90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3876 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3876  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  579  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.946212  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2598  hypothetical protein  58.86 
 
 		 303 aa  325  6e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00488071 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0762  hypothetical protein  60.07 
 
 		 295 aa  320  3e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0356  protein of unknown function DUF6 transmembrane  59.71 
 
 		 296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3452  membrane protein  41.4 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4052  membrane protein  30.34 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2825  integral membrane protein  30.56 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2912  hypothetical protein  30.56 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1716  hypothetical protein  28.67 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.889614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2730  membrane protein  24.07 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.373465  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2900  hypothetical protein  27.59 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4503  hypothetical protein  23.14 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00148993 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0502  hypothetical protein  23.74 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5521  hypothetical protein  24.21 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459565  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4157  DMT family permease  22.53 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000489633  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4508  integral membrane protein  22.44 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563212  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  26.25 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1999  hypothetical protein  25.97 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.355274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4168  permeases of the drug/metabolite transporter (DMT)  22.82 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.221065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2192  hypothetical protein  23.39 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5885  hypothetical protein  23.39 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2110  hypothetical protein  24.57 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0439  YyaM  24.44 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.67 
 
 		 291 aa  57  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0530  hypothetical protein  28.51 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.584657  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2231  hypothetical protein  24.62 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.556701  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4826  hypothetical protein  23.56 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4320  hypothetical protein  22.61 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1415  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.76 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0303245  normal  0.0347946 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2217  hypothetical protein  22.71 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.207326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0473  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.48 
 
 		 317 aa  53.1  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0230422 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02670  predicted permease, DMT superfamily  31.4 
 
 		 319 aa  52.8  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0023  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.56 
 
 		 291 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1938  hypothetical protein  25.1 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0529  hypothetical protein  25.1 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0626  hypothetical protein  25.1 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.750963  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1277  hypothetical protein  26.52 
 
 		 310 aa  50.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.507228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3338  hypothetical protein  29.87 
 
 		 309 aa  49.7  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.252912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2645  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.79 
 
 		 309 aa  49.7  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2576  hypothetical protein  24.18 
 
 		 329 aa  49.3  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.398851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1845  DMT family permease  28.21 
 
 		 309 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1702  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.22 
 
 		 302 aa  48.5  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.352845  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  28.7 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1415  integral membrane protein  26.94 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123619  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0226  hypothetical protein  29.57 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0501312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1870  hypothetical protein  29.57 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0416  hypothetical protein  29.57 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275222  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1784  hypothetical protein  26.92 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0557513  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1374  hypothetical protein  29.57 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0725871  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0962  hypothetical protein  29.57 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1212  hypothetical protein  21.32 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0335  DMT family permease  29.57 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.848117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4780  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.05 
 
 		 301 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.8061  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2406  DMT family permease  20.39 
 
 		 304 aa  47  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1849  hypothetical protein  27.2 
 
 		 319 aa  47  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4184  hypothetical protein  33.98 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2018  hypothetical protein  24.33 
 
 		 299 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0623689  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1938  hypothetical protein  23.93 
 
 		 309 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.94685  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02196  hypothetical protein  29.49 
 
 		 297 aa  46.2  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.572449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1939  hypothetical protein  25.38 
 
 		 299 aa  45.8  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0743  hypothetical protein  23.71 
 
 		 299 aa  45.8  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2630  hypothetical protein  29.57 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.815333 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1754  hypothetical protein  28.65 
 
 		 319 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302164  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1524  hypothetical protein  27.9 
 
 		 305 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3468  hypothetical protein  21.34 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2617  hypothetical protein  25.33 
 
 		 325 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0097  hypothetical protein  28.68 
 
 		 304 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.112407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4706  hypothetical protein  33.01 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.783854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  26.03 
 
 		 289 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.61 
 
 		 302 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.943556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1426  hypothetical protein  30.11 
 
 		 302 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1542  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.16 
 
 		 292 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0277  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.12 
 
 		 325 aa  43.9  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0065  hypothetical protein  30.41 
 
 		 296 aa  44.3  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.207446  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3677  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.82 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4849  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  29.19 
 
 		 297 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551565  normal  0.306112 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0367  hypothetical protein  27.47 
 
 		 305 aa  44.3  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00833341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2227  hypothetical protein  35.35 
 
 		 296 aa  43.5  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.157307  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3900  hypothetical protein  29.66 
 
 		 341 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0937  hypothetical protein  26 
 
 		 310 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4047  hypothetical protein  23.85 
 
 		 312 aa  43.5  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3353  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.15 
 
 		 310 aa  43.1  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1084  hypothetical protein  25.63 
 
 		 299 aa  43.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0457  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.14 
 
 		 313 aa  42.7  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3550  hypothetical protein  27.15 
 
 		 310 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1039  hypothetical protein  29.41 
 
 		 303 aa  42.7  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.371653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2701  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 312 aa  42.4  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2271  hypothetical protein  24.79 
 
 		 308 aa  42.4  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0233167  normal  0.0209827 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2038  hypothetical protein  23.48 
 
 		 301 aa  42.4  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174012  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1953  hypothetical protein  23.02 
 
 		 336 aa  42.4  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0913359  normal  0.18464 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>