106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3040 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3040  ISSpo9, transposase  100 
 
 
136 aa  276  8e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0892  transposase IS4 family protein  67.97 
 
 
310 aa  183  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.444367  normal  0.700917 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0445  hypothetical protein  79.05 
 
 
171 aa  176  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.658392  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2610  transposase, IS4 family protein  60.16 
 
 
322 aa  161  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0191449 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5743  transposase IS4 family protein  61.11 
 
 
304 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427629  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4434  transposase, IS4 family protein  47.01 
 
 
319 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0276  transposase, IS4 family protein  47.01 
 
 
319 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4109  ISSpo9, transposase  72.6 
 
 
74 aa  111  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0087  transposase  47.01 
 
 
356 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3504  hypothetical protein  68.66 
 
 
94 aa  97.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.504663  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4125  transposase, IS4 family protein  44.03 
 
 
319 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0801199 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00550  hypothetical protein  41.79 
 
 
132 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05901  hypothetical protein  41.79 
 
 
132 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1722  transposase IS4 family protein  41.79 
 
 
306 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287576  normal  0.252342 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3475  transposase IS4 family protein  41.79 
 
 
306 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252922 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02447  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04803  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06899  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01663  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01672  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02152  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02877  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03012  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05850  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06380  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06678  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06818  hypothetical protein  41.04 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01517  transposase  39.55 
 
 
306 aa  91.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05981  hypothetical protein  41.04 
 
 
220 aa  91.3  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05997  hypothetical protein  39.55 
 
 
176 aa  90.5  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04740  hypothetical protein  39.86 
 
 
306 aa  89  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05985  hypothetical protein  39.55 
 
 
176 aa  89.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3854  ISSod12, transposase  38.81 
 
 
307 aa  88.6  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07125  hypothetical protein  39.13 
 
 
306 aa  88.2  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05975  hypothetical protein  41.22 
 
 
300 aa  87.8  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05989  hypothetical protein  41.22 
 
 
302 aa  87.8  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3109  putative transposase  41.91 
 
 
145 aa  87.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000406052 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0631  transposase IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301293  normal 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4445  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
143 aa  86.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0603  transposase IS4 family protein  38.81 
 
 
307 aa  86.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06002  hypothetical protein  39.55 
 
 
306 aa  86.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4184  transposase IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1780  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  86.7  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0900  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1094  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1837  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2611  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2717  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0465526  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3033  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3528  transposase, IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4398  transposase IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4648  transposase IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4333  transposase IS4 family protein  38.06 
 
 
307 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1723  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.060513 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2114  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3656  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0806  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0848  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1860  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.876835  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3098  IS4 family transposase  38.06 
 
 
307 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3296  ISSod12, transposase  37.31 
 
 
307 aa  84  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0120  ISSod12, transposase  37.31 
 
 
307 aa  83.6  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2015  IS4 family transposase  39.34 
 
 
145 aa  83.2  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186594  normal  0.0574079 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4282  IS4 family transposase  37.12 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4306  IS4 family transposase  37.12 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.482317  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1440  hypothetical protein  70.18 
 
 
79 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2179  transposase, IS4 family protein  37.88 
 
 
305 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.602242  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3139  transposase, IS4 family protein  38.84 
 
 
128 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2918  transposase, IS4 family protein  35.61 
 
 
305 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2261  IS903 transposase  39.55 
 
 
307 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0214  transposase, IS4 family protein  39.55 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3487  transposase IS4 family protein  37.69 
 
 
320 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03002  hypothetical protein  40.68 
 
 
289 aa  79  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1696  IS4 family transposase  37.7 
 
 
145 aa  77  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0325478  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1660  transposase IS4 family protein  36.72 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000446098  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7117  transposase  38.64 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02158  hypothetical protein  42.31 
 
 
282 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3139  hypothetical protein  40.74 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.13634 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4561  hypothetical protein  42.31 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.546731  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4292  transposase  39.81 
 
 
111 aa  63.5  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0846491 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4414  hypothetical protein  37.5 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4438  hypothetical protein  37.5 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2789  transposase, IS4 family protein  44.55 
 
 
301 aa  62.4  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0625  transposase, IS4 family protein  34.55 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.190743 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4655  transposase IS4 family protein  34.53 
 
 
330 aa  60.1  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.515802  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3091  hypothetical protein  36.73 
 
 
136 aa  57  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.741214  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4296  hypothetical protein  36.73 
 
 
136 aa  57  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288997  normal  0.169962 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4889  hypothetical protein  36.73 
 
 
136 aa  57  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4923  hypothetical protein  36.73 
 
 
136 aa  57  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0173  putative transposase  37.76 
 
 
124 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00960783  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4868  hypothetical protein  34.62 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2010  transposase, IS4 family protein  42.31 
 
 
262 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.242542  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4152  hypothetical protein  75.76 
 
 
80 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0610  transposase, IS4 family protein  38.46 
 
 
111 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.191795 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2514  transposase IS4 family protein  25.71 
 
 
297 aa  47.4  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1304  hypothetical protein  28.57 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0481  hypothetical protein  52.38 
 
 
166 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0672  putative transposase IS4  26.45 
 
 
329 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0948  transposase IS4 family protein  26.42 
 
 
299 aa  43.5  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1118  transposase IS4 family protein  26.42 
 
 
299 aa  43.5  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>