More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2866 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2866  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
138 aa  276  5e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.972531  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0876  MerR family transcriptional regulator  70.63 
 
 
126 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2201  MerR family transcriptional regulator  70.63 
 
 
126 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2291  MerR family transcriptional regulator  71.55 
 
 
126 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0842  transcriptional regulator  71.05 
 
 
123 aa  160  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.399496 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1554  MerR family transcriptional regulator  65.52 
 
 
122 aa  157  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2968  MerR family transcriptional regulator  62.18 
 
 
121 aa  143  7.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151123  normal  0.0469101 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2200  MerR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
132 aa  99  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515575  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2292  MerR family transcriptional regulator  49.54 
 
 
131 aa  99  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0840  transcriptional regulator  46.43 
 
 
133 aa  99  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.413569 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0875  MerR family transcriptional regulator  48.62 
 
 
131 aa  97.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.854449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2969  MerR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
130 aa  94.4  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0979935  normal  0.0797223 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3252  MerR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
125 aa  93.6  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106393  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1556  MerR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
133 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.659749  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4442  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
145 aa  87.8  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2867  MerR family transcriptional regulator  46.02 
 
 
169 aa  87.8  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.374801 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  40.78 
 
 
128 aa  87  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2851  transcriptional regulator, MerR family  42.02 
 
 
135 aa  84  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0024  MerR family transcriptional regulator  41.12 
 
 
156 aa  82.8  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  39.17 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
133 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1538  MerR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
153 aa  78.6  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129222  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0537  MerR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.400616  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4201  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
149 aa  79.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000952252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
132 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0091  MerR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
138 aa  77.8  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.266234  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  38.17 
 
 
144 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
134 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
132 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  34.82 
 
 
124 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  33.33 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  37.62 
 
 
127 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02411  Transcriptional regulator, MerR family protein  34.55 
 
 
151 aa  77.4  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
134 aa  77  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1259  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
128 aa  76.6  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  34.29 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
132 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1994  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  33.33 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  34.29 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0132  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
160 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159933  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2322  transcriptional regulator, MerR family  38.33 
 
 
129 aa  73.2  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
128 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2820  MerR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.218132  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  31.54 
 
 
152 aa  71.2  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1034  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
128 aa  71.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0004  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
169 aa  70.5  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  36.09 
 
 
165 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
147 aa  70.1  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
131 aa  70.1  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1604  MerR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408044  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0133  MerR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0102  regulatory protein, MerR  31.25 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0102  MerR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
144 aa  67.8  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  32.73 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2068  transcriptional regulator, MerR family  31.75 
 
 
128 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3791  MerR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
149 aa  66.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.23211 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2012  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
129 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.474573  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2106  MerR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63412  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1865  transcriptional regulator, MerR family  30.95 
 
 
128 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.0420495 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  35.51 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0130  transcriptional regulator, MerR family  33.91 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0138  transcriptional regulator, MerR family  33.91 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  35.51 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2617  transcriptional regulator MerR family  33.04 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  41.89 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1179  transcriptional regulator, putative  30.08 
 
 
128 aa  63.9  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0654796  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1138  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 
128 aa  63.9  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0775517  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0266  transcriptional regulator, MerR family  35.51 
 
 
161 aa  63.5  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00988584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
142 aa  63.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3843  MerR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
154 aa  63.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4372  MerR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2472  regulatory protein, MerR  32.74 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0886191 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  37.27 
 
 
159 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 
132 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3780  MerR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
136 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3058  transcriptional regulator, MerR family  35.78 
 
 
136 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2743  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 
130 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785681  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
132 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0576  MerR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
134 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0456359  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2844  transcriptional regulator, MerR family  30.43 
 
 
134 aa  60.8  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00099405  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1094  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
159 aa  60.5  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  36.04 
 
 
153 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
146 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5793  transcriptional regulator, MerR family  35.94 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4192  MerR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1369  transcriptional regulator, MerR family  28.7 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000004274 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
131 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>