28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0481 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0481  hypothetical protein  100 
 
 		 166 aa  331  3e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5097  integrase catalytic subunit  64 
 
 		 286 aa  60.8  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.545434 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3415  integrase catalytic subunit  62 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4908  integrase catalytic subunit  60 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168017 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2610  transposase, IS4 family protein  64.29 
 
 		 322 aa  58.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0191449 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0800  IstB ATP binding domain-containing protein  62 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.844919 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3519  hypothetical protein  62 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.696579 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0892  transposase IS4 family protein  39.74 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.444367  normal  0.700917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1827  hypothetical protein  62 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3557  hypothetical protein  62 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1167  integrase catalytic subunit  54 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5069  hypothetical protein  52.38 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0344  Integrase catalytic region  56 
 
 		 289 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3817  Integrase catalytic region  56 
 
 		 289 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1055  Integrase catalytic region  56 
 
 		 289 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1082  Integrase catalytic region  56 
 
 		 289 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5378  Integrase catalytic region  56 
 
 		 289 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1290  Integrase catalytic region  56.86 
 
 		 309 aa  50.4  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1009  transposase  50 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3040  ISSpo9, transposase  52.38 
 
 		 136 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0445  hypothetical protein  44.9 
 
 		 171 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.658392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_90  transposase  52 
 
 		 267 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_776  transposase  52 
 
 		 271 aa  45.4  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1310  transposase  52 
 
 		 267 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1028  Integrase catalytic region  52 
 
 		 276 aa  44.3  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3381  Integrase catalytic region  46 
 
 		 278 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1494  Integrase catalytic region  46 
 
 		 278 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3531  integrase catalytic region  42 
 
 		 278 aa  41.6  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>