006  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0007  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.237262  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2661  L-threonine 3-dehydrogenase  28.82 
 
 
346 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0006  L-threonine 3-dehydrogenase  30.38 
 
 
343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1079  alcohol dehydrogenase  26.53 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3256  alcohol dehydrogenase  31.64 
 
 
345 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2347  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  31.2 
 
 
341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.174722  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  30.37 
 
 
356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0449  L-threonine 3-dehydrogenase  32.01 
 
 
361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0154  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.06 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00186872  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.26 
 
 
340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07150  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  32.18 
 
 
340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.439183  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  28.26 
 
 
340 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.26 
 
 
340 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  28.26 
 
 
340 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  28.26 
 
 
340 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0530  L-threonine 3-dehydrogenase  30.06 
 
 
345 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2958  L-threonine 3-dehydrogenase  30.33 
 
 
345 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108215  normal  0.634974 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5320  L-threonine 3-dehydrogenase  31.6 
 
 
342 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  28.26 
 
 
340 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  28.26 
 
 
340 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0803  putative dehydrogenase  29.87 
 
 
343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.506069  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0175  L-threonine 3-dehydrogenase  30.75 
 
 
341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.348381  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  28.57 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  27.95 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0100  L-threonine 3-dehydrogenase  29.97 
 
 
341 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3944  L-threonine 3-dehydrogenase  30.28 
 
 
342 aa  133  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>