139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3252 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3252  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  250  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106393  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2201  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 126 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0876  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 126 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2291  MerR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 126 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2866  MerR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 138 aa  93.6  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.972531  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1554  MerR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 122 aa  87  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0842  transcriptional regulator  45.38 
 
 		 123 aa  86.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.399496 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2968  MerR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151123  normal  0.0469101 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2292  MerR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2200  MerR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515575  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2867  MerR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 169 aa  67  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.374801 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0875  MerR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.854449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2969  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0979935  normal  0.0797223 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1556  MerR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.659749  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0840  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.413569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5993  MerR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000699442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  33.66 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  33.66 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3791  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.23211 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  30.61 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4201  MerR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000952252 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3780  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3058  transcriptional regulator, MerR family  31.78 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  33.66 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  29.75 
 
 		 165 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2472  regulatory protein, MerR  32.67 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0886191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2820  MerR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 176 aa  52.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.218132  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2851  transcriptional regulator, MerR family  38.24 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2743  transcriptional regulator, MerR family  32.67 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49570  transcriptional regulatory protein, MerR family  30.25 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0397848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4372  MerR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 137 aa  51.2  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0130  transcriptional regulator, MerR family  29.51 
 
 		 165 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0138  transcriptional regulator, MerR family  29.51 
 
 		 165 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2322  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 129 aa  50.8  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 133 aa  50.4  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 132 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4192  MerR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 141 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1604  MerR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 132 aa  50.1  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408044  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  25.62 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0004  MerR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 144 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3843  MerR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 154 aa  48.9  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0102  MerR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 131 aa  48.9  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02411  Transcriptional regulator, MerR family protein  30.43 
 
 		 151 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4442  MerR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  32.43 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1994  MerR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  28.35 
 
 		 134 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 144 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  25.21 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  28.3 
 
 		 124 aa  47  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 174 aa  47  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0537  MerR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 160 aa  47  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.400616  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  33.82 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  28.16 
 
 		 127 aa  47  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0745  aldo/keto reductase  29.73 
 
 		 449 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0132  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 160 aa  47  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  33.82 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0133  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 134 aa  45.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  26.56 
 
 		 138 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  26.56 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  26.56 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  26.15 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  27.13 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  26.56 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  26.56 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5793  transcriptional regulator, MerR family  30.69 
 
 		 139 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 155 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1458  MerR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 161 aa  43.9  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0168574  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  31.36 
 
 		 140 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0091  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 138 aa  43.5  0.0009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.266234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1157  transcriptional regulator, MerR family  38.81 
 
 		 258 aa  42.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0024  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1320  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 255 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5456  transcriptional regulator, MerR family  31.45 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5166  MerR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>